转录组和蛋白质组分析
鉴定与胆管缺血损伤相关的差异表达基因和代谢通路,聚焦色氨酸代谢途径。
对大鼠肝外胆管组织进行RNA测序和蛋白质组分析,比较sham、cPM和cHAFO组,鉴定共差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析。
Kynu inhibition mitigates bile duct ischemic injury by rewiring tryptophan metabolism to restore tight junction integrity.
研究包含体外细胞模型(H69胆管细胞缺氧/复氧)、体内大鼠模型(Pringle手法)、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、功能验证(TEER、通透性)和机制验证(GluR2/3/CX50-ZO1轴)等多个独立证据层级。
H69人正常胆管细胞系,缺氧/复氧模型 Sprague Dawley大鼠,Pringle手法诱导的胆管缺血损伤模型
Kynu抑制方式:shRNA敲低或抑制剂苄丝肼(10 μM)处理 体外缺氧条件:5% O2、90% N2、5% CO2,持续24小时,复氧24小时 体内缺血模型:持续45分钟Pringle手法,再灌注24小时或7天 关键代谢物:XA(100 μM)、QA(100 μM)、AA(100 μM)处理 主要检测指标:TEER、菊粉通透性、ZO-1/CK19免疫荧光、血清胆红素
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与胆管缺血损伤相关的差异表达基因和代谢通路,聚焦色氨酸代谢途径。
对大鼠肝外胆管组织进行RNA测序和蛋白质组分析,比较sham、cPM和cHAFO组,鉴定共差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析。
评估Kynu抑制对缺氧诱导的胆管细胞损伤、紧密连接和炎症的影响。
使用H69人胆管细胞系,进行缺氧(5% O2)24小时和复氧24小时处理,通过shRNA或BSZ抑制Kynu,检测细胞活力、炎症因子、TEER、菊粉通透性和紧密连接蛋白表达。
在体内验证Kynu抑制对胆管缺血性损伤的保护作用。
采用Pringle手法(cPM)诱导大鼠胆管缺血损伤,通过尾静脉注射shKynu或门静脉注射BSZ抑制Kynu,评估胆管损伤、炎症、凋亡和屏障功能。
检测Kynu抑制对色氨酸代谢物水平的影响,确定关键代谢物。
采用液相色谱-串联质谱检测胆汁和肝组织中的色氨酸代谢物,包括色氨酸、犬尿氨酸、3-HAA、QA、AA和XA。
验证XA通过GluR2/3/CX50-ZO1轴调节紧密连接。
在缺氧胆管细胞模型中,用XA处理,检测TEER、紧密连接蛋白定位、炎症因子和GluR2/3/CX50表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | SD大鼠 | Animal Experiment Center of Kunming Medical University | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Scientific | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Scientific | -- | |
| 药物处理 | 盐酸苄丝肼 | Cayman Chemical Company | -- |
| 细胞处理 | 黄尿酸 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| 分子检测 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Green荧光染料 | -- | -- | |
| 蛋白检测 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 封闭液 | Beyotime | -- | |
| 屏障功能检测 | FITC标记的菊粉 | -- | -- |
| 辣根过氧化物酶 | Sigma-Aldrich | P8250 | |
| 组织检测 | TUNEL检测试剂盒 | Roche | -- |
| DAB显色液 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 抗MPO抗体 | -- | -- |
| 抗Ki67抗体 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 抗ZO-1抗体 | Proteintech | -- |
| 抗CK19抗体 | Proteintech | -- | |
| Alexa Fluor 488标记二抗 | BioLegend | -- | |
| DAPI染色液 | Sigma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 大鼠品系、性别、年龄、体重、麻醉剂量、缺血方式(cPM)、缺血时间(45分钟)、再灌注时间(24小时或7天) 阅读提示:Methods: Animals, Surgical procedures for short term |
| 体外细胞模型 | 细胞系(H69)、缺氧条件(5% O2、90% N2、5% CO2)、缺氧时间(24小时)、复氧时间(24小时)、Kynu抑制方式(shRNA或BSZ浓度) 阅读提示:Methods: Cell culture for cholangiocyte and treatment, Hypoxia and reoxygenation stimulation |
| Kynu抑制处理 | BSZ剂量(10 μM)、shRNA转染浓度和条件、给药途径(静脉/门静脉) 阅读提示:Methods: Cell culture, Surgical procedures |
| 屏障功能检测 | TEER测量时间、FITC-菊粉浓度(0.5 mg/ml) 阅读提示:Methods: Measurement of transepithelial electrical resistance, Inulin permeability |
| 代谢物检测 | 样本类型(胆汁、肝组织)、LC-MS/MS条件、代谢物(XA、QA、AA等)浓度 阅读提示:Methods: Liquid chromatography-tandem mass spectrometry |