外泌体分离与表征
验证DFSC-Exos的物理特性和标志物表达
从有无力学刺激的DFSC培养上清中通过超速离心分离外泌体;通过Western blot检测CD9、CD63、TSG101,TEM观察形态,NTA分析粒径和分布。
Human dental follicle stem cell-derived exosomes reduce root resorption by inhibiting periodontal ligament cell pyroptosis.
研究包含体外PDLC共培养、THP1极化与破骨分化、大鼠RR模型体内验证、外泌体miRNA测序及机制验证(荧光素酶报告、MSP),多层证据并包含功能与机制验证。
人牙囊干细胞及人牙周膜细胞 大鼠牙根吸收模型 THP1细胞来源巨噬细胞 HEK293细胞
动物分组:56只雄性Wistar大鼠随机分为8组,每组7只 加力方式:大鼠左侧上颌第一磨牙与切牙间施加100 g力,持续21天 外泌体注射:每两天向牙周膜注射10 μL(20 μg)外泌体 miR-140-3p抑制剂注射:每两天注射0.5 nmol抑制剂 PDLC力学刺激:2 g/cm²压缩力作用12小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证DFSC-Exos的物理特性和标志物表达
从有无力学刺激的DFSC培养上清中通过超速离心分离外泌体;通过Western blot检测CD9、CD63、TSG101,TEM观察形态,NTA分析粒径和分布。
评估Force-Exos对PDLC焦亡的抑制作用
PDLCs与外泌体共培养后施加压缩力,通过Hoechst/PI染色、流式细胞术检测焦亡比例,Western blot检测NLRP3、caspase-1、GSDMD等蛋白,ELISA检测IL-1β分泌。
验证Force-Exos在体内对牙根吸收的影响
建立大鼠正畸力诱导的RR模型,注射PBS、Ctrl-Exos或Force-Exos,通过micro-CT检测吸收体积,TRAP染色计数破骨细胞,TUNEL和免疫荧光检测PDLC焦亡,免疫组化检测IL-1β和IL-18。
探究Force-Exos抑制焦亡后对巨噬细胞极化和破骨细胞生成的影响
通过transwell共培养THP1巨噬细胞与处理后的PDLCs,流式检测M1/M2比例;通过TRAP染色和Western blot检测破骨细胞标志物(NFAT2、MMP9、CTSK)评估破骨分化。
鉴定Force-Exos中差异miRNA及其功能
对Ctrl-Exos和Force-Exos进行miRNA测序,筛选差异miRNA并KEGG分析;在PDLCs中抑制miR-140-3p,检测焦亡、M1/M2比率及破骨细胞形成;体内给予miR-140-3p抑制剂验证其对RR的影响。
验证miR-140-3p靶向DNMT1及其对SOCS1/NF-κB轴的调控
通过双荧光素酶报告实验验证miR-140-3p与DNMT1 3'UTR的结合;在PDLCs中过表达miR-140-3p或使用DNMT1 siRNA/Decitabine,检测SOCS1甲基化水平(MSP)及蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与外泌体分离 | I型胶原酶 | -- | -- |
| 中性蛋白酶II | -- | -- | |
| 外泌体分离 | 超速离心机 | Beckman Coulter | -- |
| 成骨成脂诱导 | 成骨诱导分化培养基 | Cyagen | -- |
| 成脂诱导分化培养基 | Cyagen | -- | |
| 外泌体表征 | 透射电子显微镜 | Hitachi | HT7700 |
| Zetasizer Nano ZS分析系统 | Zetasizer | -- | |
| 外泌体标记 | PKH26膜标记染料 | Life | -- |
| 鬼笔环肽 | Life | -- | |
| DAPI | Life | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488山羊抗兔 | Zhongshan Bio-Tech | ZF-0511 |
| Alexa Fluor 594驴抗兔 | Abcam | ab150108 | |
| DAPI | Sigma | -- | |
| 显微观察 | 倒置显微镜 | Olympus | CKX53 |
| 共聚焦显微镜 | Olympus | FV1000 | |
| 荧光显微镜 | Leica | DMI | |
| miRNA转染 | miR-140-3p抑制剂 | Ribobio | -- |
| miR-140-3p模拟物 | Ribobio | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 药物处理 | 地西他滨 | MCE | HY-A0004 |
| micro-CT分析 | 显微CT 50 | Scanco Medical | -- |
| Mimics 21.0软件 | Materialise | -- | |
| 3-matic Research 13.0软件 | Materialise | -- | |
| 组织学染色 | TRAP染色试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫组化 | IL-1β抗体 | Affinity | AF4006 |
| IL-18抗体 | Affinity | DF6252 | |
| 免疫荧光 | NLRP3抗体 | Affinity | DF7438 |
| Caspase-1抗体 | Affinity | AF4005 | |
| CD68抗体 | Bio-Rad | MCA341GA | |
| iNOS抗体 | Bioworld | BS1186 | |
| CD163抗体 | Bioworld | BS71200 | |
| miRNA测序 | miRNeasy血清/血浆试剂盒 | Qiagen | -- |
| 流式细胞术 | FITC标记的膜联蛋白V | BD Biosciences | 556547 |
| 碘化丙啶 | BD Biosciences | 556547 | |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC002b |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | Hitachi | HT7800 |
| Transwell共培养 | Transwell小室 | Corning | 3401 |
| THP1极化 | 佛波醇肉豆蔻酸酯 | Sigma | P8139 |
| 破骨分化 | 巨噬细胞集落刺激因子 | Novoprotein | -- |
| 核因子κB受体活化因子配体 | Novoprotein | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| NLRP3抗体 | Affinity | DF7438 | |
| pro-Caspase-1抗体 | Affinity | AF5418 | |
| Caspase-1抗体 | Affinity | AF4005 | |
| GSDMD抗体 | Affinity | AF4012 | |
| pro-IL-1β抗体 | Affinity | AF5103 | |
| IL-1β抗体 | Affinity | AF4006 | |
| IL-18抗体 | Affinity | DF6252 | |
| NF-κB抗体 | Bioworld | BS1254 | |
| 磷酸化NF-κB抗体 | Bioworld | BS1254P | |
| NFAT2抗体 | Abcam | 183023 | |
| MMP9抗体 | Abcam | ab76003 | |
| CTSK抗体 | Abcam | ab207086 | |
| SOCS1抗体 | Boster | BA2306 | |
| DNMT1抗体 | Huabio | ET1702-77 | |
| β-actin抗体 | Affinity | T0022 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Boster | BA1051 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Boster | BA1054 | |
| ECL化学发光试剂 | Millipore | WBKLS0500 | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Prime Script RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | RR047A | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| 实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | QuantStudio | |
| siRNA合成 | DNMT1 siRNA | Tsingke | -- |
| 引物合成 | 引物 | Tsingke | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 外泌体分离与表征 | 外泌体分离的离心力及时间、超离转子类型、DFSC培养条件、外泌体蛋白定量方法 阅读提示:Materials and methods 中 “Cell culture and exosome isolation” 小节 |
| 体外PDLC焦亡实验 | PDLC来源、代数、压缩力施加的具体方法(2 g/cm², 12 h)、外泌体处理浓度和时间(100 μg/ml, 24 h) 阅读提示:Materials and methods 中 “Cell culture and exosome isolation” 和 “In vitro co-culture experiments” 小节 |
| 动物模型建立与处理 | 大鼠品系、周龄、体重、分组数量、加力装置(闭合线圈弹簧)、力值100 g、时间21天、外泌体注射剂量(10 μL, 20 μg)和频率(隔天)、miR-140-3p抑制剂剂量(0.5 nmol)和注射时间 阅读提示:Materials and methods 中 “Animals and application of force” 小节 |
| micro-CT分析 | 扫描参数(80 kV, 500 μA, 6 μm分辨率)、图像重建阈值(3000 HU)、吸收体积计算方法(以对侧为参考) 阅读提示:Materials and methods 中 “Micro-computed tomography (micro-CT) analysis” 小节 |
| 焦亡检测 | TUNEL染色步骤、NLRP3和caspase-1抗体稀释比(1:100)、Hoechst/PI染色时间、流式细胞术Annexin V/PI用量及细胞密度 阅读提示:Materials and methods 中 “Histological, immunohistochemical and immunofluorescence staining”、“Hoechst 33,342 /PI fluorescence staining” 和 “Flow cytometry” 小节 |
| 巨噬细胞极化和破骨形成检测 | THP1细胞密度、PMA浓度(50 ng/ml)和处理时间(72 h)、M-CSF和RANKL浓度(50 ng/ml)、共培养时间(48 h)、破骨分化培养时间(14天) 阅读提示:Materials and methods 中 “THP1 cell-derived macrophage transwell assay” 和 “THP1 cell-derived osteoclastogenesis” 小节 |
| 机制验证实验 | miR-140-3p抑制剂浓度(50 nM)、转染时间(24 h)、DNMT1 siRNA序列和转染方法、Decitabine浓度(500 nM)、双荧光素酶报告实验载体制备及内参 阅读提示:Materials and methods 中 “In vitro co-culture experiments”、“Luciferase assay” 和 “Methylation-specific polymerase chain reaction (MSP)” 小节 |