人类遗传学分析
鉴定导致家族性早发心脏瓣膜病的致病基因
对两个近亲家庭进行全外显子组测序,发现受影响个体均携带ADAMTS19基因纯合功能缺失突变,包括一个拷贝数缺失和一个无义突变。
Loss of ADAMTS19 causes progressive non-syndromic heart valve disease
人类全外显子组测序、小鼠敲除模型功能验证、单细胞RNA测序及基因调控网络分析等多层级证据。
人类家系患者 Adamts19敲除小鼠 体外分化的人瓣膜间质细胞
人类患者ADAMTS19纯合功能缺失突变 Adamts19敲除小鼠的主动脉瓣功能障碍及组织学变化 单细胞RNA测序中Adamts19在瓣膜间质细胞中的特异性表达 Wnt刺激下人瓣膜间质细胞中ADAMTS19表达上调 Adamts19敲除小鼠中Klf2表达上调
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定导致家族性早发心脏瓣膜病的致病基因
对两个近亲家庭进行全外显子组测序,发现受影响个体均携带ADAMTS19基因纯合功能缺失突变,包括一个拷贝数缺失和一个无义突变。
验证Adamts19缺失对心脏瓣膜结构和功能的影响
利用基因敲除小鼠(Adamts19tm4a和Adamts19tm4b)进行超声心动图、组织学和电镜分析,观察到主动脉瓣功能障碍、瓣膜增厚和细胞外基质紊乱。
确定Adamts19在心脏瓣膜中的时空表达模式
使用lacZ报告基因染色和RNA原位杂交,显示Adamts19在胚胎及出生后所有四个心脏瓣膜的瓣膜间质细胞中表达,并在内皮细胞中不表达。
揭示Adamts19在瓣膜间质细胞中的调控网络及缺失后的转录变化
对E14.5 WT和敲除小鼠心脏进行单细胞RNA测序(Drop-seq),通过基因调控网络分析鉴定Adamts19受Lef1调控,并发现敲除后内皮细胞中Klf2表达上调。
验证ADAMTS19受Wnt信号直接调控
体外分化人瓣膜间质细胞,用Wnt3a和R-spondin-3刺激,通过qPCR检测到ADAMTS19和AXIN2表达上调。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全外显子组测序 | SureSelect人类全外显子V5捕获试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| 小鼠基因分型 | EasyTaq DNA聚合酶 | TransGen Biotech | AP111-02 |
| lacZ染色 | M165 FC体视显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| IHC | Movat五色染色试剂盒 | American MasterTech | KTRMP |
| VectaMount永久封片剂 | Vector Laboratories | H-5000 | |
| 抗原修复液 | Vector Laboratories | H-3300 | |
| VECTASHIELD抗淬灭封片剂(含DAPI) | Vector Laboratories | H-1200 | |
| RNAscope | RNAscope多重荧光试剂盒v2 | Advanced Cell Diagnostics | 323100 |
| HybEZ加湿系统烤箱 | Advanced Cell Diagnostics | -- | |
| Opal染料(Opal 570、Opal 620、Opal 690) | PerkinElmer | -- | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DMi8显微镜 | Leica Microsystems | -- | |
| 超声心动图 | VEVO 3100成像系统 | FUJIFILM VisualSonics | -- |
| MS550S探头(32 MHz) | FUJIFILM VisualSonics | -- | |
| 电镜 | H7600透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| VIC分化 | CHIR99021 | Stem Cell Technologies | -- |
| Wnt3a重组蛋白 | Peprotech | -- | |
| BMP2重组蛋白 | Thermo Fisher | -- | |
| IWR-1 | Sigma Aldrich | -- | |
| 抗CD31磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-091-935 | |
| R-spondin-3 | -- | -- | |
| RT-qPCR | LightCycler v.1.5实时荧光定量PCR仪 | Roche Molecular Systems | -- |
| 单细胞RNA-seq | 新生小鼠心脏解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-098-373 |
| DMEM高糖培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31053028 | |
| Medfusion 3500注射泵 | Smiths Medical | -- | |
| SUPERase•In RNA酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | AM2694 | |
| 条形码磁珠 | ChemGenes | -- | |
| Fuchs-Rosenthal血细胞计数板 | INCYTO | 82030-474 | |
| AMPure XP磁珠 | Beckmann Coulter Life Sciences | -- | |
| Bioanalyzer高灵敏度DNA分析 | Agilent Technologies | 5067-4626 | |
| Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| 通用文库定量试剂盒 | KAPA | -- | |
| NextSeq 500测序系统 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类遗传学分析 | 突变类型及家系共分离;ADAMTS19纯合功能缺失突变与疾病表型的关联 阅读提示:Methods: Exome sequencing and human genetic analysis; Figure 1 |
| 小鼠模型构建 | 基因敲除小鼠品系(Adamts19tm4a/tm4b)的构建及基因型确认;C57BL/6N背景 阅读提示:Methods: Mouse strains and experiments; Genotyping strategies |
| 小鼠表型分析 | 超声心动图参数(主动脉瓣返流、峰值流速、压力梯度)检测时间点(3、6、9月龄)和样本量;组织学染色方法 阅读提示:Methods: Echocardiography imaging of mice; IHC of mouse heart valves; Figures 2-4 |
| 单细胞RNA测序 | E14.5心脏解离方法、Drop-seq条件、细胞数量和质量过滤参数;基因调控网络分析参数 阅读提示:Methods: Single-cell RNA-seq; Computational analysis; GRN analysis |
| 体外VIC分化及Wnt刺激 | VIC分化方案(细胞因子组合、浓度和时间);qPCR检测的基因及引物 阅读提示:Methods: Differentiation of VICs and Wnt stimulation |