人群遗传学与生物标志物关联分析
鉴定MS4A6A基因SNP与AD风险和脑脊液Aβ水平的关系
对UK Biobank、Kunkle stage 1、FinnGen三个队列进行Meta-GWAS分析,并在CABLE队列中检测CSF中Aβ、tau等生物标志物。
MS4A6A/Ms4a6d deficiency disrupts neuroprotective microglia functions and promotes inflammation in Alzheimer's disease model
包含人群遗传学分析(Meta-GWAS、CSF生物标志物)、体外细胞模型(HMC3基因编辑与过表达)、动物模型(Ms4a6d敲除APP/PS1小鼠)及多种功能验证(Aβ清除、吞噬、炎症通路)。
HMC3人小胶质细胞系 Ms4a6d敲除APP/PS1小鼠 APP/PS1小鼠
MS4A6A SNP rs646924位点A>G突变对MS4A6A表达的影响 小鼠模型中Ms4a6d基因敲除 γ-分泌酶抑制剂Compound E的剂量和时间(6.7 mg/kg) 脑内微透析检测Aβ清除率的方法 组织免疫染色抗体与稀释比例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定MS4A6A基因SNP与AD风险和脑脊液Aβ水平的关系
对UK Biobank、Kunkle stage 1、FinnGen三个队列进行Meta-GWAS分析,并在CABLE队列中检测CSF中Aβ、tau等生物标志物。
验证MS4A6A风险等位基因对基因表达的影响
在HMC3细胞中利用CRISPR-Cas9碱基编辑技术引入rs646924 T>C突变,通过qPCR检测MS4A6A表达。
研究Ms4a6d缺陷对AD病理的影响
利用CRISPR/Cas9技术敲除Ms4a6d外显子2-7,与APP/PS1小鼠杂交获得三种基因型(+/+、+/-、-/-)。
检测Ms4a6d缺失对Aβ清除率的影响
对1月龄APP/PS1小鼠进行脑内微透析,注射γ-分泌酶抑制剂后监测ISF中Aβ1-x水平的时间变化。
评估Ms4a6d缺失对小胶质细胞包裹和吞噬Aβ的影响
免疫染色结合共聚焦显微镜观察Iba1、CD68、4G8标记的小胶质细胞与斑块的相互作用。
检测Ms4a6d缺失对斑块负荷和结构的影响
使用硫黄素S染色测量斑块面积、大小和荧光强度,分析斑块致密性。
检测Ms4a6d缺陷对JAK2/NF-κB通路和炎症因子的影响
免疫染色检测磷酸化Jak2、磷酸化p65,Western blot检测NLRP3,ELISA检测IL-1β。
检测Ms4a6d缺失对轴突球状体和突触蛋白的影响
免疫染色Lamp1标记轴突球状体,Western blot检测突触前后蛋白PSD95和Synaptophysin。
检测Ms4a6d缺失对认知功能的影响
新物体识别任务,记录探索时间并计算识别指数。
探究MS4A6A过表达对小胶质细胞基因表达的影响
在HMC3细胞中过表达MS4A6A,进行RNA-seq分析差异表达基因和通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| CSF生物标志物检测 | 人TREM2 SimpleStep ELISA试剂盒 | Abcam | ab224881 |
| INNOTEST β-淀粉样蛋白(1-42)检测试剂盒 | FUJIREBIO | 81583 | |
| INNOTEST β-淀粉样蛋白(1-40)检测试剂盒 | FUJIREBIO | 80462 | |
| INNOTEST 磷酸化tau(181p)检测试剂盒 | FUJIREBIO | 81581 | |
| INNOTEST 总tau检测试剂盒 | FUJIREBIO | 81579 | |
| 人前颗粒体蛋白ELISA试剂盒 | Biovendor | RMEE103R | |
| 人α-突触核蛋白ELISA试剂盒 | BioLegend | 844101 | |
| 细胞培养与转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus-transfection | -- |
| RNA提取与qPCR | FreeZol试剂 | Vazyme | -- |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| qPCR | QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- |
| RNA-seq | TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 动物实验 | 化合物E(γ-分泌酶抑制剂) | Med Chem Express | -- |
| 微透析 | CMA 8微透析探针 | CMA | -- |
| 微透析注射泵 | CMA | -- | |
| 免疫组化 | Iba1抗体 | Abcam | ab5076 |
| Iba1抗体 | Wako | 019-19741 | |
| Lamp1抗体 | DSHB | 1D4B | |
| 磷酸化Jak2抗体 | Cell Signaling Technology | 3771S | |
| 4G8抗体 | BioLegend | 800701 | |
| 磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033S | |
| GFAP抗体 | Abcam | ab4674 | |
| CD68抗体 | Bio-rad | MCA1957 | |
| MS4A6A-N端抗体 | Abcam | ab189983 | |
| 硫黄素S | Sigma-Aldrich | -- | |
| 封片 | Fluoromount-G封片剂 | SouthernBiotech | -- |
| DAPI Fluoromount-G封片剂 | SouthernBiotech | -- | |
| RNA原位杂交 | RNA-scope多标记荧光试剂盒v2 | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| TSA Plus Cyanine评估试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | -- | |
| 蛋白质印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| NLRP3抗体 | Adipogen | AG-20B-0014 | |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10068-1-AP | |
| PSD95抗体 | Abcam | ab238135 | |
| 突触素抗体 | Cell Signaling Technology | 36406S | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | FineTest | -- |
| 基因分型 | Infinium亚洲筛选阵列试剂盒 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人群遗传学分析 | 样本来源:UK Biobank、Kunkle stage 1、FinnGen;质量过滤标准:基因型缺失率、最小等位基因频率、哈迪-温伯格平衡P值等;关联模型:逻辑回归,校正年龄、性别、主成分。 阅读提示:Methods中的Meta-analysis部分。 |
| 基因编辑 | 细胞系:HMC3;碱基编辑器:MU148;sgRNA序列;转染试剂和转染量;筛选浓度和时间(嘌呤霉素2 μg/ml,4天)。 阅读提示:Methods中的Construction of plasmids and stable point mutation cell lines部分。 |
| 动物模型 | 小鼠品系:APP/PS1;Ms4a6d敲除策略(外显子2-7);杂交方案;饲养条件(温度、光照)。 阅读提示:Methods中的Animals部分。 |
| Aβ清除实验 | 小鼠年龄:1月龄;微透析探针规格和植入坐标;γ-分泌酶抑制剂Compound E剂量(6.7 mg/kg)和给药方式;检测方法:ELISA。 阅读提示:Methods中的In vivo Aβ Microdialysis部分。 |
| 免疫染色 | 组织切片厚度:小鼠45 μm、人6 μm;抗原修复条件;一抗浓度和孵育时间;二抗选择;封片剂。 阅读提示:Methods中的Immunohistochemistry和Confocal microscopy部分。 |
| 生化检测 | 蛋白上样量:25 μg;抗体浓度;BCA定量;ELISA操作流程。 阅读提示:Methods中的Immunoblotting和ELISA assay部分。 |