队列建立与样本采集
比较剖宫产与阴道分娩新生儿的临床特征和样本
招募38名足月单胎新生儿,根据分娩方式分为剖宫产组(n=18)和阴道分娩组(n=20),采集粪便和外周血样本。
Multi-omics analysis reveals the association of cesarean delivery with altered gut microbial profiles and a Th2-biased immune response in neonates.
包含宏基因组测序、代谢组学、RNA-Seq、流式细胞术、ELISA和Western blot等多种实验方法,但缺乏功能验证实验,且为观察性研究。
新生儿粪便样本 新生儿外周血单个核细胞(PBMCs) 血浆样本
分娩方式分组:剖宫产组(n=18)与阴道分娩组(n=20) 样本采集时间:出生后约7-10天 测序平台:Illumina NovaSeq X Plus 差异表达基因阈值:|log2FoldChange| ≥ 1且调整后P值<0.05 差异代谢物阈值:VIP>1且P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较剖宫产与阴道分娩新生儿的临床特征和样本
招募38名足月单胎新生儿,根据分娩方式分为剖宫产组(n=18)和阴道分娩组(n=20),采集粪便和外周血样本。
比较两组新生儿肠道菌群的组成和功能差异
提取粪便DNA,进行宏基因组测序,分析α多样性、β多样性、差异物种和功能贡献。
比较两组新生儿粪便代谢物谱的差异
采用LC/MS进行非靶向代谢组学,鉴定差异表达代谢物(DEMs),并进行KEGG通路富集分析。
比较两组新生儿PBMC基因表达差异
从PBMC中提取RNA,进行RNA-Seq,鉴定DEGs,并进行GO和KEGG富集分析及GSEA。
验证Th1/Th2细胞比例和细胞因子水平
通过流式细胞术检测Th1和Th2细胞比例,ELISA检测血浆IFN-γ、IL-4、IL-10、IL-12p70、STAT4和STAT6浓度,Western blot检测PBMC中STAT4和STAT6蛋白表达。
整合菌群、代谢物和免疫数据,探索关联
构建Spearman相关网络,分析菌群丰度与代谢物和免疫参数的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本采集 | EDTA抗凝管 | -- | -- |
| PBMC分离 | 人外周血淋巴细胞分离液 | Solarbio | P8610 |
| DNA提取 | PF Mag-Bind粪便DNA提取试剂盒 | Omega Bio-tek | -- |
| DNA片段化 | 聚焦超声仪M220 | Covaris | -- |
| 宏基因组测序 | Illumina NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- |
| 代谢组学分析 | Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ACQUITY UPLC BEH Amide色谱柱 | Waters | -- | |
| Orbitrap Exploris 120质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen Life Technologies | 15596026CN |
| RNA质量检测 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| RNA文库构建 | NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | E7770 |
| RNA文库质量评估 | Agilent高灵敏度DNA试剂盒 | Agilent Technologies | 5067-4626 |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 流式细胞术 | 含BD GolgiPlug™的白细胞活化混合物 | BD Biosciences | 550583 |
| Fc受体阻断剂 | BD Biosciences | 564219 | |
| CD3-PC5.5抗体 | BD Biosciences | 552852 | |
| CD4-FITC抗体 | BD Biosciences | 561005 | |
| 固定/破膜溶液 | BD Biosciences | 554722 | |
| 破膜/洗涤缓冲液 | BD Biosciences | 554723 | |
| IFN-γ-PE抗体 | BD Biosciences | 562016 | |
| FACSCanto流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| ELISA | QuantiCyto®人IFN-γ ELISA试剂盒 | Neobioscience | -- |
| QuantiCyto®人IL-4 ELISA试剂盒 | Neobioscience | -- | |
| QuantiCyto®人IL-10 ELISA试剂盒 | Neobioscience | -- | |
| QuantiCyto®人IL-12p70 ELISA试剂盒 | Neobioscience | -- | |
| 人STAT4 ELISA试剂盒 | Quanzhou Ruixin Biological Technology Co., Ltd. | -- | |
| 人STAT6 ELISA试剂盒 | Quanzhou Ruixin Biological Technology Co., Ltd. | -- | |
| 酶标仪模块HB-900E | JiaXing CRED Medical Instrument Co., Ltd. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Bioss | C05-01001 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Bioss | C05-02001 | |
| 5×上样缓冲液 | Bioss | C05-03001 | |
| 10% SDS-PAGE凝胶 | Biolight | SPGT001 | |
| STAT4抗体 | CST | 2653T | |
| STAT6抗体 | CST | 5397T | |
| ECL底物 | Bioss | C05-07004 | |
| ChemiDoc™ XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| GAPDH抗体 | CST | 2118T |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列募集 | 纳入标准:足月单胎、出生体重>2500g、无产后抗生素暴露、无感染或窒息史;排除标准:羊水胎粪污染、出生损伤、窒息、Apgar评分<7、母体妊娠并发症、母亲孕期或哺乳期长期使用益生菌或抗生素 阅读提示:Methods: Study subjects |
| 样本采集 | 粪便样本采集时间约产后1周(7-10天),外周血采集至EDTA管,离心条件2000×g、4℃、10分钟分离血浆 阅读提示:Methods: Sample collection |
| 宏基因组测序 | DNA提取试剂盒:PF Mag-Bind Stool DNA Kit;DNA片段化:M220聚焦超声仪;测序平台:Illumina NovaSeq X Plus;分析阈值:LEfSe LDA>3.5 阅读提示:Methods: Metagenomic sequencing and data analysis |
| 代谢组学分析 | 粪便样本量25mg;色谱柱:ACQUITY UPLC BEH Amide;质谱仪:Orbitrap Exploris 120;差异代谢物阈值:VIP>1且P<0.05 阅读提示:Methods: Metabonomic analysis based on liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS) |
| RNA测序 | RNA提取:TRIzol;文库构建:NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit;测序平台未明确说明;差异基因阈值:|log2FoldChange|≥1且调整后P<0.05 阅读提示:Methods: RNA sequencing and data analysis |
| 流式细胞术 | PBMC刺激:白细胞活化混合物含GolgiPlug,4.5小时;抗体:CD3-PC5.5、CD4-FITC、IFN-γ-PE、IL-4-APC;样本量:n=7/组 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| ELISA | 血浆样本;检测细胞因子:IFN-γ、IL-4、IL-10、IL-12p70、STAT4、STAT6;试剂盒品牌:Neobioscience和Quanzhou Ruixin 阅读提示:Methods: Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) |
| Western blot | PBMC裂解:RIPA缓冲液;蛋白定量:BCA法;抗体:STAT4、STAT6、GAPDH;样本量:n=7/组 阅读提示:Methods: Western blot analysis |