生物信息学分析HBD2表达
比较宫颈鳞状细胞癌组织与正常组织中HBD2 mRNA水平。
使用UALCAN服务器分析TCGA数据库中305个宫颈鳞状细胞癌样本和3个正常对照样本的mRNA测序数据。
HPV16 E7 inhibits HBD2 expression by down-regulation of ASK1-p38 MAPK pathway in cervical cancer.
包含生物信息学分析、体外细胞实验(HPV16 E7过表达/敲低、通路抑制剂、shRNA)、Western blot、RT-qPCR、ELISA、CCK-8和凋亡检测等多层级验证,并进行了功能与机制验证。
宫颈癌细胞系C33A(HPV阴性) 宫颈癌细胞系CaSki(HPV16阳性) 宫颈癌细胞系SiHa(HPV16阳性) 宫颈癌细胞系CaCo2(HPV阴性)
HPV16 E7敲低或过表达对HBD2 mRNA和蛋白水平的影响 ASK1-p38 MAPK通路抑制剂(SB-203580、GS-4997)处理浓度和时间(60或80 μM、50或60 μM,24小时) Anisomycin处理浓度(0-5.0 μM)和时间(24小时)对p-p38、HBD2表达和细胞活力的影响 细胞系来源和培养条件(DMEM或RPMI 1640,10% FBS,37°C,5% CO2)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较宫颈鳞状细胞癌组织与正常组织中HBD2 mRNA水平。
使用UALCAN服务器分析TCGA数据库中305个宫颈鳞状细胞癌样本和3个正常对照样本的mRNA测序数据。
验证HPV16 E6或E7对HBD2表达的影响。
在SiHa和CaSki细胞中转染50 nM HPV16 E6/E7 siRNA或对照siRNA,48小时后检测基因敲低效率,并检测HBD2 mRNA和蛋白水平。
验证HPV16 E7过表达对HBD2表达的影响。
构建pcDNA3.1-3FLAG-HPV16 E7质粒,转染到C33A和CaCo2细胞,48小时后检测E7蛋白表达,并检测HBD2 mRNA和蛋白水平。
验证ASK1-p38 MAPK通路对HBD2表达的影响。
用p38抑制剂SB-203580和ASK1抑制剂GS-4997处理C33A和CaCo2细胞,或用shASK1质粒转染,检测HBD2表达和p38磷酸化水平。
验证HPV16 E7是否调控ASK1-p38 MAPK通路的激活。
在SiHa和CaSki细胞中敲低HPV16 E7,或在C33A和CaCo2细胞中过表达HPV16 E7,检测ASK1、p-ASK1(Thr845)、p-ASK1(Ser966)、p38和p-p38的蛋白水平。
验证p38激活剂Anisomycin对HBD2表达、细胞活力及凋亡的影响。
用不同浓度Anisomycin处理SiHa、CaSki和C33A细胞,检测p-p38水平、HBD2表达、细胞活力和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 生物信息学分析 | UALCAN | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Sijiqing | -- | |
| 细胞培养和转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio Technology | -- |
| HPV16 E7抗体 | Santa Cruz | 1:200 | |
| ASK1抗体 | Proteintech | 1:1500 | |
| p-ASK1 (Ser966)抗体 | Proteintech | 1:500 | |
| p-ASK1 (Thr845)抗体 | Immunoway | 1:1500 | |
| p38抗体 | Proteintech | 1:1000 | |
| p-p38 (Thr180/Tyr182)抗体 | Proteintech | 1:1000 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 1:1000 | |
| FLAG抗体 | Sigma | 1:1000 | |
| HRP标记的抗兔IgG | Boster Bio | 1:5000 | |
| RT-qPCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| PrimeScript RT预混液 | Takara | -- | |
| SYBR Green实时PCR预混液 | Mei5bio | -- | |
| StepOne PLUS实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | NeoBioscience Technology | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8细胞活力检测试剂盒 | APExBIO | -- |
| 凋亡检测 | 凋亡检测试剂盒 | Bestbio | -- |
| 药物处理 | 茴香霉素 | -- | -- |
| SB-203580 | -- | -- | |
| GS-4997 | -- | -- | |
| 转染 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V结合缓冲液 | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据库中的样本类型和数量(305个CESC样本和3个正常对照) 阅读提示:Methods: Bioinformatics analysis |
| 细胞培养 | 细胞系来源(C33A和CaSki购自Fenghuishengwu,SiHa和CaCo2来自实验室库存)、培养基(DMEM或RPMI 1640)、血清浓度(10% FBS)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| HPV16 E6/E7敲低 | siRNA浓度(50 nM)、处理时间(48小时)、转染试剂(Lipofectamine 2000) 阅读提示:Methods: HPV16 E6/E7 SiRNA knockdown experiments |
| HPV16 E7过表达 | 质粒构建(pcDNA3.1-3FLAG-HPV16 E7)、转染量(3 µg)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: Plasmid constructions; Cell culture and transfection |
| ASK1-p38通路抑制 | SB-203580浓度(60或80 µM)、GS-4997浓度(60或50 µM)、处理时间(24小时)、shASK1质粒转染 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection (shASK1); Results: ASK1-p38 MAPK pathway could induce HBD2 expression |
| Western blot | 抗体及其稀释比例(如anti-ASK1 1:1500等)、内参(GAPDH)、ECL显色系统 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| RT-qPCR | RNA提取试剂(RNAiso Plus)、逆转录试剂(PrimeScript RT Master Mix)、SYBR Green试剂、内参基因(GAPDH)、重复次数(三次) 阅读提示:Methods: RNA extraction and real-time quantitative PCR assay |
| ELISA | 样本(细胞培养上清液)、试剂盒品牌(NeoBioscience Technology)、检测波长(450 nm) 阅读提示:Methods: ELISA |
| 细胞活力检测 | Anisomycin处理浓度和时间(24小时)、CCK-8孵育时间(2-4小时)、检测波长(450 nm) 阅读提示:Methods: Cell viability assay; Results: HBD2 might involve the treatment effects of anisomycin (Fig. 5C) |
| 凋亡检测 | Anisomycin处理浓度(0-5.0 µM)、处理时间(24小时)、Annexin V/PI染色步骤、流式细胞仪 阅读提示:Methods: Apoptosis assay; Results: Fig. 5D-E |