受试者招募与分组
获取HBV感染者和健康对照的样本，比较不同治疗状态下的肠道菌群和炎症因子。
从华山医院招募109名HBV感染者，包括48名未使用核苷类似物的患者和61名连续口服TDF超过3个月的患者，另外招募42名健康对照。收集粪便和血清样本。
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替诺福韦酯在HBV感染诱导的菌群失调中肠道菌群恢复的作用
Role of tenofovir dipivoxil in gut microbiota recovery from HBV-infection induced dysbiosis.
实验完整度
中包含患者肠道菌群16S rRNA测序、炎症因子检测和临床特征分析，属于观察性横断面研究，缺乏功能验证和动物模型等独立证据层级。
主要模型
健康受试者（HC组） 未用药的CHB患者（No-NAs组） TDF治疗的CHB患者（TDF组）
重点核对
患者纳入标准：HBV感染患者，肝酶低于正常上限3倍，无肝纤维化 排除标准：近期使用抗生素或益生菌、合并其他病毒感染等 TDF组：连续口服TDF超过3个月 16S rRNA基因V3-V4区域扩增测序（引物341F/805R，Miseq平台） 炎症因子检测：Quantibody Human TH17 Array 1和IL-18 ELISA试剂盒
摘要
背景
研究发现乙型肝炎病毒（HBV）感染者的肠道菌群存在失调。替诺福韦酯（TDF）是用于治疗慢性乙型肝炎（CHB）的首选口服抗病毒药物之一，但TDF对患者肠道菌群和炎症因子的影响程度在很大程度上仍未探索。在本研究中，我们收集了HBV患者在用药前的粪便样本以及接受TDF治疗的CHB患者的粪便样本。
结果
对42名健康受试者（HC组）、109名HBV感染者（包括48名未使用核苷类似物药物的CHB患者（No-NAs组）和61名使用TDF治疗的CHB患者（TDF组））的肠道菌群和炎症因子进行了评估。16S rRNA测序显示，TDF治疗导致HBV感染者肠道菌群发生显著变化；然而，HBV感染者的肠道菌群并未完全恢复到失调前状态。Bacteroidota的相对丰度从HC组到No-NAs组和TDF组逐渐下降。Fusobacteriota的相对丰度在No-NAs组中显著高于HC组。在属水平上，Dialister、Eubacterium_hallii_group、Halomonas、Collinsella、Sphingomonas、Xanthomonadaceae_unclassified和Rhizobiaceae_unclassified过度表达；而Bacteroides和Fusobacterium的丰度在No-NAs组和TDF组中显著下降。
结论
本研究表明，TDF治疗显著改善了肠道菌群的调节，并有助于菌群失调的恢复。我们未观察到血清炎症因子浓度的显著改善，这可能与本研究中TDF给药时间相对较短有关。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- TDF治疗对CHB患者肠道菌群失调和血清炎症因子水平有何影响？
- 核心机制
- TDF治疗通过抑制HBV复制，改善肠道菌群失调，但未完全恢复至健康状态；炎症因子水平未显著改善可能归因于治疗时间较短。
- 主要证据
- 基于42名健康对照、48名未用药CHB患者和61名TDF治疗患者的粪便16S rRNA测序和血清炎症因子检测，发现TDF治疗显著改变肠道菌群组成，但未完全恢复，且炎症因子无显著改善。
- 研究意义
- 研究提示调节肠道菌群可能作为TDF治疗的补充策略，为CHB治疗提供新思路，但需进一步随机对照试验验证。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
炎症因子检测
评估TDF治疗对血清炎症因子水平的影响。
使用Quantibody Human TH17 Array 1检测20种TH1-TH2-TH17细胞因子，使用ELISA检测IL-18。
粪便16S rRNA基因测序
分析三组受试者肠道菌群的组成和多样性差异。
提取粪便DNA，扩增16S rRNA V3-V4区，使用Miseq平台测序。
生物信息学分析
比较组间菌群多样性、差异菌属和功能预测。
使用USEARCH、UCHIME、UPARSE等进行OTU聚类，SILVA数据库注释，Mothur计算α多样性，PCoA和PERMANOVA分析β多样性，LEfSe分析差异菌属，PICRUSt预测功能。
TDF组亚组分析
评估HBeAg状态和TDF用药时间对肠道菌群的影响。
将TDF组按HBeAg状态分为Phase 1（阴性）和Phase 2（阳性），并按用药时间分为短期（<24个月）和长期（>24个月）组，比较菌群差异。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 炎症因子检测 | Quantibody人TH17芯片1 | RayBiotech | QAH-TH17-1 |
| 人IL-18 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC127 | |
| 粪便DNA提取 | E.Z.N.A.粪便DNA提取试剂盒 | Omega Bio-tek | -- |
| 16S rRNA基因测序 | Miseq测序平台 | Illumina | -- |
| 生物信息学分析 | USEARCH | -- | -- |
| UCHIME | -- | -- | |
| UPARSE | -- | -- | |
| Mothur | -- | -- | |
| PICRUSt | -- | -- | |
| 统计分析 | R软件（版本4.1） | -- | -- |
| 生物信息学分析 | SILVA数据库（SSU138） | -- | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 受试者招募 | 纳入标准（HBV感染、肝酶<3倍正常上限、无肝纤维化）、排除标准（近期抗生素/益生菌使用等）、TDF治疗时间（≥3个月） 阅读提示：Methods: Recruitment of subjects |
| 炎症因子检测 | 血清样本采集、使用的试剂盒（Quantibody Human TH17 Array 1和IL-18 ELISA kit） 阅读提示：Methods: Detection of inflammatory factors |
| 16S rRNA基因测序 | 粪便样本采集及保存（-80°C）、DNA提取试剂盒（E.Z.N.A. Stool DNA Kit）、PCR引物（341F/805R）、测序平台（Miseq） 阅读提示：Methods: Fecal samples collection and 16 S rRNA gene sequencing |
| 生物信息学分析 | OTU聚类相似度（97%）、α多样性指数（ACE、Chao1、Shannon、Simpson）、β多样性距离（Bray-Curtis）、功能预测工具（PICRUSt） 阅读提示：Methods: Bioinformatics analysis |
| 统计分析 | 采用的统计检验（Kruskal-Wallis、Mann-Whitney U、卡方、Spearman）、多重比较校正（Bonferroni）、p值阈值（<0.05） 阅读提示：Methods: Statistics analysis |