临床样本与生信分析
鉴定与RB预后相关的ARHGAP9遗传变异并评估其预后价值。
对67例高危晚期RB患者外周血进行SNP基因分型,分析rs11544238与复发的关联;利用TIMER、GEPIA、Kaplan-Meier plotter和GSCA等数据库评估ARHGAP9表达与预后及药物敏感性的相关性。
Effect of ARHGAP9 on Chemoresistance in High-Risk Advanced Retinoblastoma via the Rac1/β-Catenin/LEF1 Signaling Axis
包含临床样本基因分型、体外细胞功能实验、体内移植瘤模型及机制验证,功能验证与机制验证明确。
Y79视网膜母细胞瘤细胞系 Y79/EDR耐药亚系 NTG小鼠皮下移植瘤模型 BALB/c裸鼠移植瘤模型
ARHGAP9敲低或过表达的稳定细胞系构建及验证 卡铂和依托泊苷的IC50值测定 Rac1活性检测(Active Rac1 Detection Kit) β-catenin与Rac1/LEF1的免疫共沉淀 体内药物处理(卡铂50 mg/kg,依托泊苷20 mg/kg,每周一次)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与RB预后相关的ARHGAP9遗传变异并评估其预后价值。
对67例高危晚期RB患者外周血进行SNP基因分型,分析rs11544238与复发的关联;利用TIMER、GEPIA、Kaplan-Meier plotter和GSCA等数据库评估ARHGAP9表达与预后及药物敏感性的相关性。
验证ARHGAP9对细胞增殖、药物敏感性和凋亡的影响。
构建ARHGAP9敲低的Y79细胞和过表达的Y79/EDR细胞,通过CCK-8、集落形成和流式细胞术检测增殖、药物敏感性和凋亡。
验证ARHGAP9对卡铂和依托泊苷抗肿瘤效果的体内影响。
建立Y79和Y79/EDR移植瘤模型,给予卡铂或依托泊苷治疗,监测肿瘤体积和体重,并通过IHC检测Ki-67。
阐明ARHGAP9调控化疗耐药的分子机制。
检测Rac1活性、Rac1/β-catenin核转位、β-catenin与LEF1的相互作用及下游靶基因表达,并使用NSC23766、MSAB和SKL2001等抑制剂或激活剂进行验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 卡铂 | MedChemExpress | HY-17393 |
| 依托泊苷 | MedChemExpress | HY-13629 | |
| NSC23766 | MedChemExpress | HY-15723 | |
| MSAB | MedChemExpress | HY-120697 | |
| SKL2001 | MedChemExpress | HY-101085 | |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04 |
| 集落形成实验 | MethoCult H4034 Optimum | STEMCELL Technologies | -- |
| RT-qPCR | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323 | |
| SYBR Premix Ex Taq II试剂盒 | TaKaRa | RR820B | |
| 流式细胞术 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | KeyGene BioTECH | KGA1104 |
| 核糖核酸酶A | US Everbright | C6031 | |
| BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | 354248 |
| 免疫组织化学 | 抗Ki-67抗体 | Servicebio | GB121141 |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG | Servicebio | GB23301 | |
| 核质分离 | Minute细胞质和细胞核分离试剂盒 | Invent Biotechnology | SC-003 |
| Rac1活性检测 | Active Rac1检测试剂盒 | Cell Signaling Technology | 8815 |
| 免疫共沉淀 | BeaverBeads蛋白AG免疫沉淀试剂盒 | BEAVER | 22202 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 4-12%梯度凝胶 | ACE Biotechnology | ET10412Gel | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗β-actin抗体 | Abways | AB0035 | |
| 抗ARHGAP9抗体 | Abcam | ab101361 | |
| 抗E-cadherin抗体 | Abways | CY1155 | |
| 抗N-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 抗vimentin抗体 | Abways | CY5134 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Abways | CY6717 | |
| 抗cyclin D1抗体 | Cell Signaling Technology | 55506 T | |
| 抗c-Myc抗体 | Abways | CY5150 | |
| 抗β-catenin抗体 | Abways | CY3523 | |
| 抗DKK2抗体 | Immunoway | YN2130 | |
| 抗Lamin A/C抗体 | Abways | CY5222 | |
| 抗Rac1抗体 | Abcam | ab155938 | |
| 抗LEF1抗体 | Cell Signaling Technology | 2230 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本基因分型 | 患者队列(67例,44例缓解,23例复发),SNP rs11544238,基因分型方法 阅读提示:见Materials and Methods中“Association of ARHGAP9 With Prognosis in Patients With RB” |
| 细胞培养与稳定细胞系构建 | 细胞系(Y79、Y79/EDR),培养基(RPMI-1640+20% FBS),慢病毒感染MOI=100,嘌呤霉素筛选浓度(1 μg/mL) 阅读提示:见Materials and Methods中“Cell Culture”和“Stable Cell Line Construction” |
| 药物敏感性检测 | 细胞密度(2×10^4细胞/孔),药物浓度梯度,处理时间(72小时),IC50计算方法 阅读提示:见Materials and Methods中“Drug Susceptibility Analysis” |
| 体内药效实验 | 动物品系(NTG小鼠、BALB/c nude mice),细胞接种量(1×10^7),给药剂量和频率(卡铂50 mg/kg、依托泊苷20 mg/kg,每周一次),组别设置(n=5) 阅读提示:见Materials and Methods中“In Vivo Therapeutic Efficacy” |
| 机制验证 | Rac1活性检测试剂盒(Active Rac1 Detection Kit, #8815),药物处理浓度(卡铂10 μM、依托泊苷250 nM),抑制剂/激活剂浓度(NSC23766 100 μM、MSAB 5 μM、SKL2001 20 μM),处理时间(48小时) 阅读提示:见Materials and Methods中“Rac1 Activity Assessment”和“Co-Immunoprecipitation Assay”以及Results中“ARHGAP9-Mediated Rac1/β-Catenin/LEF1 Axis...” |