猪饮食干预
验证西方饮食(红肉和猪油)对APC1311/+猪CRC表型及胆汁酸代谢的影响
APC1311/+猪分别喂食对照饮食或红肉和猪油饮食3个月,分析结肠Ki67+细胞、息肉数量/大小、粪便菌群和胆汁酸水平。
Secondary bile acid production by gut bacteria promotes Western diet-associated colorectal cancer
包含猪饮食干预、无菌小鼠定植、基因突变菌株、AOM/DSS及遗传模型、人类队列宏基因组、类器官等多层级实验,并具备功能与机制验证。
APC1311/+猪 无菌BALB/cJ小鼠 人结肠类器官 人类CRC粪便宏基因组队列
APC1311/+猪的饮食干预分组(CTRL、RL、COL) BACOMI菌群中是否包含C. scindens、E. muris或F. contorta野生型/ΩbaiH突变株 AOM/DSS处理剂量与周期 DCA浓度测定方法(LC-MS/MS) 肿瘤计数与大小分级标准
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证西方饮食(红肉和猪油)对APC1311/+猪CRC表型及胆汁酸代谢的影响
APC1311/+猪分别喂食对照饮食或红肉和猪油饮食3个月,分析结肠Ki67+细胞、息肉数量/大小、粪便菌群和胆汁酸水平。
验证胆汁酸螯合剂消胆胺能否逆转西方饮食诱导的结肠上皮增殖
APC1311/+猪分三组(CTRL、RL、COL),COL为RL饮食添加消胆胺,干预3个月,分析Ki67+细胞、息肉变化和粪便胆汁酸。
识别与CRC相关的特定7αDH+细菌及其bai操纵子
分析来自多个队列的CRC患者(n=1034)和对照(n=1108)粪便宏基因组,量化bai操纵子的物种解析相对丰度。
验证定植特定7αDH+细菌(C. scindens或E. muris)导致DCA产生并影响结肠上皮增殖
无菌BALB/cJ小鼠喂食高脂饮食,定植BACOMI菌群(含或不含C. scindens或E. muris),分析盲肠内容物胆汁酸、结肠Ki67+细胞和基因表达。
验证7αDH活性是否增加化学诱导结肠肿瘤发生
定植BACOMI(含或不含C. scindens或E. muris)的无菌小鼠接受AOM/DSS处理,计数结肠肿瘤。
特异性验证7αDH酶在促肿瘤发生中的因果作用
使用F. contorta野生型或ΩbaiH突变株定植无菌小鼠,进行AOM/DSS处理,比较肿瘤数量;并用菌株上清液处理人结肠类器官,检测Ki67+细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 饮食干预 | ssniff Spezialdiäten GmbH | ssniff Spezialdiäten GmbH | S5745-S074 |
| 消胆胺 | Ratiopharm GmbH | EAN | |
| 组织学 | Ki67抗体(兔) | DSC innovative Diagnostik-System | KI681C002 |
| 山羊抗兔IgG | Santa Cruz | sc-2780 | |
| VECTASTAIN Elite ABC试剂盒 | Vectorlab | PK-6100 | |
| 免疫荧光 | Ki67抗体 | abcam | ab15580 |
| AlexaFluor-488 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Hoechst | Merck | -- | |
| 封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 共聚焦激光显微镜LSM 780 | Zeiss | -- | |
| 微生物组分析 | MiSeq系统 | Illumina | -- |
| QIAmp Fast DNA粪便微型试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 微生物基因组DNA试剂盒 | Macherey-Nagel | -- | |
| Thoma细胞计数板 | Fein-Optik | -- | |
| 胆汁酸测量 | 1290 Infinity II高效液相色谱仪 | Agilent Technologies | -- |
| Poroshell EC-C18色谱柱 | Agilent Technologies | -- | |
| 6495C三重四极杆质谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Oasis HLB 96孔uElution板 | Waters | -- | |
| 1290系列超高效液相色谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 6530精确质量Q-TOF质谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Zorbax Eclipse Plus C18色谱柱 | Agilent Technologies | -- | |
| MassHunter工作站定量分析软件(QQQ) | Agilent Technologies | -- | |
| MassHunter定量/定性软件 | Agilent Technologies | -- | |
| 脂质组学分析 | 气相色谱-质谱联用 | -- | -- |
| 器官样细胞培养 | Matrigel | Corning | 356231 |
| IntestiCult | STEMCELL Technologies | 06010 | |
| 胆酸 | Sigma Aldrich | C1129 | |
| 脱氧胆酸 | Sigma Aldrich | D2510 | |
| 细胞回收液 | Corning | CLS354253 | |
| Epredia HistoGel | Thermo Fisher Scientific | HG-4000-012 | |
| ROTIHistofix | Carl Roth | P087.5 | |
| Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 12202S | |
| AlexaFluor-594 | Thermo Fisher Scientific | A21207 | |
| DAPI | -- | -- | |
| DAKO FluorSave | DAKO | -- | |
| Olympus IX81显微镜 | Evident Scientific | -- | |
| 细菌培养 | 脑心浸液培养基 | -- | -- |
| 胰酪胨大豆肉汤 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 猪饮食干预 | 饮食组分(对照、RL、COL)、喂养量(1kg/天)、持续时间(3个月)、APC1311/+猪基因型 阅读提示:Methods: 'Dietary Interventions in APC1311/+ pigs';图1、2图注 |
| 胆汁酸测定 | 样品量(粪便/盲肠内容物)、提取方法、LC-MS/MS参数、内标浓度、检出限 阅读提示:Methods: 'Bile acid measurements';补充表S6 |
| 无菌小鼠定植 | 菌株(C. scindens DSM 5676, E. muris DSM 28560, F. contorta野生型/ΩbaiH)、接种量(108细胞/100μL)、接种途径(口服和直肠)、高脂饮食、定植时间 阅读提示:Methods: 'Gnotobiotic mouse experiments';图3、4、5图注 |
| AOM/DSS肿瘤诱导 | AOM剂量(5mg/kg)、注射次数和时间、DSS浓度(1.5%)和周期数、小鼠品系(BALB/cJ)、观察期 阅读提示:Methods: 'Gnotobiotic mouse experiments';图4图注 |
| 类器官实验 | 类器官来源、Matrigel培养、胆汁酸浓度(50μM)、细菌上清液制备、刺激时间(48小时)、Ki67染色 阅读提示:Methods: 'Human colonic organoid experiments';图5及补充图S4 |