网络药理学分析
预测QZZTD的活性成分、靶基因及与UC相关的作用机制
从TCMSP数据库获取活性成分,GeneCards和OMIM获取疾病靶点,取交集得到138个潜在靶点,构建HIT和PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
Network Pharmacology and Molecular Docking Analysis on Molecular Mechanism of Qingzi Zhitong Decoction in the Treatment of Ulcerative Colitis.
包含网络药理学预测、分子对接验证和大鼠体内实验验证,涉及多层级证据。
SD大鼠TNBS诱导溃疡性结肠炎模型 分子对接模拟(关键活性成分与靶蛋白) 网络药理学靶点预测
药物制备:10倍量水煮沸30分钟,重复两次 动物模型:TNBS与乙醇1:1混合,50 mg/kg灌肠,隔日一次,共2次 给药剂量:8.6 g/kg QZZTD,每日2 ml,连续10天 检测指标:结肠损伤评分、HE染色、TNF-α ELISA、p-PI3K和p-Akt Western blot 统计方法:单因素方差分析和LSD检验,p<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测QZZTD的活性成分、靶基因及与UC相关的作用机制
从TCMSP数据库获取活性成分,GeneCards和OMIM获取疾病靶点,取交集得到138个潜在靶点,构建HIT和PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
验证关键活性成分与关键靶蛋白的结合活性
从ZINC数据库获取配体结构,PDB数据库获取受体结构,使用AutoDock Vina进行分子对接,计算结合亲和力。
验证QZZTD对UC的治疗效果及对PI3K-Akt通路的调控
使用TNBS诱导SD大鼠UC模型,给予QZZTD治疗,评估结肠损伤、组织病理、TNF-α水平及PI3K/Akt蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 网络药理学分析 | Cytoscape 3.6.1 | -- | -- |
| 分子对接 | AutoDock Vina | -- | -- |
| AutoDockTools | -- | -- | |
| AutoDock Raccoon | -- | -- | |
| 动物实验 | 无水乙醇 | Sinopharm Group Chemical Reagent Co. Ltd. | 20140506 |
| Western blot | P-PI3Kp85抗体 | Abcam | ab182651 |
| P-AKt抗体 | proteintech | 66444-1-Ig | |
| β-actin抗体 | TA-09 | ZS | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Neobioscience | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Cwbiotech | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL发光试剂 | Millipore | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学分析 | 筛选条件:OB≥30%,DL≥0.18;数据库:TCMSP, GeneCards, OMIM;PPI最小分数0.9 阅读提示:见2.1.1和2.1.3节 |
| 分子对接 | 受体PDB文件;配体Mol2文件;对接软件及参数 阅读提示:见2.2节 |
| 动物模型建立 | 动物品系、性别、体重;TNBS浓度、剂量、体积、给药途径和频率;对照组处理 阅读提示:见2.3.2和2.3.4节 |
| 药物处理 | QZZTD制备方法(加水量、煮沸时间、次数);给药剂量、体积、时间 阅读提示:见2.3.3和2.3.5节 |
| 检测方法 | 结肠损伤评分标准;HE染色流程;ELISA试剂盒;Western blot抗体稀释比例、蛋白上样量;统计方法 阅读提示:见2.3.6-2.3.10节 |