自身抗体反应组谱分析
比较IMID患者与健康对照的自身抗体谱,鉴定差异表达自身抗体。
使用包含1006种自身抗原蛋白的微阵列检测血清IgG和IgA自身抗体,对137例IMID患者和25例健康对照进行差异分析。
Large-Scale Autoantibody Reactome Analysis Reveals Shared and Specific Signatures Across Different Immune-Mediated Inflammatory Diseases
包含发现队列(137例IMID患者和25例健康对照)和独立验证队列(25例RA患者和25例对照),涉及自身抗原微阵列、免疫组化、转录组分析和生物信息学分析等多个证据层级。
类风湿关节炎患者血清和滑膜组织 骨关节炎患者滑膜组织对照 健康对照血清 八种IMID患者血清
血清样本稀释比例:1:300 自身抗原微阵列包含1006种自身抗原蛋白 抗HDAC3抗体(1:150,Servicebio,GB115591-100) 抗SULF1抗体(1:150,Cusabio,CSB-PA814217LA01HU) 独立验证队列:25例RA患者和25例健康对照
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较IMID患者与健康对照的自身抗体谱,鉴定差异表达自身抗体。
使用包含1006种自身抗原蛋白的微阵列检测血清IgG和IgA自身抗体,对137例IMID患者和25例健康对照进行差异分析。
解析差异表达自身抗体靶抗原的生物学功能和相互作用网络。
通过GO、KEGG、Reactome通路富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,识别核心枢纽蛋白。
识别各IMID疾病特异性自身抗体及共享自身抗体。
分别比较每种IMID与健康对照的差异表达自身抗体,通过Upset图和花瓣图分析共享和特异性模式。
评估自身抗体组合对IMID及其亚型的诊断价值。
通过ROC曲线分析计算AUC值,评估共享面板和疾病特异性面板的诊断性能。
验证核心共享自身抗体在独立RA队列中的诊断性能及靶抗原表达。
在25例RA患者和25例健康对照中检测自身抗体,通过转录组分析和免疫组化验证SULF1和HDAC3的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 自身抗体检测 | 自身抗原微阵列 | ProteomicsEra Medical Co., Ltd | -- |
| Cy3标记的抗人IgG二抗 | -- | -- | |
| Cy5标记的抗人IgA二抗 | -- | -- | |
| GenePix 4300A微阵列扫描仪 | Molecular Devices | -- | |
| 免疫组化 | 抗HDAC3抗体 | Servicebio | GB115591-100 |
| 抗SULF1抗体 | Cusabio | CSB-PA814217LA01HU |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 自身抗体检测 | 样品稀释比例(1:300),孵育时间(1小时),室温,封液(5%脱脂奶粉),抗体稀释比例(Cy3-IgG 1:1000,Cy5-IgA 1:1000),扫描仪型号,扫描分辨率(5 μm) 阅读提示:Materials and Methods: Serologic autoantibody detection |
| 免疫组化 | 一抗稀释比例(HDAC3和SULF1均为1:150),样本类型(RA患者和OA患者的滑膜组织),样本量(RA=2,OA=4),图像分析软件及版本(ImageJ version 2.16.0) 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry analysis |
| 基因表达分析 | 数据集(GSE89408),差异表达分析软件(DESeq2 version 1.48.1),组间比较方法(Mann-Whitney U检验) 阅读提示:Materials and Methods: Gene expression analysis |
| 统计与诊断性能评估 | 差异表达分析阈值(P < 0.05,FC > 1),ROC分析中AUC的计算方法(pROC包),统计软件(R 4.1.3,GraphPad Prism 8.0,SPSS 26.0) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis |