临床样本和队列分析
评估乳酸相关转录活性与HCC预后及免疫微环境的关系。
分析TCGA和ICGC队列,计算乳酸相关评分,进行生存分析;利用公开空间转录组数据评估免疫细胞浸润;通过多色免疫组化染色分析人HCC组织芯片中乳酸水平、乳酸化水平与免疫细胞空间分布的关系。
AARS1-mediated lactylation reprograms macrophage lipid metabolism to restrict antitumor immunity
研究包含多层级验证:体内免疫细胞耗竭模型、巨噬细胞特异性AARS1敲降小鼠模型、体外共培养实验、质谱鉴定乳酸化位点、体外酶活实验、脂质组学及分子动力学模拟,并包含功能验证和机制验证。
小鼠HCC模型(原位Hep53.4-luc移植瘤模型和Nras/Trp53驱动原发性肝癌模型) 小鼠巨噬细胞(腹腔巨噬细胞、肿瘤浸润巨噬细胞) 人HCC组织样本及骨髓来源巨噬细胞(体外实验) HEK293T和HEK293F细胞(用于蛋白表达和乳酸化检测)
巨噬细胞特异性AARS1敲降小鼠(Csf1r-cre+Aars1fl/+)的构建及表型验证 CPT1A K675乳酸化位点的鉴定(质谱和K675R突变) 油酸(OA)处理浓度(10 µM)及对cGAS-STING通路的抑制作用 钠乳酸(NaLac)处理剂量(1 g/kg体重,腹腔注射)和体外浓度(20 mM) cGAS-STING通路激活检测(HT-DNA刺激和cGAMP水平)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估乳酸相关转录活性与HCC预后及免疫微环境的关系。
分析TCGA和ICGC队列,计算乳酸相关评分,进行生存分析;利用公开空间转录组数据评估免疫细胞浸润;通过多色免疫组化染色分析人HCC组织芯片中乳酸水平、乳酸化水平与免疫细胞空间分布的关系。
确定介导乳酸促肿瘤作用的免疫细胞类型。
建立原位Hep53.4-luc HCC小鼠模型,用钠乳酸或PBS处理,并选择性耗竭不同免疫细胞亚群,通过生物发光成像评估肿瘤生长,流式分析肿瘤浸润免疫细胞。
揭示乳酸对巨噬细胞转录程序的影响。
分选正常肝、PBS处理肿瘤和钠乳酸处理肿瘤中的巨噬细胞,进行RNA测序,分析差异表达基因和GO富集。
验证巨噬细胞AARS1在HCC进展和CD8+ T细胞免疫中的作用。
生成Csf1r-cre+Aars1fl/+(CKO)小鼠,建立原发性肝癌模型和原位移植瘤模型,比较肿瘤生长和免疫细胞浸润。
验证AARS1敲降通过恢复IFN-I信号增强CD8+ T细胞免疫。
使用抗IFNAR1抗体阻断IFN-I信号,或抗CD8抗体耗竭CD8+ T细胞,评估对肿瘤生长和免疫细胞的影响;体外共培养实验检测MHC-I表达和OT-I T细胞杀伤。
鉴定AARS1的底物并验证CPT1A乳酸化对脂质代谢的影响。
通过免疫共沉淀和质谱鉴定AARS1相互作用蛋白,确认CPT1A;突变K675R消除乳酸化;体外酶活实验证明AARS1催化CPT1A乳酸化;检测乳酸化对CPT1A与油酰辅酶A结合亲和力的影响。
证明乳酸化介导的脂质代谢改变如何抑制cGAS-STING信号。
检测肿瘤浸润巨噬细胞脂滴积累;进行脂质组学分析;用OA处理巨噬细胞检测cGAS-STING通路激活;通过pull-down和分子对接验证OA与cGAS结合。
评估巨噬细胞AARS1敲降联合PD-L1阻断的治疗效果。
在CKO小鼠原位HCC模型中,给予抗PD-L1或对照抗体,监测肿瘤进展和CD8+ T细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | C57BL/6J小鼠 | -- | -- |
| Aars1fl/+小鼠 (NO.TO22801) | GemPharmatech | TO22801 | |
| Csf1r-cre+小鼠 (NO. T005640) | GemPharmatech | T005640 | |
| 细胞培养 | Hep53.4-luc细胞 | -- | -- |
| HEK293T细胞 | -- | -- | |
| HEK293F细胞 | -- | -- | |
| 药物处理 | 乳酸钠 | -- | -- |
| 乙莫克舍 | -- | -- | |
| 油酸 | -- | -- | |
| 免疫分析 | 鲱鱼精DNA | -- | -- |
| cGAMP | -- | -- | |
| HSV1-GFP | -- | -- | |
| 耗竭抗体 | 抗CD8抗体 | -- | -- |
| 抗IFNAR1抗体 | -- | -- | |
| 抗PD-L1抗体 | -- | -- | |
| 检测试剂 | BODIPY | -- | -- |
| 抗Flag磁珠 | -- | -- | |
| 抗His磁珠 | -- | -- | |
| 蛋白质分析 | 抗CPT1A抗体 | -- | -- |
| 抗泛赖氨酸乳酸化抗体 | -- | -- | |
| 抗CD68抗体 | -- | -- | |
| 抗CD4抗体 | -- | -- | |
| 抗CD8抗体 | -- | -- | |
| 抗TIM3抗体 | -- | -- | |
| 细胞因子检测 | IFN-β ELISA | -- | -- |
| cGAMP ELISA | -- | -- | |
| 分子生物学 | 短发夹RNA | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别及基因型(Csf1r-cre+Aars1fl/+) 阅读提示:Materials and methods: Mouse strains |
| 体内乳酸处理 | 钠乳酸剂量(1 g/kg)、给药途径(腹腔注射)及频率(每日) 阅读提示:Figure 3A |
| 免疫细胞耗竭 | 耗竭抗体种类、剂量(200 µg/只)、给药时间(肿瘤接种前7天开始,每3天一次) 阅读提示:Figure 3A |
| 肿瘤模型 | Hep53.4-luc原位移植瘤细胞数量(未明确)、接种时间(day 0)、成像时间(day 14) 阅读提示:Figure 3A, 4B |
| IFNAR1阻断 | 抗IFNAR1抗体剂量和给药频率(隔天一次,提前一周开始) 阅读提示:Figure 5D |
| 细胞处理 | 钠乳酸浓度(20 mM)、油酸浓度(10 µM)、处理时间(24小时)、HT-DNA刺激时间(4小时) 阅读提示:Figure 7G, 8E |
| 体外酶活实验 | 条件浓度(ATP、乳酸钠、β-丙氨酸均为2 mM)、反应时间(37°C 2小时) 阅读提示:Figure 7L |