CRISPR-Cas9基因敲除筛选
筛选参与顺铂诱导细胞死亡的候选基因。
在OC1细胞中分别敲除Top2a、Birc5和Gadd45a,通过Western blot验证敲除效果,用CCK-8评估细胞活力。
Gadd45a knockout alleviates cisplatin-induced hearing loss by inhibiting CXCL family protein expression
研究包含体外细胞实验(CRISPR-Cas9敲除、CCK-8、流式、TUNEL)、组学分析(转录组、蛋白质组)和体内动物模型(siRNA注射、条件性敲除小鼠)等多层级验证,并明确机制验证。
OC1细胞系 SD大鼠P3耳蜗外植体培养模型 C57BL/6J小鼠顺铂耳毒性模型 Gadd45a条件性敲除小鼠
CRISPR-Cas9介导的Gadd45a基因敲除的验证(Western blot) 顺铂处理浓度(25 μmol/L)和时间点(0, 6, 12, 24 h) 体内实验:siGadd45a通过后半规管注射,剂量和注射方案 Gadd45a cKO小鼠的顺铂给药方式(每周期连续4天注射,共两个周期) ABR测试频率(8, 16, 32 kHz和click)及统计分析(t检验、单因素方差分析)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选参与顺铂诱导细胞死亡的候选基因。
在OC1细胞中分别敲除Top2a、Birc5和Gadd45a,通过Western blot验证敲除效果,用CCK-8评估细胞活力。
验证Gadd45a敲除对顺铂诱导的细胞凋亡、自噬和细胞活力的影响。
对Gadd45a敲除细胞进行CCK-8、流式细胞术(Annexin V/PI)、TUNEL染色、Live/Dead染色、MitoSOX检测,以及Western blot检测凋亡和自噬相关蛋白表达。
解析Gadd45a敲除影响的下游分子通路。
对OC1和Gadd45a-/-细胞进行RNA-seq和培养上清的蛋白质组学分析,进行差异表达基因和蛋白的功能富集分析(GO、KEGG)、差异蛋白分析,并通过qRT-PCR和Western blot验证关键基因表达。
探究Gadd45a调控NF-κB1蛋白稳定性的机制。
使用蛋白酶体抑制剂MG132和溶酶体抑制剂CQ处理细胞,检测NF-κB1蛋白水平,通过免疫共沉淀检测NF-κB1的泛素化水平。
评估通过后半规管注射siGadd45a能否减轻顺铂诱导的耳毒性。
将Gadd45a siRNA通过后半规管注射到小鼠内耳,然后进行顺铂腹腔注射,测定ABR阈值移位和耳蜗外毛细胞存活,并检测相关蛋白表达。
在遗传性敲除模型中验证Gadd45a缺失对顺铂耳毒性的保护作用。
对Gadd45a cKO小鼠进行两轮顺铂处理(每轮连续4天注射,休息2天),通过ABR测试、毛细胞计数和突触染色评估听力功能和组织学变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Sigma | F8318 | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 免疫荧光染色 | 抗肌球蛋白VIIa抗体 | Proteus Biosciences | 25-6790 |
| Alexa Fluor 488偶联山羊抗兔IgG | Invitrogen | A-11008 | |
| Alexa Fluor 594偶联鬼笔环肽 | Invitrogen | A-12381 | |
| DAPI染色液 | Roche | 10236276001 | |
| 抗CtBP2抗体 | BD Biosciences | 612044 | |
| 抗GluR2抗体 | Millipore | MAB397 | |
| Alexa Fluor 594偶联山羊抗小鼠IgG1 | Invitrogen | A-21125 | |
| Alexa Fluor 488偶联山羊抗小鼠IgG2a | Invitrogen | A-21131 | |
| Alexa Fluor 647偶联山羊抗兔IgG | Invitrogen | A-21235 | |
| Dako封片剂 | Dako | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | Qilu Pharmaceutical | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合片 | Roche | 04693159001 | |
| siRNA递送 | Gadd45a小干扰RNA | Thermo Fisher Scientific | s64885 |
| Invivofectamine 3.0转染试剂 | Invitrogen | IVF3001 | |
| 听力测试 | TDT RZ6听觉诱发电位系统 | Tucker-Davis Technologies | -- |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦显微镜 | Leica | TCS |
| 体内成像 | 小动物活体成像系统 | PerkinElmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞实验 | OC1细胞培养条件(DMEM、10% FBS、37°C、5% CO2)及顺铂处理浓度(25 μmol/L)和时间点(0, 6, 12, 24 h) 阅读提示:Methods 2.2节、2.8节及图1、图2图注 |
| CRISPR-Cas9敲除 | 用于敲除Gadd45a的sgRNA序列、转染方法和敲除验证;基因敲除效率的确认 阅读提示:Methods 2.2节和补充材料Table S2 |
| 组学分析 | RNA-seq和蛋白质组学的样品处理、测序平台、差异表达分析标准(调整P值<0.05) 阅读提示:Methods 2.4节 |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠(雄性,7周龄)的获得、饲养条件;顺铂腹腔注射剂量(4 mg/kg)和给药方案(每周期连续4天,共1或2周期);siRNA注射部位(后半规管)和剂量 阅读提示:Methods 2.1、2.3、2.7节和补充材料 |
| 统计分析 | 统计方法(t检验、单因素方差分析、Tukey多重比较),数据表示(均值±SD),显著性水平(P<0.05) 阅读提示:Methods 2.8节 |