临床和遗传学表征
鉴定POLR3A单等位基因变异并描述临床表型
对8个家系11例患者进行临床、神经电生理和遗传学分析,包括全外显子/基因组/长读长测序。
Monoallelic POLR3A Variants Cause Early-Onset Peripheral Neuropathy
包括临床遗传分析、体外细胞模型(患者成纤维细胞/淋巴母细胞)的免疫印迹、qRT-PCR、小RNA测序及AP-MS相互作用组学等至少两个独立证据层级,并包含功能验证。
患者来源皮肤成纤维细胞 EBV转化淋巴母细胞 HEK293FT细胞
POLR3A杂合错义变异(R360G, S757F, R760C, K786R, H850N, A853V, G854S) 神经传导速度检测(中间型至脱髓鞘型减慢) 患者来源细胞中Pol III靶基因(5S rRNA, 7SL RNA, 7SK RNA, tRNA-Ala-TGC, BC200 RNA)的qRT-PCR表达分析 小RNA测序(3例患者 vs 3例对照) AP-MS相互作用组学(FLAG标记突变体转染HEK293FT)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定POLR3A单等位基因变异并描述临床表型
对8个家系11例患者进行临床、神经电生理和遗传学分析,包括全外显子/基因组/长读长测序。
评估变异对Pol III复合物结构和功能的影响
使用冷冻电镜结构PDB:7AE3等分析变异残基位置及相互作用。
检测POLR3A变异是否影响蛋白丰度和亚细胞定位
对患者来源成纤维细胞和淋巴母细胞进行免疫印迹和免疫荧光。
评估POLR3A变异是否影响与Pol III亚基的相互作用
在HEK293FT细胞中表达FLAG标记的野生型或突变POLR3A,进行亲和纯化-质谱(AP-MS)。
检测Pol III靶基因表达和tRNA库的变化
对患者来源细胞进行qRT-PCR和小RNA测序。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | -- |
| Pierce ECL Plus底物 | ThermoFisher | -- | |
| 抗POLR3A抗体 | Abcam | ab96328 | |
| 抗GCN2抗体 | Cell Signaling | 3302 | |
| 抗GCN2磷酸化T899抗体 | Abcam | ab75836 | |
| 抗eIF2a抗体 | Abcam | ab26197 | |
| 抗eIF2a磷酸化Ser51抗体 | Cell Signaling | 9721 | |
| 抗ATF4抗体 | ProteinTech | 10835-1-AP | |
| 抗嘌呤霉素抗体 | Merck | MABE343 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Abcam | ab7291 | |
| 抗FLAG M2抗体 | Sigma | F3165-1MG | |
| 免疫荧光 | 抗POLR3A抗体 | Abcam | ab9632 |
| 免疫荧光成像 | Axio Imager Z2荧光显微镜 | Zeiss | -- |
| RNA提取 | miRNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| TURBO DNA-free试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| cDNA合成 | Superscript III逆转录酶 | ThermoFisher | -- |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| qRT-PCR | SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| SensiMix SYBR Hi-ROX试剂盒 | Meridian Bioscience | -- | |
| GoTaq Green预混液 | Promega | -- | |
| qRT-PCR数据 | qBase+软件 | Biogazelle | -- |
| 小RNA测序 | Ribo-Zero Plus试剂盒 | -- | -- |
| 质谱分析 | Q Exactive HF-X质谱仪 | ThermoFisher | -- |
| Ultimate 3000 RSLC纳升高效液相色谱 | Dionex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 患者来源、纳入标准、临床评估流程 阅读提示:Materials and Methods: Patient Cohort; Table 1 |
| 基因分析 | 测序方法(ES/GS/lrGS)及生物信息学流程 阅读提示:Materials and Methods: Genetic Analyses; Supporting Information |
| 细胞培养 | 细胞类型(成纤维细胞、淋巴母细胞、HEK293FT)及培养条件 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines |
| 免疫印迹 | 抗体、稀释度、蛋白上样量 阅读提示:Materials and Methods: Immunoblotting |
| qRT-PCR | 引物序列、内参基因、分析方法 阅读提示:Materials and Methods: Quantitative Reverse Transcription PCR; Supporting Information |
| 小RNA测序 | 文库制备、测序平台、分析参数 阅读提示:Materials and Methods: Transcriptomics; Supplementary Methods |