BCL7A基因突变和表达分析
确定BCL7A在MM中的突变频率和表达水平及其与正常浆细胞的差异
对362例初诊MM患者进行全基因组测序,分析BCL7A基因5'UTR和内含子1的突变;利用RNA-seq比较MM患者与正常浆细胞的BCL7A表达。
Loss of BCL7A permits IRF4 transcriptional activity and cellular growth in multiple myeloma
涉及体外细胞功能实验(增殖、集落形成、凋亡)、体内异种移植模型、蛋白质相互作用(Co-IP、GST pull-down)、转录调控(EMSA、报告基因、ChIP-qPCR)及表观遗传(ATAC-seq)等多层级验证。
MM细胞系(NCI-H929、KMS12BM、AMO1、KMS11、RPMI8226) SCID小鼠异种移植模型 患者骨髓来源的原代MM细胞和骨髓单个核细胞 健康供者外周血单个核细胞
BCL7A在MM患者中的非编码突变频率(62%)及其表达下调(RNA-seq) BCL7A敲低或敲除后MM细胞增殖、集落形成和细胞周期S期比例增加 BCL7A敲除后在SCID小鼠中肿瘤形成提前且生存期缩短 BCL7A与IRF4的直接蛋白相互作用(Co-IP和GST pull-down) BCL7A缺失增强IRF4与靶基因启动子结合及下游靶基因表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定BCL7A在MM中的突变频率和表达水平及其与正常浆细胞的差异
对362例初诊MM患者进行全基因组测序,分析BCL7A基因5'UTR和内含子1的突变;利用RNA-seq比较MM患者与正常浆细胞的BCL7A表达。
评估BCL7A表达变化对MM细胞增殖和体内肿瘤生长的影响
在MM细胞系中敲低或敲除BCL7A,以及过表达BCL7A,检测细胞活力、集落形成、细胞周期和凋亡;通过异种移植模型评估体内肿瘤生长和生存期。
鉴定与BCL7A相互作用的蛋白,并验证与IRF4的直接结合
通过BCL7A免疫沉淀结合质谱分析,在NCI-H929和KMS12BM细胞中鉴定BCL7A相互作用蛋白;用Co-IP和GST pull-down验证BCL7A与IRF4的直接结合。
探究BCL7A对IRF4 DNA结合和转录活性的影响
通过竞争性EMSA检测BCL7A对IRF4 DNA结合的抑制;利用IRF4结合序列克隆到PGL3荧光素酶报告基因,在BCL7A缺失或过表达细胞中检测转录活性;通过ChIP-qPCR评估IRF4与靶基因启动子的结合。
评估BCL7A缺失对IRF4下游细胞因子分泌和线粒体代谢的影响
使用ELISA检测细胞培养上清中细胞因子水平;用Seahorse分析线粒体耗氧率;检测细胞总ROS、线粒体ROS和胞内ROS。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| HEPES缓冲液 | -- | -- | |
| 基因操作 | GIPZ慢病毒人BCL7A shRNA系统 | Horizon Discovery Inc. | -- |
| Cas9诱导的BCL7A CRISPR敲除系统 | Transomic Technologies | CCHS1015 | |
| p-CLIP-ALL-hCMV-ZsGreen系统 | Transomic Technologies | CAHS1001 | |
| Precision Lenti ORF人BCL7A | Horizon Discovery | OHS5835-EG605 | |
| 诱导过表达系统 | VectorBuilder | VB010000-9369xhm, VB210628-1260vpt | |
| 药物处理 | 多西环素 | Sigma | -- |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo 2.0试剂 | Promega | -- |
| SpectraMax M5酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 集落形成实验 | Iscove改良Dulbecco培养基 | Gibco | 12440053 |
| 不含促红细胞生成素的人甲基纤维素培养基 | R&D Systems | HSC004 | |
| 氮蓝四唑氯化物染色液 | Sigma | N6876 | |
| 蛋白质相互作用 | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 26149 |
| BCL7A抗体 | Atlas antibodies | HPA019762 | |
| IRF4抗体 | Cell Signaling Technology | 15106 | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| NuPAGE 4%至12%梯度胶 | Invitrogen | NP0322 | |
| Super Signal West Pico Plus化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34578 | |
| Chemidoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| ELL2抗体 | Cell Signaling Technology | 14468 | |
| CANX抗体 | Cell Signaling Technology | 2679 | |
| PRDM1抗体 | Cell Signaling Technology | 9115 | |
| c-MYC抗体 | Cell Signaling Technology | 5605 | |
| 蛋白质相互作用 | Pull-down实验试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 21516 |
| GST标签纯化重组BCL7A蛋白 | Abnova | 3H00000605-P01 | |
| His标签纯化重组IRF4蛋白 | RayBiotech | 230-0065-100 | |
| Western blot | PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 |
| Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 14220 | |
| 蛋白质相互作用 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 质谱分析 | SDS-PAGE凝胶 | -- | -- |
| 蛋白marker | Bio-Rad | -- | |
| 考马斯亮蓝染色液 | -- | -- | |
| EMSA | SYBR Green EMSA核酸凝胶染色试剂盒 | Invitrogen | E33075 |
| 报告基因分析 | PGL3启动子报告基因构建体 | VectorBuilder | -- |
| Dual-Glo荧光素酶检测系统试剂盒 | Promega | E2920 | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质IP试剂盒,磁珠 | Cell Signaling Technology | 91820 |
| 细胞因子检测 | 人细胞因子ELISA板阵列I(比色法) | Signosis | EA-4002 |
| 代谢分析 | Seahorse XFe96细胞外流量分析仪 | Agilent | -- |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | -- | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 鱼藤酮/抗霉素 | -- | -- | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Abcam | ab238535 |
| ROS检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK145 | |
| 线粒体ROS检测试剂盒 | Abcam | ab219943 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| BCL7A基因突变和表达分析 | 全基因组测序覆盖度(>75×),患者队列样本量(362例),BCL7A突变定义区域(5'UTR和内含子1),RNA-seq分析中正常浆细胞样本数(16例) 阅读提示:见Results部分'Frequent BCL7A genomic and transcriptomic alterations in MM'及图1 |
| BCL7A功能研究(细胞实验) | shRNA序列和KD效率,CRISPR敲除克隆的筛选和验证,细胞活力检测方法和时间点,集落形成实验的细胞数量(500 cells/well)和培养时间(15-21天),细胞周期分析S期百分比 阅读提示:见Methods部分'BCL7A KD/KO; BCL7A ectopic expression and cell viability'和'Colony formation assay',以及图2A-C |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系和年龄(4周龄雌性SCID),照射剂量(200 cGy),接种细胞数(5×10^6),肿瘤测量方法(两维,体积=0.5×长×宽^2),每组小鼠数(n=5) 阅读提示:见Methods部分'In vivo experiment'和图2E,H |
| BCL7A-IRF4相互作用分析 | Co-IP所用抗体及其浓度,GST pull-down中BCL7A和IRF4蛋白浓度,质谱分析的细胞系(NCI-H929和KMS12BM) 阅读提示:见Methods部分'Co-IP, western blotting, and GST pull-down assay'和'Mass spectrometry',以及图3C-D |
| IRF4转录活性检测 | EMSA中BCL7A蛋白浓度(150,300,450 ng)和IRF4蛋白浓度(150 ng),IRF4结合序列的DNA寡核苷酸序列,报告基因质粒的构建和转染条件,ChIP-qPCR中IRF4抗体和靶基因引物序列 阅读提示:见Methods部分'EMSA'、'IRF4 binding reporter assay'和'ChIP and quantitative real-time PCR',以及图4A-C |
| 细胞因子和代谢检测 | 细胞因子检测中细胞数量和培养时间(24小时),Seahorse检测中细胞接种密度(2×10^4/孔),药物注射顺序和浓度(1 μM oligomycin,1 μM FCCP,0.5 μM rotenone/antimycin),ROS检测的荧光波长和试剂盒规格 阅读提示:见Methods部分'Cytokine assay, mitochondrial metabolism, and ROS detection'和图5 |