临床样本和数据库分析
评估PISD在胃癌组织中的表达及其与预后的关系。
使用UALCAN数据库分析PISD在胃癌和正常组织中的表达,使用Kaplan-Meier Plotter分析PISD表达与生存期的关系。
Phosphatidylserine Decarboxylase Promotes Ferroptosis Through STAT3/GPX4 Signaling in Gastric Cancer.
包含体外细胞功能实验、线粒体功能检测、铁死亡指标检测、体内异种移植模型及转录组分析等多层验证,并进行了机制恢复实验。
AGS细胞 MKN45细胞 MGC-803细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型
细胞系:AGS、MKN45(PISD敲低)、MGC-803(PISD过表达) 处理物及剂量:ML115(20 μM)、Fer-1(2 μM)、LPE(25 μM) 处理时间:48小时(增殖、迁移、铁死亡指标检测)、24小时和48小时(LPE增殖检测) 动物模型:BALB/c裸鼠,皮下接种细胞数(AGS 1×10^7、MKN45 6×10^6、MGC-803 6×10^6) 统计方法:Student's t检验、单因素或双因素方差分析(Tukey事后检验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PISD在胃癌组织中的表达及其与预后的关系。
使用UALCAN数据库分析PISD在胃癌和正常组织中的表达,使用Kaplan-Meier Plotter分析PISD表达与生存期的关系。
验证PISD对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在AGS和MKN45细胞中敲低PISD,在MGC-803细胞中过表达PISD,通过CCK-8、克隆形成和Transwell实验检测细胞行为。
验证PISD对胃癌肿瘤生长的影响。
将PISD敲低或过表达的胃癌细胞皮下注射入裸鼠,监测肿瘤生长。
评估PISD敲低对线粒体功能的影响。
通过Seahorse检测OCR、TMRE检测线粒体膜电位、透射电镜观察线粒体形态、ATP含量检测。
验证PISD敲低是否诱导铁死亡。
检测MDA、Fe2+、GSH水平和GPX4蛋白表达。
探究PISD调控铁死亡的分子机制。
检测STAT3磷酸化水平,并使用ML115激活STAT3、Fer-1抑制铁死亡、LPE补充PE,观察对表型和信号通路的影响。
探索PISD敲低影响的下游信号通路。
对MKN45 shCtrl和shPISD#1细胞进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因和富集通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 多聚赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Cy3标记的山羊抗兔IgG(H+L)二抗 | Proteintech | 1:100 | |
| DAPI | -- | 1:10,000 | |
| Fluoromount-G封片剂 | Southern Biotech | -- | |
| 成像 | Nikon A1R/A1激光共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗PISD抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-390070 | |
| 抗PISD抗体 | Proteintech | 68484-1-Ig | |
| 抗STAT3抗体 | Proteintech | 60199-1-Ig | |
| 抗pSTAT3抗体 | Proteintech | 60479-1-Ig | |
| 抗GPX4抗体 | Zenoio | R24461 | |
| 抗GAPDH抗体 | Affinity Biosciences | T0004 | |
| 抗JAK2抗体 | Servicebio | GB11325-50 | |
| 抗pJAK2抗体 | Servicebio | GB114585-100 | |
| HRP标记的二抗 | -- | -- | |
| ECL底物 | GE Healthcare | -- | |
| 增强化学发光仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | ABBKINE | -- |
| Fe2+检测 | Fe2+荧光检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8细胞计数试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning Inc. | -- |
| 基质胶 | Corning Inc. | 1:8稀释 | |
| 慢病毒转染 | 表达shPISD或shCtrl的慢病毒 | Generalbiol | -- |
| 过表达PISD慢病毒 | Genechem | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sangon | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Jiangsu Jicui Yaokang Biological Co., Ltd. | -- |
| PE含量测定 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime | -- |
| PE检测试剂盒 | Merck KGaA | MAK361 | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜Talo L120C G2 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 线粒体功能分析 | Seahorse XFe24细胞外流量分析仪 | Agilent | -- |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 线粒体膜电位检测 | TMRE染色液 | Beyotime | -- |
| 药物处理 | Ferrostatin-1(Fer-1) | -- | -- |
| ML115 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:AGS、MKN45(RPMI-1640)、MGC-803(DMEM);培养基补充10% FBS、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素;培养条件:5% CO2,37°C 阅读提示:Methods 2.1 |
| 慢病毒转染 | 慢病毒:shPISD#1、shPISD#2、shCtrl(Generalbiol),LV-PISD、Vector(Genechem);筛选:2 μg/mL嘌呤霉素,2周以上 阅读提示:Methods 2.9 |
| 体外功能检测 | CCK-8:3×10^3细胞/孔,处理48小时;克隆形成:800细胞/孔,2周;Transwell:2.5×10^5细胞/mL,48小时 阅读提示:Methods 2.7、2.8 |
| 线粒体功能检测 | Seahorse:3×10^4细胞/孔,Oligomycin 1 μM,FCCP 1 μM,Antimycin & Rotenone 0.5 μM;TMRE:1×10^5细胞/孔,37°C孵育45分钟 阅读提示:Methods 2.14、2.15 |
| 铁死亡指标检测 | MDA、Fe2+、GSH检测的具体操作和波长(MDA 532 nm,Fe2+ 542 nm,GSH 405 nm) 阅读提示:Methods 2.4、2.5、2.6 |
| 体内异种移植 | 小鼠:6周龄雄性BALB/c裸鼠;接种细胞数:AGS 1×10^7、MKN45 6×10^6、MGC-803 6×10^6;监测时间:AGS 35天、MKN45 7周、MGC-803 33天 阅读提示:Methods 2.10 |