诱导光栓性卒中模型
建立局灶性皮质缺血模型以模拟卒中。
对C57BL/6J小鼠进行光栓性卒中手术,通过Rose Bengal和激光诱导M1区域血管损伤。
Shared transcriptomic signatures in perilesional and contralesional cortex after ischemic stroke
包含体内卒中模型(光栓性卒中)、批量RNA测序、组织学(Iba1染色)和轴突追踪(SpinalTRAQ)等多个独立证据层级,并进行了功能验证(轴突萌芽)和机制验证(转录组分析)。
C57BL/6J小鼠光栓性卒中模型 原代皮层组织(PLC和CLC) 皮质脊髓束轴突追踪模型
卒中诱导后7天的时间点 雄性和雌性C57BL/6J小鼠(8-16周龄) PLC和CLC的活检穿孔取样位置 光栓性卒中手术参数(Rose Bengal剂量、激光功率和时间) 轴突追踪实验的时间点(卒中后4周注射AAV,6周分析)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立局灶性皮质缺血模型以模拟卒中。
对C57BL/6J小鼠进行光栓性卒中手术,通过Rose Bengal和激光诱导M1区域血管损伤。
比较PLC和CLC在卒中后7天的转录组变化。
在卒中后7天收集PLC和CLC组织,提取RNA并进行批量RNA测序。
识别PLC和CLC中的差异表达基因和富集通路。
使用DESeq2进行差异表达分析,使用Metascape进行GO富集分析,使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用网络分析。
验证PLC和CLC中小胶质细胞/巨噬细胞的激活。
在卒中后7天对脑切片进行Iba1免疫荧光染色,并量化PLC和CLC中Iba1阳性面积分数。
评估对侧皮质脊髓束(CST)的轴突萌芽和突触形成。
在卒中后4周向M1注射AAV,在卒中后6周收集脊髓并用SpinalTRAQ分析CST突触密度。
检查性别对PLC和CLC转录组及轴突萌芽的影响。
在男性和女性中分别进行差异表达分析和轴突萌芽比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 光栓性卒中模型 | 玫瑰红 | Millipore Sigma | 330,000-5G |
| Sapphire 561-FP OEM激光系统 | Coherent | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 组织学 | 抗Iba1一抗 | Fujifilm Wako | 019-19741 |
| 二抗 | Invitrogen/Thermo Fisher | A-11008 | |
| 轴突追踪 | Synaptotag4 AAV | -- | -- |
| R-480纳升微量注射泵 | World Precision Instruments | -- | |
| Tissuecyte 1000 | TissueVision | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 光栓性卒中模型 | 光栓性卒中诱导参数,包括Rose Bengal剂量、激光功率、照射时间和立体定位坐标 阅读提示:Materials and methods: Photothrombotic stroke |
| RNA-seq | 组织收集时间点(卒中后7天)、PLC和CLC取样位置、RNA质量指标(RIN, OD260/280, OD260/230) 阅读提示:Materials and methods: Tissue collection and RNA extraction |
| RNA-seq分析 | 差异表达阈值(log2FC ≥ |0.3|, FDR < 0.1), 批次校正方法(ComBat-seq) 阅读提示:Materials and methods: RNA-seq analysis |
| Iba1组织学 | 一抗浓度(1:500)、二抗浓度(1:1000)、ROI(S2和M1) 阅读提示:Materials and methods: Microglia histology |
| 轴突追踪 | AAV注射时间(卒中后4周)、AAV体积和滴度、分析时间(卒中后6周) 阅读提示:Materials and methods: Corticospinal tract sprouting |