临床样本相关性分析
探究NSCLC组织中mCALR表达与DC浸润的相关性及其与预后的关系。
使用免疫组化染色检测NSCLC组织芯片中mCALR和DC-LAMP的表达,并进行Spearman相关性分析及Kaplan-Meier生存分析。
CALR-TLR4 Complex Inhibits Non-Small Cell Lung Cancer Progression by Regulating the Migration and Maturation of Dendritic Cells.
包含临床组织样本分析、体外细胞实验、机制验证(co-IP、信号通路)和体内小鼠模型等多个独立证据层级。
NSCLC细胞系A549、H460(稳转mCALR) 小鼠LLC细胞系(LLC-mCALR) 健康志愿者PBMC来源的树突状细胞 C57BL/6J小鼠皮下移植瘤模型
NSCLC组织芯片中mCALR与DC-LAMP表达的相关性(Spearman r=0.251, P=0.019) mCALR稳转细胞系的构建与验证(CALR(del_KDEL)-GPI,Flag标签) DC迁移实验(transwell,1×10^5 mDCs,4小时)和成熟实验(CD83表达) 抗体封闭CCL19或TNFα对DC迁移和成熟的抑制 TLR4敲低后TNFα和CCL19表达下降
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究NSCLC组织中mCALR表达与DC浸润的相关性及其与预后的关系。
使用免疫组化染色检测NSCLC组织芯片中mCALR和DC-LAMP的表达,并进行Spearman相关性分析及Kaplan-Meier生存分析。
验证mCALR是否能促进DC的迁移和成熟,并确定其分泌的细胞因子。
构建mCALR稳转细胞系,收集细胞上清液,进行DC迁移实验(transwell)和成熟实验(流式检测CD83),并通过ELISA和Western blot检测TNFα和CCL19水平。
探究mCALR是否通过TLR4-MyD88信号通路促进TNFα和CCL19的分泌。
通过co-IP验证mCALR与TLR4的相互作用,Western blot检测TLR4、MyD88以及MAPK和NF-κB通路蛋白的磷酸化水平,并使用siRNA敲低TLR4观察对TNFα和CCL19的影响。
在动物模型中验证mCALR是否通过促进DC浸润抑制肺癌进展。
将LLC-mCALR和对照细胞皮下注射C57BL/6J小鼠,两周后比较肿瘤大小和重量,并检测肿瘤组织中TLR4、TNFα、CCL19的表达及DC亚群的比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DC诱导 | AIM-V培养基 | Gibco | A3021002 |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | R&D Systems | 215-GMP-050 | |
| 白细胞介素-4 | R&D Systems | 204-GMP-050 | |
| 白细胞介素-6 | R&D Systems | 206-GMP-050 | |
| 白细胞介素-1β | R&D Systems | 201-GMP-100 | |
| 肿瘤坏死因子α | R&D Systems | 210-GMP-100 | |
| 前列腺素E2 | Tocris | 2296/10 | |
| DC鉴定 | PE标记的抗人CD80抗体 | BioLegend | 305208 |
| PE标记的抗人CD83抗体 | BioLegend | 305308 | |
| PE标记的抗人CD86抗体 | BioLegend | 305406 | |
| PE标记的抗人CD14抗体 | BioLegend | 367104 | |
| PE标记的抗人CD11c抗体 | BioLegend | 301606 | |
| PE标记的抗人HLA-DR抗体 | BioLegend | 307606 | |
| PE标记的抗人HLA-ABC抗体 | BioLegend | 311406 | |
| PE标记的抗人CCR7抗体 | BioLegend | 353204 | |
| DC迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | HUABIO | M1210-2 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒II | Omega Bio-tek | -- |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| 实时PCR | TB Green® Premix Ex Taq™ II试剂盒 | TaKaRa | -- |
| CCK-8实验 | CCK8溶液 | Topscience | C0005 |
| ELISA | 人TNFα预包被ELISA试剂盒 | DAKEWE | 1117202 |
| 人CCL19/MIP-3β ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EHC036 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26149 |
| 抗TLR4抗体 | Santa Cruz | sc-293072 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 膜蛋白提取 | Mem-PER™ Plus膜蛋白提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 89842 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗GAPDH抗体 | HUABIO | R1210-1 | |
| 抗Flag抗体 | HUABIO | M1403-2 | |
| 抗CALR抗体 | Santa Cruz | sc-166837 | |
| 抗TNFα抗体 | Proteintech | 17590-1-AP | |
| 抗CCL19抗体 | Invitrogen | MA5-23833 | |
| 抗p65抗体 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| 抗磷酸化p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033s | |
| 抗JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252s | |
| 抗磷酸化JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9251s | |
| 抗p38抗体 | HUABIO | ET1602-26 | |
| 抗磷酸化p38抗体 | HUABIO | ER1903-01 | |
| 抗ERK1/2抗体 | HUABIO | ET1601-29 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370s | |
| 抗MyD88抗体 | Santa Cruz | sc-74532 | |
| 抗Na+/K+-ATPase抗体 | Santa Cruz | sc-21712 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)二抗 | Thermo Fisher Scientific | 31430 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)二抗 | Thermo Fisher Scientific | 31460 | |
| 免疫组化 | 抗DC-LAMP抗体 | NOVUS | DDX0190P-100 |
| 链霉亲和素-过氧化物酶试剂盒 | Zhongshan Jinqiao Co. | -- | |
| 动物实验 | FITC标记的抗小鼠CD11c抗体 | BioLegend | 117306 |
| PE标记的抗小鼠CD8a抗体 | BioLegend | 100708 | |
| PE标记的抗小鼠/人CD207 (Langerin)抗体 | BioLegend | 144204 | |
| PerCP/Cyanine5.5标记的抗小鼠CD103抗体 | BioLegend | 121416 | |
| APC标记的抗小鼠CD317 (BST2, PDCA-1)抗体 | BioLegend | 127016 | |
| PerCP/Cyanine5.5标记的抗小鼠I-A/I-E抗体 | BioLegend | 107626 | |
| PE标记的抗小鼠CD80抗体 | BioLegend | 104708 | |
| APC标记的抗小鼠CD86抗体 | BioLegend | 105012 | |
| PE/Cyanine7标记的抗小鼠CD40抗体 | BioLegend | 124622 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本分析 | 组织芯片中mCALR和DC-LAMP的IHC评分标准,样本量(88例),相关性分析结果。 阅读提示:见Materials and Methods中的Immunohistochemical Staining和Results中的Figure 1 |
| 细胞培养与稳转构建 | A549、H460、LLC细胞系的来源,CALR(del_KDEL)-GPI构建载体信息,稳转筛选方法。 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell Lines |
| DC诱导 | PBMC来源,GM-CSF和IL-4浓度,诱导时间,成熟因子组合及浓度(IL-6、IL-1β、TNFα、PGE2)。 阅读提示:见Materials and Methods中的DC Induction和Supplementary Figure 3 |
| DC迁移和成熟实验 | Transwell孔径(8μm)、细胞数(1×10^5)、迁移时间(4小时),成熟检测抗体(CD83)和培养时间(24小时)。 阅读提示:见Materials and Methods中的DC Migration and Maturation Assay |
| 机制验证 | co-IP使用的抗体(抗TLR4),siRNA序列和转染试剂(Lipofectamine 2000),Western blot检测的磷酸化蛋白。 阅读提示:见Materials and Methods中的Co-Immunoprecipitation Assay、siRNA Transfection和Western Blot |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别,细胞注射数量(1×10^6),观察时间(2周),DC亚群流式抗体组合。 阅读提示:见Materials and Methods中的Mouse Experiments |