患者队列和活检转录组分析
评估PPI治疗对EoE患者食管转录组的影响,特别是重塑/纤维化相关基因。
纳入PPI初治的成人EoE患者,定义为食管活检≥15 eos/hpf。PPI治疗≥8周后,根据组织学应答分组(应答者<15 eos/hpf,非应答者≥15 eos/hpf)。对配对活检标本进行RNA-seq,分析差异表达基因。
Effects of proton pump inhibitors on remodeling and fibrosis in eosinophilic esophagitis
包含患者配对活检RNA-seq、原代成纤维细胞体外功能验证(qPCR、Western blot、免疫荧光、迁移、ROS)及三维培养模型,多个独立证据层级,且包含机制验证(SMAD2/3磷酸化)。
人原代食管成纤维细胞(HEFs) PPI应答性EoE患者配对食管活检样本
PPI应答者定义:<15 eos/hpf,非应答者≥15 eos/hpf PPI治疗:埃索美拉唑或奥美拉唑,剂量为批准反流剂量的两倍,至少8周 体外实验:TGF-β浓度10 ng/mL,PPI预处理浓度100 μM,预处理24小时 三维培养:TGF-β 5 ng/mL持续28天,PPI处理最后7天(100 μM,每24小时) 统计显著性阈值:≥2倍变化,FDR P < .05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PPI治疗对EoE患者食管转录组的影响,特别是重塑/纤维化相关基因。
纳入PPI初治的成人EoE患者,定义为食管活检≥15 eos/hpf。PPI治疗≥8周后,根据组织学应答分组(应答者<15 eos/hpf,非应答者≥15 eos/hpf)。对配对活检标本进行RNA-seq,分析差异表达基因。
验证PPIs能否抑制TGF-β诱导的促纤维化标志物表达。
使用来源于健康供体的HEFs,在单层培养中用TGF-β(10 ng/mL)处理24小时,PPI预处理(100 μM)在TGF-β处理前24小时进行。检测COL1A1和ACTA2的mRNA和蛋白水平,以及SMAD2/3磷酸化。
评估PPI预处理对TGF-β诱导的HEFs全转录组变化的影响。
对UT、TGF-β单独、TGF-β+埃索美拉唑预处理、TGF-β+奥美拉唑预处理四种条件的HEFs进行RNA-seq,分析差异表达基因,并鉴定PPI逆转的TGF-β诱导变化。
评估PPIs对慢性TGF-β诱导的胶原沉积的治疗作用。
HEFs在Alvetex Scaffold上三维培养,持续暴露于TGF-β(5 ng/mL)28天以建立纤维化模型。之后在最后3或7天添加PPIs(100 μM,每24小时),通过免疫荧光检测胶原I沉积。
评估PPIs对TGF-β诱导的成纤维细胞迁移和ROS产生的影响。
伤口愈合实验检测细胞迁移,DCFDA探针检测细胞内ROS,qPCR检测NOX4和HMOX1的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因分型 | QIAamp DNA血液迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| TaqMan检测 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞培养 | 成纤维细胞培养基 | ScienCell Research Laboratories | -- |
| 重组人TGF-β | PeproTech | -- | |
| 药物处理 | 埃索美拉唑镁水合物 | Sigma | -- |
| 奥美拉唑 | Tocris Bioscience | -- | |
| 三维培养 | Alvetex支架孔板插入物 | ReproCELL | -- |
| qPCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞培养 | IBIDI培养皿 | IBIDI | -- |
| ROS测量 | 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Abcam | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | PPI应答者定义(<15 eos/hpf)、非应答者(≥15 eos/hpf)、PPI剂量(两倍批准反流剂量)、治疗持续时间(≥8周)、样本量(应答者10,非应答者9) 阅读提示:Methods - Study design and patients; Tables 1 and 2 |
| RNA-seq | RNA完整性(RIN>8)、测序平台(配对末端100bp,约20M reads)、比对基因组(GRCh38)、差异表达阈值(≥2倍变化,FDR P < .05) 阅读提示:Methods - RNA sequencing (RNA-seq) |
| 细胞培养和药物处理 | HEFs来源(健康供体)、培养基(ScienCell)、TGF-β浓度(10 ng/mL)、处理时间(24小时)、PPI预处理浓度(100 μM)、预处理时间(24小时) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatment |
| 三维培养模型 | Alvetex Scaffold使用、TGF-β浓度(5 ng/mL)、培养时间(28天)、PPI处理时间(最后7天,100 μM,每24小时) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatment; Figure 5A |
| 功能实验 | 伤口愈合实验的时间点(0, 4, 12小时)、DCFDA测量时间(处理后2小时)、实验重复次数(三次独立实验) 阅读提示:Methods - In vitro assays; Figure 5B-D |