细菌鞭毛马达蛋白FliF与FliG相互作用的结构见解

Structural insights into the interaction between the bacterial flagellar motor proteins FliF and FliG.

作者信息Robert Levenson, Hongjun Zhou, Frederick W Dahlquist
PMID22670715
发布时间2012-06-26
DOI10.1021/bi3004582

实验完整度

包含体外蛋白纯化、NMR结构表征、尺寸排阻色谱/光散射分析、荧光结合实验等分子层面验证,但缺乏体内功能验证。

主要模型

Thermotoga maritima FliGN重组蛋白 Thermotoga maritima全长FliG蛋白 合成FliFC肽段

重点核对

FliFC肽段序列(FliF495-532、FliF512-532等) NMR实验条件(40°C,8% D2O) 荧光实验缓冲液(50 mM磷酸钠,100 mM NaCl,0.5 mM EDTA,pH 6.5) FliGN浓度及肽段浓度

摘要

可溶性细胞质蛋白FliG与跨膜蛋白FliF的结合是细菌鞭毛组装中的首个相互作用之一。一旦建立,这种相互作用对于将负责扭矩传递和鞭毛旋转方向控制的细胞质环锚定在鞭毛组装所围绕的中央跨膜环上至关重要。在这里,我们分离并表征了Thermotoga maritima FliG的N端结构域(FliGN)与对应于T. maritima FliF保守C端部分的肽段之间的相互作用。利用核磁共振及其他技术,我们表明FliF的最后约40个氨基酸(FliFC)与FliGN强烈相互作用(解离常数的上限为低nM)。这种复合物的形成导致FliGN发生广泛的构象变化。我们发现,T. maritima FliGN在缺乏FliFC肽时是同源二聚体,但与肽形成异源二聚体复合物,并且我们表明这种寡聚状态的变化也发生在全长T. maritima FliG中。我们将先前观察到的FliFC突变表型效应与我们对结合的直接观察联系起来。最后,基于NMR数据,我们提出FliFC的主要相互作用位点位于FliGN螺旋1中心的保守疏水斑块上。这些结果为细菌鞭毛马达提供了新的详细信息,并支持理解细胞质环精确分子结构和旋转切换机制的努力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
细菌鞭毛马达蛋白FliF与FliG之间的相互作用是如何发生的?
核心机制
FliFC肽段与FliGN结合,诱导FliGN构象变化,稳定其螺旋1和螺旋4,并导致FliGN从同源二聚体转变为异源二聚体。
主要证据
NMR化学位移扰动、尺寸排阻色谱/光散射分析显示FliGN在无肽时形成同源二聚体,结合FliFC后形成异源二聚体;荧光实验显示结合亲和力上限为低nM。
研究意义
提供了FliF-FliG相互作用的详细信息,有助于理解鞭毛马达细胞质环的分子结构和旋转切换机制。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

FliGN蛋白表达与纯化

获得用于NMR和荧光实验的纯化FliGN蛋白

从FliGNM构建体生成FliGN(残基1-102),在BL21-Rosetta细胞中表达,经热处理、镍亲和层析和FPLC尺寸排阻层析纯化。

2

NMR表征FliGN与FliFC肽结合

确定FliGN与FliFC肽是否结合及结合引起的构象变化

使用三共振NMR实验对游离FliGN及结合FliF495-532的FliGN进行主链归属,通过15N-1H TROSY-HSQC观察结合前后谱图变化。

3

尺寸排阻色谱/光散射分析寡聚状态

确定FliGN及全长FliG在结合FliFC肽前后的寡聚状态

使用SEC-MALS系统测定游离和结合肽的FliGN和全长FliG的分子量。

4

荧光光谱分析结合亲和力

定量FliFC肽与FliGN的结合亲和力及化学计量比

利用FliFC中保守色氨酸W527的内源荧光,监测加入FliGN后荧光变化,计算解离常数。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
AcTEV蛋白酶Invitrogen--
Varian Inova 600兆赫Varian--
Bruker Avance III Ultrashield Plus 800兆赫Bruker--
Perkin Elmer LS 55荧光分光光度计Perkin Elmer--
Wyatt Technologies Minidawn TREOSWyatt Technologies--
Wyatt Technologies t-rEX折射率检测器Wyatt Technologies--
FliF495-532肽EZ Biolab--
FliF495-532肽NEO BioScience--
FliF512-532、FliF520-528、FliF523-528肽Biomatik Corporation--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
蛋白质表达与纯化
表达菌株(BL21-Rosetta)、诱导条件(IPTG浓度、温度、时间)、纯化缓冲液组成
阅读提示:参见Materials and Methods中的Protein Purification部分
NMR实验
蛋白浓度、温度、缓冲液(含D2O比例)、肽段序列及浓度、NMR谱仪型号
阅读提示:参见Materials and Methods中的NMR Spectroscopy部分及图2图注
尺寸排阻色谱/光散射
蛋白浓度、缓冲液组成(Tris、NaCl、EDTA、pH)、色谱柱类型
阅读提示:参见Materials and Methods中的Size-Exclusion Chromatography部分及图4图注
荧光结合实验
缓冲液组成、肽段浓度、激发和发射波长、FliGN浓度范围
阅读提示:参见Materials and Methods中的Fluorescence Spectroscopy部分及图5图注