临床样本检测cGAS激活
评估SLE患者中cGAS的激活状态,并探讨其与疾病的关系。
收集SLE、RA、DM患者及健康对照的血浆,通过LC-MS/MS或ELISA检测cGAMP水平;同时分析TLR7表达与cGAMP水平的相关性。
Prasugrel inhibits TLR7-driven autoimmunity in systemic lupus erythematosus by acetylating cGAS.
包含体外细胞实验、重组蛋白体外相分离实验、多种小鼠模型(IMQ、Trex1-/-、MRL/lpr)以及SLE患者PBMC样本验证,涵盖功能验证与机制验证。
IMQ诱导的BALB/c小鼠SLE模型 Trex1缺陷型小鼠 U937人单核细胞系 SLE患者PBMCs
IMQ诱导SLE模型中,BALB/c雌性小鼠,8周龄,5%咪喹莫特乳膏耳部涂抹,每周3次,持续4周 Trex1缺陷型小鼠品系背景及给药方式:3周龄,每日肌内注射普拉格雷20 mg/kg,持续7天 体外实验中,普拉格雷处理浓度:U937细胞100 μM,PBMCs 50 μM 小鼠体内实验中,普拉格雷剂量:IMQ模型每日肌内注射(剂量未明确),Trex1模型20 mg/kg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SLE患者中cGAS的激活状态,并探讨其与疾病的关系。
收集SLE、RA、DM患者及健康对照的血浆,通过LC-MS/MS或ELISA检测cGAMP水平;同时分析TLR7表达与cGAMP水平的相关性。
确定cGAS缺失是否减轻TLR7驱动的狼疮样症状。
利用IMQ诱导的SLE小鼠模型,比较WT和Cgas-/-小鼠的表型,包括脾脏肿大、自身抗体水平、IFN-α、肾脏病理改变。
阐明TLR7激活后cGAS激活的上游机制。
检测TLR7激动剂处理后细胞胞质中mtDNA水平、线粒体通透性,以及BAK/BAX抑制剂的影响。
识别能通过乙酰化抑制cGAS的化合物。
从3159个FDA批准药物中筛选含乙酰基的药物,进行分子对接,并通过实验验证乙酰化效果。
确定普拉格雷是否特异性抑制cGAS介导的IFN产生。
在U937细胞和BMDM中,检测普拉格雷对DNA、cGAMP、poly(I:C)及不同TLR激动剂刺激的IFN反应的影响。
阐明乙酰化抑制cGAS激活的分子机制。
利用重组cGAS蛋白(非乙酰化和位点特异性乙酰化)观察DNA诱导的液滴形成,并检测普拉格雷等抑制剂的影响。
测试普拉格雷对cGAS依赖性自身免疫的治疗效果。
在Trex1缺陷细胞和Trex1-/-小鼠中检测普拉格雷对ISG表达及生存期的影响。
确定普拉格雷是否改善IMQ诱导的狼疮样症状。
对IMQ诱导的小鼠每日注射普拉格雷,分析脾脏重量、自身抗体水平、IFN-α和肾脏病理。
验证普拉格雷对SLE患者PBMC中I型干扰素签名基因的影响。
分离SLE患者PBMC,用普拉格雷处理,通过RNA-seq分析IFN签名基因表达变化,并关联血浆cGAMP水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 普拉格雷 | MedChemExpress | HY-15284 |
| 氯吡格雷 | MedChemExpress | HY-15283 | |
| 细胞刺激 | R837 (咪喹莫特) | MedChemExpress | HY-B0180 |
| R848 | MedChemExpress | HY-13740 | |
| 细胞处理 | PEG-8000 | MedChemExpress | HY-Y0873J |
| cGAS抑制 | G140 | MedChemExpress | HY-133916 |
| XQ2B | MedChemExpress | HY-P5997 | |
| JAK抑制 | 芦可替尼 | MedChemExpress | HY-50856 |
| BAK/BAX抑制 | MSN-125 | MedChemExpress | HY-120079 |
| 阳性对照 | 阿司匹林 | Sigma-Aldrich | A2093 |
| 模型诱导 | 普里斯坦 | Sigma-Aldrich | P2870 |
| DNA刺激 | 鲱鱼精DNA | Sigma-Aldrich | D6898 |
| cGAS抑制 | RU.521 | Selleck | S6841 |
| TLR7抑制 | M5049 | Selleck | S9931 |
| RNA刺激 | 聚肌胞苷酸 | InvivoGen | tlrl-pic |
| cGAMP刺激 | cGAMP | InvivoGen | tlrl-nacga23 |
| 细胞分化 | 佛波酯 | Sigma-Aldrich | 524400 |
| 细胞因子 | 重组小鼠M-CSF | R&D systems | 416-ML-050 |
| 细胞活力 | CellTiter One Solution细胞增殖检测试剂盒(MTS) | Promega | G3580 |
| 蛋白提取 | 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 |
| 曲古抑菌素A | MedChemExpress | HY-15144 | |
| 烟酰胺 | Sigma-Aldrich | N0636 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX | Invitrogen | 13778150 |
| siRNA | 小鼠Trex1 siRNA | Invitrogen | MSS238570 |
| RNA提取 | TRI试剂 | -- | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR037A |
| qPCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | A25742 |
| cGAMP检测 | 2'3'-cGAMP ELISA试剂盒 | Cayman Chemical | 501700 |
| ELISA | 小鼠抗核抗体ELISA试剂盒 | -- | JL17316 |
| 小鼠抗dsDNA ELISA试剂盒 | -- | JL37836 | |
| 小鼠IFN-α ELISA试剂盒 | -- | EMC035a.96 | |
| 人IFN-β ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC026b.96 | |
| 封闭 | 正常山羊血清 | ZSGB-BIO | ZLI-9056 |
| 透化 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | V900502 |
| 细胞核染色 | Hoechst 33342 | Thermo Fisher Scientific | H3570 |
| 细胞透化 | 毛地黄皂苷 | Sigma-Aldrich | D141 |
| 线粒体通透性检测 | 线粒体通透性转换孔检测试剂盒 | YEASEN | 40756ES60 |
| 细胞活死染色 | 可固定活力染料eFluor 780 | Thermo Fisher Scientific | 65-0865-14 |
| 重组蛋白纯化 | His标签纯化树脂 | Beyotime | P2218 |
| 诱导蛋白表达 | IPTG | GenStar | VA20321 |
| RNA-seq文库构建 | VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | Vazyme | NR604 |
| 序列分析 | fastp | -- | -- |
| 序列比对 | HISAT2 | -- | -- |
| 基因定量 | featureCounts | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism | -- | 10.1 |
| 抗体 | 抗乙酰化赖氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9441s |
| 抗cGAS抗体(小鼠) | Cell Signaling Technology | 31659s | |
| 抗TLR7抗体 | Cell Signaling Technology | 82658s | |
| 抗IRF3抗体 | Abcam | ab68481 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Abcam | ab76493 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech Groups | 66009-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech Groups | 10494-1-AP | |
| 抗α-Tubulin抗体 | Proteintech Groups | 66031-1-Ig | |
| 抗TREX1抗体 | BD Biosciences | 611986 | |
| 免疫荧光 | 山羊抗小鼠IgM μ链(Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150121 |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)高交叉吸附二抗(Alexa Fluor 647) | Invitrogen | A21236 | |
| 抗G3BP1抗体 | Proteintech Groups | 13057-2-AP | |
| 流式分析 | PE抗小鼠CD11c抗体 | Biolegend | 117307 |
| APC抗小鼠PDCA-1抗体 | Biolegend | 127016 | |
| 细胞分离 | 浆细胞样树突状细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-107-093 |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Thermo Fisher Scientific | A1049201 |
| 培养基 | RPMI 1640培养基 | MACGENE | CM10040 |
| DMEM培养基 | MACGENE | CM10013 | |
| 血清 | 胎牛血清 | EXCELL | FSD500 |
| 抗生素 | 青霉素-链霉素 | MACGENE | CC004 |
| 谷氨酰胺 | 谷氨酰胺 | MACGENE | CC009 |
| 分离PBMC | Histopaque-1077 | Sigma-Aldrich | 10771 |
| 统计软件 | GraphPad Prism | -- | version |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| IMQ诱导SLE模型 | 小鼠品系和性别:8周龄雌性BALB/c小鼠;IMQ浓度和给药方式:5%咪喹莫特乳膏,涂抹于耳朵;频率:每周3次;持续时间:4周;剂量:未明确说明具体用量(如克数) 阅读提示:见Methods 'Imiquimod-induced lupus model'及图1、5图例 |
| cGAS敲除小鼠构建 | Cgas基因敲除方法:CRISPR-Cas9;sgRNA序列;小鼠背景:C57BL/6 阅读提示:见Methods 'Mice' |
| Trex1缺陷小鼠实验 | 小鼠周龄:3周;给药剂量:20 mg/kg;给药途径:肌内注射;给药频率:每日;持续时间:7天(ISG检测)或至死亡(生存分析) 阅读提示:见Methods 'Mice'及图4图例 |
| 体外细胞实验 | 细胞类型:U937(PMA分化)、BMDM、骨髓细胞;普拉格雷处理浓度:100 μM(U937)、50 μM(PBMC);预处理时间:24小时;刺激物及浓度:HT-DNA、poly(I:C)(具体剂量需查图例);检测指标:cGAMP、IFN-β表达等 阅读提示:见Methods 'Cell culture'、'Cell viability assay'及图2图例 |
| PBMC分离及处理 | PBMC来源:SLE患者;分离方法:Histopaque-1077;普拉格雷浓度:50 μM;处理时间:24小时;RNA-seq分析 阅读提示:见Methods 'Cell culture'及图6图例 |
| cGAMP检测 | 样本类型:血浆或细胞裂解液;检测方法:LC-MS/MS或ELISA;样本量:健康供体20例,SLE患者20例等;独立验证队列样本量 阅读提示:见Methods 'Quantification of cGAMP'及图1图例 |
| 液相分离实验 | 重组cGAS蛋白浓度:10 μM;DNA:FAM标记dsDNA(4 μM);PEG-8000浓度:5%;抑制剂浓度:普拉格雷5 μM、XQ2B 10 μM、G140 10 μM;孵育时间:1小时 阅读提示:见Methods 'In vitro phase separation assay'及图3图例 |