检测AS患者外周血中TNFAIP3表达
评估TNFAIP3在AS患者不同免疫细胞中的表达水平。
通过流式细胞术检测AS患者和健康对照外周血PBMC中淋巴细胞、单核细胞、粒细胞以及单核细胞亚群的TNFAIP3表达。
TNFAIP3-DEPTOR complex regulates inflammasome secretion through autophagy in ankylosing spondylitis monocytes.
包含患者样本、细胞模型、分子机制和功能验证等多层级实验,验证了TNFAIP3-DEPTOR复合物通过自噬抑制炎症小体的机制。
THP-1细胞 HEK293T细胞 强直性脊柱炎患者外周血单核细胞 健康对照外周血单核细胞
TNFAIP3在AS非经典单核细胞中表达降低(流式细胞术,MFI) TNFAIP3与DEPTOR相互作用并稳定DEPTOR(co-IP,GST pull-down,酵母双杂交) TNFAIP3-DEPTOR复合物在LPS早期诱导自噬(LC3-II表达,TEM,RFP-GFP-LC3) TNFAIP3-DEPTOR缺乏导致NLRP3炎症小体激活和IL1B分泌增加(ELISA,Western blot) TNFAIP3锌指4-7结构域负责与DEPTOR相互作用并诱导自噬
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TNFAIP3在AS患者不同免疫细胞中的表达水平。
通过流式细胞术检测AS患者和健康对照外周血PBMC中淋巴细胞、单核细胞、粒细胞以及单核细胞亚群的TNFAIP3表达。
确定TNFAIP3下调对LPS诱导的IL6和IL1B分泌的影响。
使用TNFAIP3 shRNA或siRNA敲低THP-1细胞中TNFAIP3,经PMA分化后,用LPS刺激,检测IL6和IL1B mRNA及分泌水平。
探究TNFAIP3是否参与LPS诱导的自噬调节。
通过Western blot检测LC3-II表达,使用RFP-GFP-LC3腺病毒检测自噬流,透射电镜观察自噬体/自噬溶酶体形成。
确定TNFAIP3是否与DEPTOR相互作用并稳定DEPTOR。
通过免疫共沉淀、GST pull-down、酵母双杂交和共聚焦显微镜验证相互作用,通过CHX追踪实验检测DEPTOR蛋白稳定性,并通过截短体分析确定相互作用结构域。
证明TNFAIP3和DEPTOR协同促进自噬并抑制炎症小体。
在THP-1和HEK293T细胞中敲低或过表达DEPTOR,检测LC3-II、NLRP3、CASP1表达和IL1B分泌。
验证体外结果在AS患者中的相关性。
通过ELISA检测AS和HC血清IL6、IL1B、IL18水平,通过Western blot检测分选的非经典单核细胞中TNFAIP3、DEPTOR、NLRP3、LC3-II表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建 | pCMV3-TNFAIP3-His | Sino Biological | HG12089-CH |
| pCMV3-DEPTOR-His | Sino Biological | HG20040-CH | |
| pCMV3-TNFAIP3-GFPSpark | Sino Biological | HG12089-ACG | |
| pCMV3-DEPTOR-OFPSpark | Sino Biological | HG20040-ACR | |
| NFKB报告基因 | NFKB报告荧光素酶 | Genomeditech | GM-021001 |
| 质粒构建 | pmCherry-LC3 | Youbio | VT8111 |
| pCMV3对照载体 | Sino Biological | CV015 | |
| pCMV-FLAG | Beyotime | D2722 | |
| 酵母双杂交 | Matchmaker Gold酵母双杂交系统 | Clontech | 630489 |
| 自噬检测 | RFP-GFP-LC3腺病毒 | HANBIO | HB-LP210 0001 |
| 细胞培养 | TNFAIP3 shRNA慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-37655-V |
| 阴性对照shRNA慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-108080 | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Cayman Chemical | 10008014 | |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 | |
| 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 | |
| 蛋白质降解 | MG-132 | Cell Signaling Technology | 2194 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Scientific | 11875-093 |
| 胎牛血清 | Thermo Scientific | 10100-147 | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Scientific | 15240062 | |
| 嘌呤霉素 | Thermo Scientific | A1113803 | |
| 淋巴细胞分离液 | MP Biomedicals | 0850494 | |
| 流式细胞术 | CD3E-PE | Biolegend | 300308 |
| CD4-PerCP | Biolegend | 317432 | |
| CD8A-APC | Biolegend | 301014 | |
| ITGAM/CD11b-APC | Biolegend | 301309 | |
| CD14-PE/Cy7 | Biolegend | 301814 | |
| CD15-PE | Biolegend | 301905 | |
| CD19-PerCP | Biolegend | 302228 | |
| IL2RA/CD25-APC | Biolegend | 356109 | |
| PTPRC/CD45RA-PE | Biolegend | 304108 | |
| PTPRC/CD45RO-PE/Cy7 | Biolegend | 304229 | |
| FCGR3/CD16-APC | Biolegend | 302011 | |
| 抗TNFAIP3 (Alexa Fluor® 488) | Abcam | ab197541 | |
| IL-17A-APC | Biolegend | 512333 | |
| FOXP3-PE | Biolegend | 320107 | |
| FACSCalibur流式细胞仪 | BD Pharmingen | -- | |
| 细胞分选 | FACSAria III | BD Pharmingen | -- |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 04693159001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23250 | |
| PVDF膜 | EMD Millipore | IPVH00010 | |
| 抗TNFAIP3小鼠抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166692 | |
| 抗TNFAIP3山羊抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32525 | |
| 抗DEPTOR小鼠抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398169 | |
| 抗DEPTOR兔抗体 | Proteintech | 20985-1-AP | |
| 抗MTOR兔抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1550-R | |
| 抗LC3B兔抗体 | Cell Signaling Technology | 3868 | |
| 抗NLRP3大鼠抗体 | R&D Systems | MAB7578 | |
| 山羊抗小鼠抗体 | Thermo Scientific | 31430 | |
| 山羊抗兔抗体 | Thermo Scientific | 32460 | |
| 山羊抗大鼠抗体 | Thermo Scientific | 31470 | |
| 兔抗山羊抗体 | Thermo Scientific | 31402 | |
| 抗ACTB小鼠抗体 | HuaBio | M1210-2 | |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 26149 |
| 银染试剂盒 | Sangon Biotech | C500021 | |
| Gel Doc EZ成像系统 | BIO-RAD | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | ST795 |
| 山羊血清 | Thermo Scientific | 16210072 | |
| 驴抗小鼠抗体,Alexa Fluor 555偶联物 | Thermo Scientific | A-31570 | |
| 驴抗小鼠抗体,Alexa Fluor 488 | Thermo Scientific | R37114 | |
| 驴抗兔抗体,Alexa Fluor 488 | Thermo Scientific | A-21206 | |
| 驴抗兔抗体,Alexa Fluor 555 | Thermo Scientific | A-31572 | |
| 驴抗大鼠抗体,Alexa Fluor 488 | Thermo Scientific | A-21208 | |
| 山羊抗兔抗体,DyLight 650 | Thermo Scientific | 84546 | |
| DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | |
| 显微镜 | IX73显微镜系统 | Olympus | -- |
| A1R-A1共聚焦激光显微镜系统 | Nikon | -- | |
| 透射电镜 | TECNAI G2 Spirit Biotwin系统 | FEI company | -- |
| GST pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖珠 | BBI Life Sciences | BSP031 |
| RNA提取 | E.Z.N.A.总RNA提取试剂盒II | OMEGA BioTek | R6934-02 |
| 反转录 | PrimeScript® RT试剂盒 | TaKaRa | DRR037A |
| RT-qPCR | SYBR-Green | TaKaRa | DRR041A |
| Stratagene Mx3005P序列检测系统 | Agilent Technologies | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668019 |
| 报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测 | Promega | E1960 |
| ELISA | 人IL6 ELISA试剂盒 | DAKEWE | DKW12-1060-096 |
| 人IL1B ELISA试剂盒 | DAKEWE | DKW12-1012-096 | |
| LEGEND MAX人IL1B ELISA试剂盒 | Biolegend | 437007 | |
| 人IL18 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC127.96 | |
| BIO-RAD酶标仪 | BIO-RAD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | THP-1和HEK293T细胞系来源(ATCC);PMA浓度100 ng/ml激活THP-1 12小时;LPS浓度200 ng/ml;处理时间点 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, transfection, and treatment |
| TNFAIP3敲低/过表达 | TNFAIP3 shRNA慢病毒颗粒(Santa Cruz, sc-37655-V)和siRNA(GenePharma公司)的使用;质粒(pCMV3-TNFAIP3-His等)转染 阅读提示:Materials and methods: Plasmids, virus, and reagents; Cell culture, transfection, and treatment |
| 自噬检测 | LC3-II表达检测;RFP-GFP-LC3腺病毒(HANBIO)转染;TEM分析(每组超过40个细胞);LPS刺激时间点(0, 1, 4, 8, 24小时) 阅读提示:Results: TNFAIP3 induces autophagy in the early stage of LPS stimulation; Materials and methods: Transmission electron microscopy (TEM) |
| 蛋白互作验证 | Co-IP使用抗体和试剂盒(Thermo, 26149);GST pull-down使用GST融合蛋白和His标签蛋白;酵母双杂交系统(Clontech, 630489);共聚焦显微镜 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation (co-IP) and silver stain; GST affinity-isolation assay; Yeast two-hybrid system; Immunostaining and confocal microscopy |
| 患者样本分析 | 患者纳入标准(改良纽约标准)和数量(AS n=86, HC n=31);PBMC分离方法;流式细胞术检测TNFAIP3表达(使用抗体克隆号);血清细胞因子ELISA检测 阅读提示:Materials and methods: Patients and primary cell preparation; Flow cytometry and cell sorting; Cytokine ELISA; Results: TNFAIP3 expression is decreased in AS monocytes but unchanged in AS T/B lymphocytes; Decrease in DEPTOR expression facilities IL1B expression in AS peripheral blood |