样本收集与处理
收集CD患者和对照者的粪便、尿液和血清样本,用于量化食品添加剂水平。
从澳大利亚、香港和中国大陆的487名受试者收集1461份生物样本,包括粪便、尿液和血清。
Quantifying artificial sweeteners and emulsifiers in Crohn's disease and its relationship with disease activity: the ENIGMA study - a novel and targeted approach
研究包含多中心人群样本检测、体外细胞模型验证及独立验证队列,并涉及宏基因组与蛋白质组等多组学关联分析,实验层级丰富。
Caco-2细胞单层模型 粪便微生物与P-80共培养模型 克罗恩病患者和对照者生物样本
样本来源:澳大利亚、香港和中国大陆的CD患者和对照者的粪便、尿液和血清样本 甜味剂定量方法:LC-MS/MS,使用Hypersil GOLD C18色谱柱,流动相含0.01%甲酸,电喷雾负离子模式,监测特定离子对 P-80代谢物半定量方法:基于峰面积,对聚合度分类 体外通透性实验:Caco-2单层细胞,TEER测量,FITC-dextran渗透,处理浓度为CD_P-80 10ng/mL,甜味剂浓度等 GLM模型:区分活动性CD(CDAI≥150)与非活动性CD,使用粪便P-80代谢物和三种甜味剂水平,在发现队列和验证队列中评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集CD患者和对照者的粪便、尿液和血清样本,用于量化食品添加剂水平。
从澳大利亚、香港和中国大陆的487名受试者收集1461份生物样本,包括粪便、尿液和血清。
开发并应用LC-MS/MS方法定量检测生物样本中的人工甜味剂和P-80代谢物。
使用LC-MS/MS定量检测粪便、尿液和血清中的阿斯巴甜、糖精、三氯蔗糖和P-80代谢物,对P-80代谢物采用半定量峰面积分析。
探究CD患者和对照者P-80代谢差异是否由肠道菌群变化驱动。
对粪便样本进行蛋白质组学和宏基因组学分析,比较CD患者和对照者相关菌群和功能酶,并通过体外粪便与P-80共培养验证。
验证CD相关P-80代谢物是否通过破坏肠道屏障促进甜味剂转运。
使用Caco-2细胞单层模型,分别用CD相关或对照相关的P-80代谢物和甜味剂处理,测量TEER、FITC-dextran渗透和ZO-1表达。
评估甜味剂和P-80代谢物水平与CD疾病活动度的相关性。
分析粪便和尿液甜味剂水平与粪便钙卫蛋白的相关性,比较活动期和非活动期患者粪便P-80代谢物水平,并在独立队列中验证。
评估甜味剂和P-80代谢物作为生物标志物区分活动性CD与非活动性CD的潜力。
使用香港发现队列(n=77)构建逻辑回归模型,并在两个独立验证队列(澳大利亚n=88,中国大陆n=51)中评估。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 甜味剂定量 | Hypersil GOLD C18选择性高效液相色谱柱 | Thermo Scientific | -- |
| P-80代谢物定量 | Waters ACQUITY PREMIER超高效液相色谱系统 | Waters | -- |
| Waters Xevo TQ-XS三重四极杆质谱仪 | Waters | -- | |
| 粪便培养 | P-80储备液 | -- | -- |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT Master Mix (Perfect Real Time)试剂盒 | TaKaRa | -- |
| qPCR | TB Green Premix Ex Taq II (Tli RNaseH Plus) | TaKaRa | -- |
| 渗透性实验 | FITC-葡聚糖(4kDa) | -- | -- |
| 免疫荧光染色 | Alexa Fluor 488偶联的山羊抗兔IgG二抗 | -- | -- |
| 粪便钙卫蛋白检测 | 特异性钙卫蛋白单克隆抗体ELISA | Bühlmann Laboratories | -- |
| 数据分析 | Thermo Scientific Xcalibur软件 | Thermo Scientific | -- |
| TraceFinder软件 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 受试者纳入/排除标准,样本类型(粪便、尿液、血清) 阅读提示:Materials and methods 中的 Study design and participants |
| 甜味剂定量 | LC-MS/MS参数,色谱柱型号,流动相,梯度洗脱程序,离子监测对 阅读提示:Materials and methods 中的 Quantification of food additives in biological samples |
| P-80代谢物定量 | UPLC-MS/MS参数,色谱柱,梯度,监测离子,聚合度分类定义 阅读提示:Materials and methods 中的 Quantification of food additives in biological samples |
| 粪便与P-80共培养 | 粪便量(100mg),P-80浓度(10μg/mL),厌氧条件,37°C,24小时 阅读提示:Materials and methods 中的 Co-cultivation of fecal samples with P-80 |
| 体外细胞实验 | Caco-2细胞密度(1×10^5 cells/500μL),Transwell规格,TEER达到约500Ω×cm²,处理浓度(CD_P-80 10ng/mL等),处理时间24小时 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell co-culture experiments |
| GLM构建 | 发现队列(HK n=77),特征(粪便P-80代谢物和三种甜味剂),模型(逻辑回归L1惩罚),验证队列(AUS n=88,MC n=51) 阅读提示:Materials and methods 中的 Construction of GLM |