队列构建和环境数据采集
建立具有完整环境暴露数据的早期MS患者队列,用于后续多组学分析。
招募121例新诊断、未治疗的MS患者(CIS或RRMS),最终纳入96例具有完整元数据的患者。通过标准化问卷和NASA卫星数据获取吸烟、BMI、维生素D、紫外线暴露、病毒抗体等环境数据。
Distinct Multiomic Signatures of Environmental Exposure Drive Immune Dysregulation and Disease Activity in Early Multiple Sclerosis
包含96例患者的多组学分析,包括转录组、蛋白质组、细胞通讯建模及流式细胞术,并验证了吸烟、BMI、UV等与免疫指标的关联,功能与机制验证充分。
96例未接受治疗的多发性硬化患者外周血单个核细胞(PBMC) 六种免疫细胞亚群(单核细胞、NK细胞、B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、Tregs) 血清样本
吸烟状态影响GPR15表达,尤其在NK细胞中;需验证吸烟状态与GPR15表达量及EDSS评分的相关性 BMI对单核细胞胆固醇合成基因(MVD、SQLE)及炎症标志物的影响,BMI分类和测量方法需明确 血清维生素D水平与单核细胞OCLN表达及NK细胞IFN-γ产生频率的相关性,需明确维生素D检测方法及缺陷阈值 紫外线暴露(3个月累积UV)与CD8+T细胞中IFI30、LYZ表达及CD4+记忆T细胞IL-22产生的相关性,需明确UV暴露数据来源(NASA卫星数据)及计算窗口 患者样本分组(吸烟者/非吸烟者;BMI类别;维生素D缺乏/充足;高/低UV暴露)及临床指标(EDSS、Gd+病灶)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立具有完整环境暴露数据的早期MS患者队列,用于后续多组学分析。
招募121例新诊断、未治疗的MS患者(CIS或RRMS),最终纳入96例具有完整元数据的患者。通过标准化问卷和NASA卫星数据获取吸烟、BMI、维生素D、紫外线暴露、病毒抗体等环境数据。
获取免疫细胞转录组、血清蛋白质组、免疫细胞组成和细胞间通讯数据。
从冷冻PBMC中通过FACS分选6种免疫细胞亚群,进行批量RNA测序;血清进行25(OH)D3、抗EBNA-1 IgG、抗VZV IgG、抗CMV IgG检测和Olink蛋白质组学;同时进行高维流式细胞术分析免疫细胞频率。
识别与吸烟、BMI、维生素D、UV暴露和病毒抗体滴度相关的差异表达基因和通路。
使用edgeR进行差异表达分析,调整RIN和相关协变量;使用MSigDB Hallmark集合进行基因集富集分析(GSEA)。
评估环境因素如何影响免疫细胞之间的相互作用。
应用CellChat基于配体-受体共表达推断细胞间通讯,并将通讯得分与环境变量进行关联分析。
识别与年龄、BMI、吸烟等相关的血清蛋白差异。
对74例患者的Olink蛋白质组学数据进行线性回归分析,调整协变量。
评估环境因素对循环免疫细胞亚群频率的影响。
利用高维流式细胞术数据,对免疫细胞频率与环境因素进行关联分析。
将分子和细胞读数与临床疾病活动性指标(Gd+病灶、EDSS)关联。
比较Gd+ vs Gd-患者的CD8+T细胞转录组;分析GPR15表达与EDSS的关系;流式细胞术数据与临床指标关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血清抗体检测 | Liaison XL | DiaSorin | -- |
| 蛋白质组学 | Olink Explore 1536 检测面板 | Olink | -- |
| RNA测序 | 批量RNA测序 | -- | -- |
| 流式细胞术 | 荧光激活细胞分选 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 样本量:96例(完整元数据),患者来源、诊断标准(2010 McDonald)、治疗状态(未治疗)、年龄和性别组成 阅读提示:Methods: Patients and Sampling |
| 环境数据 | 吸烟状态(是否吸烟、吸烟量)、BMI测量方法、血清25(OH)D3水平、UV暴露评估(基于NASA卫星数据,3个月和1年累积量)、病毒抗体滴度(抗EBNA-1 IgG、抗VZV IgG、抗CMV IgG) 阅读提示:Methods: Patients and Sampling; Figure 1 |
| 转录组分析 | 细胞分选(FACS)、RNA提取方法、测序平台、差异表达分析模型(edgeR)及协变量调整 阅读提示:Methods: Multiomics Profiling; Figure 2 legend |
| 蛋白质组学分析 | Olink panel版本、血清样本处理方法、差异蛋白分析模型(线性回归)及协变量 阅读提示:Methods: Multiomics Profiling; Figure 4 legend |
| 流式细胞术分析 | 抗体克隆、染色方案、细胞亚群定义、分析软件 阅读提示:Methods: Multiomics Profiling; Figure 5 legend |
| 细胞间通讯分析 | CellChat版本、参数设置、配体-受体数据库 阅读提示:Methods: Multiomics Profiling; Figure 3 legend |