样本选择和分组
根据奶牛繁殖结果(淘汰原因)将血液样本分为可育和生育力低下两组。
从同一农场采集12头奶牛血液,一年后根据繁殖相关淘汰记录选择6头为生育力低下组,其余6头为可育组。
Epigenetic insights into fertility: involvement of immune cell methylation in dairy cows reproduction†
基于12头奶牛血液样本的全基因组甲基化测序和生物信息学分析,未涉及功能验证或机制实验。
荷斯坦奶牛血液样本(可育组与生育力低下组,每组6头)
模型:荷斯坦奶牛血液样本,分组为可育(n=6)和生育力低下(n=6) 样本来源:同一农场、相似年龄(3-8岁)的奶牛血液 分组标准:根据一年后繁殖相关淘汰记录分为生育力低下组,无生育问题的仍在群奶牛为可育组 检测方法:全基因组酶促甲基化测序(EM-seq),Illumina NovaSeq平台 数据分析:差异甲基化分析(q<0.01,|甲基化差异|>25%)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据奶牛繁殖结果(淘汰原因)将血液样本分为可育和生育力低下两组。
从同一农场采集12头奶牛血液,一年后根据繁殖相关淘汰记录选择6头为生育力低下组,其余6头为可育组。
获取奶牛血液样本的全基因组DNA甲基化图谱。
使用酶促甲基化测序(EM-seq)构建文库并进行全基因组测序,经生物信息学流程进行甲基化调用。
比较可育与生育力低下奶牛间的差异甲基化位点。
使用MethylKit进行单CpG和区域差异化分析,筛选显著DMCs并进行基因组区域注释。
解析差异甲基化基因的生物学功能和潜在相互作用网络。
使用DAVID进行功能富集分析,并利用BioGRID数据库构建基因相互作用网络。
识别能区分可育与生育力低下奶牛的最小甲基化标志物集。
基于高度显著DMCs(-log10(q-value)>10),使用sPLS-DA筛选出220个关键标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全基因组甲基化测序 | Illumina NovaSeq 测序平台 | Illumina | -- |
| 酶促甲基化测序 | -- | -- | |
| DNA提取和测序 | Génome Québec测序平台 | Génome Québec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本选择 | 分组定义:生育力低下组为采样后一年内因繁殖相关问题被淘汰的奶牛,可育组为仍在群且无生育问题的奶牛;年龄范围3-8岁;样本量n=6每组。 阅读提示:Materials and methods: Animal selection and sample collection |
| 测序与文库制备 | 使用1 ml血液;EM-seq酶处理(TET2、T4-BGT、APOBEC3A);内部对照λDNA和pUC19;测序平台Illumina NovaSeq;目标读段数约450M 150bp双端读段。 阅读提示:Materials and methods: Enzymatic methyl sequencing |
| 甲基化调用 | 使用fastp进行过滤、修剪和去重;使用Bismark比对到Bos taurus ARS-UCD1.2.104参考基因组;DRAGEN Methylation Pipeline运行。 阅读提示:Materials and methods: Methyl calling |
| 差异甲基化分析 | CpG覆盖度:至少6个reads,且每组至少5个样本;区域分析窗口500bp,重叠250bp,至少5个CpG;差异统计:logistic回归,SLIM方法调整q值;协变量:年龄、父母差异、λ转换率;筛选阈值:q<0.01,甲基化差异>25%。 阅读提示:Materials and methods: Differential methylation analysis |
| 标志物筛选 | sPLS-DA分析:验证参数Mfold,folds=5,nrepeat=100,dist='max.dist',measure='BER';基于DMCs -log10(q-value)>10筛选。 阅读提示:Materials and methods: Statistical analyses and visualization methods; Results: Top predictive markers associated with fertility |