评估EA对细胞增殖的影响
确定EA是否抑制NSCLC细胞增殖
使用CCK-8和EdU实验检测EA处理后A549和H1299细胞的活力与增殖能力。
Eupalinolide A inhibits cancer progression and induces ferroptosis and apoptosis by targeting the AMPK/mTOR/SCD1 signalling in non-small cell lung cancer.
包含体外细胞模型、动物异种移植瘤模型、转录组学、代谢组学、磷酸化蛋白质组学等多层级验证,并进行了功能验证和机制研究。
A549细胞 H1299细胞 裸鼠异种移植瘤模型
细胞系:A549和H1299,培养基分别为RPMI-1640和DMEM,添加10% FBS和1%青霉素/链霉素 EA处理浓度:10, 20, 30 μM(体外),25, 50 mg/kg(体内) 处理时间:24h(细胞周期,EdU,伤口愈合,transwell,磷酸化阵列),48h(凋亡,ROS,TUNEL,Fe2+,qRT-PCR) 体内模型:4周龄裸鼠,A549细胞1x10^6与Matrigel混合,注射于双侧腋窝,肿瘤体积计算使用公式 统计:至少三次独立实验,P<0.05为显著性差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EA是否抑制NSCLC细胞增殖
使用CCK-8和EdU实验检测EA处理后A549和H1299细胞的活力与增殖能力。
确定EA是否抑制NSCLC细胞迁移
通过划痕实验和Transwell实验评估EA对细胞迁移能力的影响。
探究EA影响的基因表达和信号通路
RNA-seq分析EA处理后差异表达基因,并进行KEGG富集分析。
验证EA是否诱导细胞周期阻滞
流式细胞术检测细胞周期分布,Western blot检测周期相关蛋白CDC25C和Cyclin B1表达。
验证EA是否诱导细胞凋亡
流式细胞术(Annexin V/PI)和TUNEL检测凋亡;Western blot检测Bax和Bcl-2表达。
验证EA是否诱导铁死亡
TEM观察线粒体形态,DCFH-DA检测ROS,FerroOrange检测Fe2+,qRT-PCR和Western blot检测铁死亡相关基因(HMOX1、PTGS2、SLC7A11、GPX4)表达。
探究EA对代谢途径的影响
非靶向代谢组学分析EA处理后差异代谢物,KEGG富集分析显示不饱和脂肪酸生物合成途径显著改变。
验证油酸补充是否逆转EA的抑制效应
在EA处理的同时补充油酸,检测细胞活力(CCK-8)、迁移(Transwell)、凋亡(TUNEL)和ROS水平。
验证SCD1是否是EA发挥作用的靶点
分子对接显示EA与SCD1结合;过表达SCD1后检测细胞活力、迁移、凋亡和ROS变化。
验证EA是否通过AMPK-mTOR通路发挥作用
磷酸化蛋白质组学分析,Western blot检测p-AMPK和p-mTOR表达,使用AMPK抑制剂(dorsomorphin dihydrochloride)验证。
评估EA在体内的抗肿瘤效果
裸鼠异种移植模型,EA处理25和50 mg/kg,测量肿瘤体积和重量,H&E、Ki67、TUNEL染色,Western blot检测p-AMPK、p-mTOR和SCD1。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Cellmax | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | Eupalinolide A | Must | A0659 |
| 细胞形态 | 相差显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞活力 | 细胞计数试剂盒-8 | -- | -- |
| 增殖检测 | BeyoClick™ EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0085S |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| Western blot | 抗CDC25C抗体 | Proteintech | 66912-1 |
| 抗Cyclin B1抗体 | Proteintech | 67686-1 | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 60267 | |
| 抗SCD1抗体 | Proteintech | 28678 | |
| 抗GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| 抗HO-1抗体 | Abcam | ab13248 | |
| 抗SLC7A11抗体 | CST | 12691S | |
| 抗PTGS2/COX2抗体 | Abways | CY8852 | |
| 抗BCL2抗体 | Abways | CY5032 | |
| 抗p-AMPK抗体 | Abclonal | APO871 | |
| 抗AMPK抗体 | Abclonal | A1229 | |
| 抗p-mTOR抗体 | CST | 5536T | |
| 抗mTOR抗体 | Immunoway | YT2913 | |
| 抗β-actin抗体 | Zhongshan Goldenbridge Bio | TA-09 | |
| HRP标记二抗(A0216) | Beyotime | A0216 | |
| HRP标记二抗(A0208) | Beyotime | A0208 | |
| ECL化学发光检测系统 | Biorad | -- | |
| 转录组测序 | RNA提取试剂 | Tiangen | -- |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 核糖核酸酶A | -- | -- | |
| DxFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC | NeoBioscience | FAK015 |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | -- | -- |
| TUNEL | TUNEL试剂 | Dalian Bergolin Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 透射电镜 | 超薄切片机 | Leica | -- |
| Fe2+检测 | FerroOrange荧光探针 | Dojindo | -- |
| qRT-PCR | TRnaZol RNA提取试剂盒 | New Cell and Molecular Biotech Co., Ltd. | -- |
| All-In-One 5X反转录预混液 | Applied Biological Materials Inc. | -- | |
| BlasTaqTM 2X qPCR预混液 | Applied Biological Materials Inc. | -- | |
| ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | ABI | -- | |
| 分子对接 | 分子操作环境软件 | -- | -- |
| 转染 | 转染试剂 | Beyotime | -- |
| lipo8000转染试剂 | Beyotime | -- | |
| 磷酸化阵列 | 磷酸化抗体阵列C55试剂盒 | RayBiothech | -- |
| 统计分析 | Graphpad 8.0软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方(RPMI-1640或DMEM)、血清和抗生素浓度 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and treatment |
| 药物处理 | EA浓度(10/20/30 μM)、处理时间(24h/48h) 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and treatment and 各实验小节 |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度(5×10^3)、EA浓度、处理时间(48h)、CCK-8孵育时间(1.5h) 阅读提示:Materials and methods, Cell viability assay |
| 迁移实验 | 划痕和Transwell实验条件,如细胞密度、EA浓度、处理时间(24h) 阅读提示:Materials and methods, Cell migration analysis |
| 流式细胞术(周期、凋亡、ROS) | 处理时间(24h周期,48h凋亡/ROS)、染料(PI、Annexin V-FITC、DCFH-DA)及浓度 阅读提示:Materials and methods, Flow cytometry analysis |
| 铁死亡检测 | TEM样品制备、Fe2+探针(FerroOrange)浓度(1μM)和处理时间(30min) 阅读提示:Materials and methods, Transmission electron microscopy (TEM) and Fe2+ fluorescence assay |
| 转录组测序 | EA浓度(20μM)、处理时间、RNA提取试剂、测序平台 阅读提示:Materials and methods, Transcriptome sequencing experiment |
| 代谢组学 | EA浓度(20μM)、处理时间(24h)、样本数量(每组10个)、筛选标准(VIP>1, P<0.05) 阅读提示:Materials and methods, Non-target metabolomics experimental methodology |
| SCD1过表达 | 质粒(ov-SCD1)、转染试剂(translipofectamine, lipo8000)、转染时间(24h) 阅读提示:Materials and methods, Plasmid construction and transfection |
| 动物实验 | 动物品系(4周龄裸鼠)、细胞注射量(1x10^6)、基质胶、EA剂量(25/50 mg/kg)、给药途径、测量频率 阅读提示:Materials and methods, Tumour xenografts |