多组学分析揭示剖宫产与新生儿肠道菌群改变及Th2型免疫应答的关联

Multi-omics analysis reveals the association of cesarean delivery with altered gut microbial profiles and a Th2-biased immune response in neonates.

作者信息Chunhui Lai, Jiangang Zhang, Yu Xiong, Yijin Wang, Zhenxing Liu, Mingfang Shi, Shenglin Ye, Jianghui Zeng
PMID41814359
发布时间2026-03-11
DOI10.1186/s12967-026-07988-4

实验完整度

中

包含宏基因组测序、代谢组学、RNA-Seq、流式细胞术、ELISA和Western blot等多种实验方法,但缺乏功能验证实验,且为观察性研究。

主要模型

新生儿粪便样本 新生儿外周血单个核细胞(PBMCs) 血浆样本

重点核对

分娩方式分组:剖宫产组(n=18)与阴道分娩组(n=20) 样本采集时间:出生后约7-10天 测序平台:Illumina NovaSeq X Plus 差异表达基因阈值:|log2FoldChange| ≥ 1且调整后P值<0.05 差异代谢物阈值:VIP>1且P<0.05

摘要

背景:肠道菌群在生命早期为免疫系统的发育提供必要的刺激信号。剖宫产与垂直微生物传播的改变相关,并可能影响早期免疫启动。目前,仅有少数研究探讨了剖宫产新生儿肠道菌群、粪便代谢物与免疫功能之间的相互作用,这凸显了进一步研究的必要性。方法:我们进行了宏基因组测序和非靶向代谢组学,以比较剖宫产(n=18)和阴道分娩(n=20)新生儿的肠道菌群和粪便代谢物。利用RNA测序(RNA-Seq)鉴定外周血单个核细胞(PBMCs)中的差异表达基因(DEGs)。免疫分析包括流式细胞术检测Th1和Th2细胞比例,ELISA定量血浆IFN-γ、IL-12p70、IL-4和IL-10,并通过ELISA和Western blot评估STAT4和STAT6表达。应用多组学整合来阐明剖宫产对新生儿肠道微生物组、代谢组和免疫系统的系统性影响。结果:剖宫产组肠道菌群的组成和功能特征以及粪便代谢物谱显著改变。PBMC基因表达也表现出显著差异,呈现Th2偏倚的免疫应答,并富集了与系统性红斑狼疮和原发性免疫缺陷相关的基因。流式细胞术和ELISA证实了Th1/Th2失衡,而Western blot显示剖宫产组STAT4表达降低,STAT6表达升高。多组学分析表明,Bacteroides sp.与剖宫产新生儿粪便代谢物的改变相关。Bacteroides sp.和Bacteroides fragilis丰度降低与Th1/Th2失调相关。此外,肠道菌群的变化通过粪便磷酸盐水平与宿主氧化磷酸化途径的变化相关。结论:这项多组学研究揭示了分娩方式与生命早期肠道菌群结构、粪便代谢物谱和免疫发育之间的关联。这为研究早期生命免疫编程与分娩方式之间的潜在联系提供了一个框架。临床试验编号:不适用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
剖宫产是否与新生儿肠道菌群、粪便代谢物和免疫功能的改变相关?
核心机制
剖宫产与肠道菌群失调(如Bacteroides减少)相关,可能通过影响Th1/Th2平衡导致免疫偏向Th2型。
主要证据
宏基因组测序显示剖宫产组肠道菌群结构改变,流式细胞术和ELISA证实Th1/Th2失衡,Western blot显示STAT4下调、STAT6上调。
研究意义
研究为理解分娩方式影响早期免疫编程提供了框架,并提示靶向肠道菌群可能支持剖宫产婴儿的免疫发育。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

队列建立与样本采集

比较剖宫产与阴道分娩新生儿的临床特征和样本

招募38名足月单胎新生儿,根据分娩方式分为剖宫产组(n=18)和阴道分娩组(n=20),采集粪便和外周血样本。

2

肠道菌群宏基因组测序

比较两组新生儿肠道菌群的组成和功能差异

提取粪便DNA,进行宏基因组测序,分析α多样性、β多样性、差异物种和功能贡献。

3

粪便代谢组学分析

比较两组新生儿粪便代谢物谱的差异

采用LC/MS进行非靶向代谢组学,鉴定差异表达代谢物(DEMs),并进行KEGG通路富集分析。

4

PBMC转录组测序

比较两组新生儿PBMC基因表达差异

从PBMC中提取RNA,进行RNA-Seq,鉴定DEGs,并进行GO和KEGG富集分析及GSEA。

5

免疫功能验证

验证Th1/Th2细胞比例和细胞因子水平

通过流式细胞术检测Th1和Th2细胞比例,ELISA检测血浆IFN-γ、IL-4、IL-10、IL-12p70、STAT4和STAT6浓度,Western blot检测PBMC中STAT4和STAT6蛋白表达。

6

多组学关联分析

整合菌群、代谢物和免疫数据,探索关联

构建Spearman相关网络,分析菌群丰度与代谢物和免疫参数的关联。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
EDTA抗凝管----
人外周血淋巴细胞分离液SolarbioP8610
PF Mag-Bind粪便DNA提取试剂盒Omega Bio-tek--
聚焦超声仪M220Covaris--
Illumina NovaSeq X Plus测序平台Illumina--
Vanquish超高效液相色谱系统Thermo Fisher Scientific--
ACQUITY UPLC BEH Amide色谱柱Waters--
Orbitrap Exploris 120质谱仪Thermo Fisher Scientific--
TRIzol试剂Invitrogen Life Technologies15596026CN
NanoDrop 2000分光光度计Thermo Scientific--
NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒New England BiolabsE7770
Agilent高灵敏度DNA试剂盒Agilent Technologies5067-4626
Agilent 2100生物分析仪Agilent Technologies--
含BD GolgiPlug™的白细胞活化混合物BD Biosciences550583
Fc受体阻断剂BD Biosciences564219
CD3-PC5.5抗体BD Biosciences552852
CD4-FITC抗体BD Biosciences561005
固定/破膜溶液BD Biosciences554722
破膜/洗涤缓冲液BD Biosciences554723
IFN-γ-PE抗体BD Biosciences562016
FACSCanto流式细胞仪BD Biosciences--
QuantiCyto®人IFN-γ ELISA试剂盒Neobioscience--
QuantiCyto®人IL-4 ELISA试剂盒Neobioscience--
QuantiCyto®人IL-10 ELISA试剂盒Neobioscience--
QuantiCyto®人IL-12p70 ELISA试剂盒Neobioscience--
人STAT4 ELISA试剂盒Quanzhou Ruixin Biological Technology Co., Ltd.--
人STAT6 ELISA试剂盒Quanzhou Ruixin Biological Technology Co., Ltd.--
酶标仪模块HB-900EJiaXing CRED Medical Instrument Co., Ltd.--
RIPA裂解液BiossC05-01001
BCA蛋白定量试剂盒BiossC05-02001
5×上样缓冲液BiossC05-03001
10% SDS-PAGE凝胶BiolightSPGT001
STAT4抗体CST2653T
STAT6抗体CST5397T
ECL底物BiossC05-07004
ChemiDoc™ XRS+成像系统Bio-Rad--
GAPDH抗体CST2118T

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
队列募集
纳入标准:足月单胎、出生体重>2500g、无产后抗生素暴露、无感染或窒息史;排除标准:羊水胎粪污染、出生损伤、窒息、Apgar评分<7、母体妊娠并发症、母亲孕期或哺乳期长期使用益生菌或抗生素
阅读提示:Methods: Study subjects
样本采集
粪便样本采集时间约产后1周(7-10天),外周血采集至EDTA管,离心条件2000×g、4℃、10分钟分离血浆
阅读提示:Methods: Sample collection
宏基因组测序
DNA提取试剂盒:PF Mag-Bind Stool DNA Kit;DNA片段化:M220聚焦超声仪;测序平台:Illumina NovaSeq X Plus;分析阈值:LEfSe LDA>3.5
阅读提示:Methods: Metagenomic sequencing and data analysis
代谢组学分析
粪便样本量25mg;色谱柱:ACQUITY UPLC BEH Amide;质谱仪:Orbitrap Exploris 120;差异代谢物阈值:VIP>1且P<0.05
阅读提示:Methods: Metabonomic analysis based on liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS)
RNA测序
RNA提取:TRIzol;文库构建:NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit;测序平台未明确说明;差异基因阈值:|log2FoldChange|≥1且调整后P<0.05
阅读提示:Methods: RNA sequencing and data analysis
流式细胞术
PBMC刺激:白细胞活化混合物含GolgiPlug,4.5小时;抗体:CD3-PC5.5、CD4-FITC、IFN-γ-PE、IL-4-APC;样本量:n=7/组
阅读提示:Methods: Flow cytometry
ELISA
血浆样本;检测细胞因子:IFN-γ、IL-4、IL-10、IL-12p70、STAT4、STAT6;试剂盒品牌:Neobioscience和Quanzhou Ruixin
阅读提示:Methods: Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)
Western blot
PBMC裂解:RIPA缓冲液;蛋白定量:BCA法;抗体:STAT4、STAT6、GAPDH;样本量:n=7/组
阅读提示:Methods: Western blot analysis