系统发育分析和蛋白质成熟状态验证
确认海胆ABCB1a是人类P-gp的同源物,并验证受精时其丰度和糖基化状态是否变化。
利用系统发育分析(ML和贝叶斯)比较ABCB家族序列;通过Western blot检测未受精卵和受精后不同时间的ABCB1a表达和糖基化;在过表达重组蛋白的胚胎中使用Bf-A和环孢素A处理。
Actin polymerization controls the activation of multidrug efflux at fertilization by translocation and fine-scale positioning of ABCB1 on microvilli.
包含体外细胞实验、活体胚胎药物处理、蛋白过表达、免疫印迹、超分辨成像、系统发育分析和功能测定,并进行了机制验证。
海胆(Strongylocentrotus purpuratus)卵及胚胎 SF9昆虫细胞(过表达ABCB1a) 离子载体A23187激活的胚胎
ABCB1a沿肌动蛋白丝转运至微绒毛尖端的时间(15、45、60 min PF) 肌动蛋白聚合抑制剂(2 μM cytochalasin D、latrunculin A)和稳定剂(2 μM jasplakinolide)处理时间(10和50 min PF) 钠-free seawater(NaFFSW)培养以抑制肌动蛋白束形成 Rab11效应肽浓度(200 μM)及注射后检测 钙黄绿素(calcein-AM)浓度250 nM及检测时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认海胆ABCB1a是人类P-gp的同源物,并验证受精时其丰度和糖基化状态是否变化。
利用系统发育分析(ML和贝叶斯)比较ABCB家族序列;通过Western blot检测未受精卵和受精后不同时间的ABCB1a表达和糖基化;在过表达重组蛋白的胚胎中使用Bf-A和环孢素A处理。
解析受精后ABCB1a在肌动蛋白丝上的精细运动及其与微绒毛尖端的关系。
使用3D-SIM超分辨显微镜重建单个肌动蛋白丝,测量ABCB1a斑点(距肌动蛋白表面≤200 nm)相对于微绒毛尖端的位置,并随时间点(未受精、15、45、60 min PF)分析。
检验肌动蛋白聚合和束形成对ABCB1a尖端定位和外排活性的影响。
使用肌动蛋白聚合抑制剂(cytochalasin D、latrunculin A)和稳定剂(jasplakinolide)处理胚胎,观察ABCB1a定位;使用离子载体A23187激活并在无钠海水中培养以抑制束形成,测量钙黄绿素积累和外排活性。
测试Rab11是否参与ABCB1a介导的外排激活。
将未受精卵显微注射Rab4、5、7、11的效应域肽段,受精后测量钙黄绿素积累,评估外排活性。
探究Rab11在ABCB1a转运过程中的潜在作用位点。
使用共聚焦显微镜对未受精卵和受精后胚胎进行免疫标记,观察Rab11和ABCB1a的共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 细胞松弛素D | -- | 22144-77-0 |
| 拉特伦库林A | -- | 76343-93-6 | |
| 甲壳素内酯 | -- | 102396-24-7 | |
| 二甲基亚砜 | -- | 67-68-5 | |
| 钙离子载体A23187 | -- | 52665-69-7 | |
| 蛋白质过表达处理 | 布雷菲德菌素A | -- | 20350-15-6 |
| 环孢素A | -- | 59865-13-3 | |
| Western blot | Fairbanks缓冲液 | -- | -- |
| Complete, Mini蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫定位 | 多克隆抗肽抗体Ab1-C1 | Aves Lab | -- |
| 多克隆抗肽抗体Ab4-R2 | NEO BioScience | -- | |
| Alexa Fluor 594偶联的山羊抗鸡二抗 | Life Technologies | -- | |
| Alexa Fluor 488-鬼笔环肽 | Life Technologies | -- | |
| SlowFade Gold抗淬灭剂 | Life Technologies | -- | |
| 多聚L-赖氨酸包被的MatTek培养皿 | MatTek | -- | |
| 成像 | 蔡司LSM-700激光扫描共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| DeltaVision OMX 3D-SIM超分辨显微镜 | Applied Precision | -- | |
| 奥林巴斯100×/1.4数值孔径油镜 | Olympus | -- | |
| 共定位分析 | Rab11抗体PA1-775 | Thermo Scientific | -- |
| Alexa Fluor 647偶联的山羊抗鸡二抗 | Life Technologies | -- | |
| 外排活性检测 | 钙黄绿素-AM | Life Technologies | 148504-34-1 |
| 钙黄绿素 | -- | 1461-15-0 | |
| Rab效应肽注射 | Rab11效应肽(KSTIGVEFATRSIQVD) | Biomatik | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 胚胎培养 | 海胆种类为Strongylocentrotus purpuratus,培养温度13-15°C,海水过滤,去受精膜处理。 阅读提示:Materials and Methods: Sea urchin collection and embryo culture |
| 系统发育分析 | 序列数量(25个),比对方法(MUSCLE),模型选择(LG+I+G+F),ML分析程序(RAxML)及bootstrap值(1000次),贝叶斯分析参数。 阅读提示:Materials and Methods: Phylogenetic analysis of ABCB1a |
| Western blot | 上样量(15 μl,约500个卵或胚胎),凝胶浓度(7.5%),一抗稀释度(Ab4-R2 1:100,Ab1-C1 1:300),二抗稀释度(1:5000),检测试剂盒。 阅读提示:Materials and Methods: Western blots |
| 免疫定位 | 固定液(3.2% PFA + 0.3% GA),固定时间(30 min),缓冲液(PBS或MPBS),一抗稀释度(Ab1-C1 1:10,Ab4-R2 1:100),二抗稀释度(1:500),鬼笔环肽浓度(1 U/ml)。 阅读提示:Materials and Methods: Immunolocalization of ABCB1a |
| 3D-SIM成像 | 显微镜(DeltaVision OMX 3D-SIM),物镜(Olympus 100×/1.4 NA),激光波长(488nm,568nm),发射滤光片(500-550nm,593-633nm),像素512x512。 阅读提示:Materials and Methods: Immunolocalization of ABCB1a (Imaging) |
| 图像分析 | 斑点距离阈值(200 nm),微绒毛数量(10,共6个样本),距离计算软件(Imaris)及方法(欧几里得距离变换)。 阅读提示:Materials and Methods: Image analysis |
| 肌动蛋白扰动 | 药物浓度(2 μM),处理时间(10和50 min PF),固定时间(60 min PF),固定液(3.2% PFA + 0.3% GA in MPBS)。 阅读提示:Materials and Methods: Effects of F-actin filament polymerization on ABCB1a translocation at fertilization |
| 束形成抑制 | 离子载体浓度(30 μM),培养液(NaFFSW),NaCl浓度(40 mM),calcein-AM浓度(250 nM),暴露时间(1小时),检测时间(120和180 min)。 阅读提示:Materials and Methods: Effects of F-actin bundle formation on transport activation and ABCB1a localization |
| Rab效应肽实验 | 肽段序列,注射后孵育时间(45 min),受精后检测时间(60 min),calcein-AM浓度(250 nM,90分钟),统计样本量(20个胚胎)。 阅读提示:Materials and Methods: Effects of Rab effector peptides on transporter activity |