动物模型建立与样本收集
建立稳定的两阶段激光诱导视网膜下纤维化小鼠模型,并在不同时间点收集组织以分析动态转录变化。
雌性C57BL/6J小鼠(8周龄)接受两次激光损伤(间隔7天),在第二次激光后第3、6、10天处死,取RPE/脉络膜和视网膜组织,用QIAzol裂解并冷冻保存。
A Novel Ocular Fibrosis Signature for AMD Using the Two-Stage Laser-Induced Subretinal Fibrosis Mouse Model
包含转录组测序(RNA-seq)分析、独立数据集交叉验证、人类组织免疫荧光验证等至少两个独立证据层级,并有功能验证(通路富集分析)和机制探讨。
两阶段激光诱导的视网膜下纤维化C57BL/6J小鼠模型 人眼AMD组织样本(包括CNV膜和RPE/脉络膜)
小鼠模型:雌性C57BL/6J小鼠,8周龄 激光参数:功率250 mV,脉冲0.1秒,光斑100 µm 组织收集时间点:第二次激光后第3、6、10天 RNA-seq分析DEG标准:|fold change|≥2,FDR<0.05 人类组织验证:TNC、TIMP1、APLNR免疫荧光
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立稳定的两阶段激光诱导视网膜下纤维化小鼠模型,并在不同时间点收集组织以分析动态转录变化。
雌性C57BL/6J小鼠(8周龄)接受两次激光损伤(间隔7天),在第二次激光后第3、6、10天处死,取RPE/脉络膜和视网膜组织,用QIAzol裂解并冷冻保存。
鉴定两阶段激光诱导模型中RPE/脉络膜和视网膜组织的转录组变化,并识别持续变化的纤维化相关基因。
提取总RNA后,使用Illumina NovaSeq 6000平台进行RNA-seq,比对到mm10基因组,使用limma进行差异表达分析,鉴定DEGs(|fold change|≥2,FDR<0.05),并展示组织特异性变化。
确定在D3-D10持续上调的基因作为新型眼部纤维化特征,并探讨其功能通路。
对RPE/脉络膜中D3、D6、D10重叠的上调DEGs取交集,得到88个基因作为核心特征,并通过Enrichr和GSEA进行通路富集分析,显示EMT、补体、炎症等通路富集。
验证小鼠来源的纤维化特征在独立小鼠和人类AMD数据集中的保守性和阶段性表达。
将88个小鼠基因映射为84个人类直系同源基因,分别在独立小鼠数据集GSE189555和人类数据集GSE115828、GSE146887、GSE135092中进行GSEA和单样本评分,显示显著富集和进行性表达。
在人类视网膜下纤维化组织中验证核心特征基因(TNC、TIMP1、APLNR)的蛋白表达及其细胞定位。
对来自AMD患者的纤维化眼组织(91岁女性)和年龄匹配对照进行免疫荧光染色,使用针对TNC、TIMP1、APLNR、α-SMA和IBA1的抗体,共聚焦显微镜观察。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 激光诱导模型 | 激光光凝器 | HGM Medical Laser System | -- |
| 组织裂解 | QIAzol裂解试剂 | QIAGEN | 79306 |
| 组织匀浆 | 组织匀浆器 | QIAGEN | 9002755 |
| RNA提取 | RNAeasy Plus微型试剂盒 | QIAGEN | 74134 |
| RNA质量检测 | NanoDrop One分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | ND-ONE-W |
| 片段分析仪 | Agilent | -- | |
| 文库制备 | KAPA RNA HyperPrep试剂盒(含RiboErase) | Roche/KAPA Biosystems | -- |
| 测序平台 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 测序试剂 | NovaSeq 6000 S1试剂盒v1.5 | Illumina | -- |
| 索引平衡检测 | MiSeq Nano试剂盒v2 | Illumina | -- |
| 免疫荧光-抗原修复 | Trilogy抗原修复液 | Sigma-Aldrich | 920P-06 |
| 免疫荧光-封闭 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A3803 |
| 免疫荧光-通透 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100-100ML |
| 免疫荧光-一抗 | 抗IBA1抗体 | Abcam | ab5076 |
| 抗TNC抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-16086 | |
| 抗TIMP1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 26847-1-AP | |
| 抗APLNR抗体 | Thermo Fisher Scientific | AAR-030-200UL | |
| 免疫荧光-二抗 | Alexa Fluor 647驴抗山羊IgG(H+L) | Jackson ImmunoResearch | 705-605-147 |
| Alexa Fluor 488驴抗小鼠IgG(H+L) | Jackson ImmunoResearch | 715-545-151 | |
| Alexa Fluor 594驴抗兔IgG(H+L) | Jackson ImmunoResearch | 711-585-152 | |
| Alexa Fluor 488驴抗兔IgG(H+L) | Jackson ImmunoResearch | 711-545-152 | |
| 免疫荧光-标记肌成纤维细胞 | 抗α-平滑肌肌动蛋白-Cy3 | Sigma-Aldrich | C6198-100UL |
| 免疫荧光-封片 | DAPI-Vectashield封片剂 | Vector Labs | -- |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦显微镜(Stellaris) | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、激光参数(功率、脉宽、光斑大小)、激光斑位置、两次激光间隔、排除标准 阅读提示:Methods: Animals, Two-Stage Laser-Induced Subretinal Fibrosis |
| 组织收集与处理 | 收集时间点(D3、D6、D10)、每组动物数、每样本动物数、组织分离方法、RNA保存方法 阅读提示:Methods: Microdissection |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒、RNA质量指标、文库构建试剂盒、测序平台、读长、覆盖度、差异表达标准(fold change、FDR) 阅读提示:Methods: RNA Isolation, Sequencing, and Analysis |
| 数据验证 | 参考数据集(GSE189555、GSE115828、GSE146887、GSE135092)、基因映射方法(g:Profiler)、GSEA参数(置换次数)、显著性阈值 阅读提示:Methods: Ocular Fibrosis Signature Validation in Published AMD Datasets |
| 免疫荧光验证 | 人类组织来源(眼库)、固定方式、抗原修复条件(Trilogy、温度、时间)、封闭液、一抗浓度、二抗浓度、封片剂、显微镜型号 阅读提示:Methods: Human Samples, Immunostaining; Figure Legends 4 |