参与者招募与数据收集
获取18-35岁年轻人的人口学、身心健康、口腔卫生和生活方式数据。
从同济医院多个门诊招募2888名参与者,通过问卷收集多维度数据。
Periodontitis in a Large Cohort of Young Chinese Adults: Associated Factors and Salivary Microbiome-Metabolome Profiles
包含横断面调查、口腔检查、16S rRNA测序和非靶向代谢组学分析,但多组学仅在40人的小亚组中进行,缺乏功能验证或动物实验。
18-35岁中国年轻成人(医院门诊患者)队列 牙周炎患者唾液样本 匹配的非牙周炎对照唾液样本
牙周炎诊断标准(2018年分类) 样本量计算参数(f²=1.374, α=0.05, 功效90%) 多组学亚组匹配条件(年龄、性别等) 问卷收集的变量定义(如亚健康、ACE等) 统计模型调整的协变量(婚姻、亚健康、ACE等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取18-35岁年轻人的人口学、身心健康、口腔卫生和生活方式数据。
从同济医院多个门诊招募2888名参与者,通过问卷收集多维度数据。
根据2018年分类标准诊断牙周炎。
由至少2名持证牙周病医生使用牙周探针进行口腔检查,记录牙周探诊深度、临床附着丧失和出血指数。
识别与牙周炎相关的因素。
使用二元逻辑回归模型,逐步纳入人口学、身心健康、口腔卫生和生活方式因素。
比较牙周炎组与非牙周炎组的唾液微生物组成。
对20名牙周炎和20名匹配对照的唾液DNA进行16S rRNA测序,分析α多样性、β多样性和差异菌群。
鉴定牙周炎相关的差异代谢物和代谢通路。
对唾液样本进行超高效液相色谱-质谱联用分析,进行差异代谢物筛选和通路富集分析。
探索差异微生物与代谢物之间的关联。
使用Spearman相关分析评估Fusobacteriota与差异代谢物之间的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 口腔检查 | 牙周探针(Hu-Friedy,美国,型号PCP-12) | Hu-Friedy | PCP-12 |
| DNA提取 | 磁珠基因组提取试剂盒(MAGEN,中国) | MAGEN | -- |
| DNA质量检测 | NanoDrop 2000(Thermo Scientific,美国) | Thermo Scientific | 2000 |
| PCR扩增 | 2 × Phanta Max Master Mix(VAZYME) | VAZYME | -- |
| 高通量测序 | DNBSEQ-G400平台(BGI,中国) | BGI | G400 |
| 代谢组学分析 | Thermo UHPLC-Q Exactive HF系统(Thermo Fisher Scientific,美国) | Thermo Fisher Scientific | Q |
| 代谢物提取 | d3-亮氨酸 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 参与者招募 | 医院门诊患者,非社区人群,纳入和排除标准 阅读提示:Methods: Study subjects |
| 牙周炎诊断 | 诊断标准依据2018年分类,具体CAL和PPD阈值 阅读提示:Methods: Primary outcome: periodontitis |
| 多组学亚组 | 1:1匹配的20名牙周炎和20名对照,匹配变量包括年龄、性别等,样本量小 阅读提示:Results: Exploratory salivary microbiome and metabolome profiling in a small subgroup |
| 16S rRNA测序 | PCR引物(338F/806R),测序平台(DNBSEQ-G400),生物信息学流程(QIIME2等) 阅读提示:Methods: 16S rRNA sequencing and analysis |
| 代谢组学分析 | 样本制备流程(溶剂、离心、浓缩等),LC-MS参数,代谢物鉴定数据库 阅读提示:Methods: Untargeted metabolomics analysis |