生物信息学分析
筛选与NPC及铁死亡相关的关键基因
分析GSE12452数据集,获得DEGs,与FerrDB中的铁死亡相关基因取交集,得到15个候选基因,最终选定HELLS。
HELLS inhibits autophagy‑dependent ferroptosis in nasopharyngeal carcinoma by modulating the Nrf2/HO‑1/GPX4 pathway.
包含体外细胞功能实验(增殖/凋亡/迁移/侵袭)、铁死亡与自噬标志物检测、机制验证(Co-IP及通路干预)及体内异种移植模型。
鼻咽癌细胞系NPC/HK1 鼻咽癌细胞系C666-1 鼻咽上皮细胞系NP69 Balb/c裸鼠异种移植瘤模型
HELLS敲除效率(sh-HELLS序列及转染条件) 铁死亡诱导剂erastin浓度(10 μM)及抑制剂ferrostatin-1浓度(2 μM) 自噬调节剂rapamycin(500 nM)和3-MA(5 mM)浓度 Nrf2激动剂ML334浓度(1 μM) 体内实验中细胞接种量(5×10^6)及肿瘤测量时间点(每3天,共19天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与NPC及铁死亡相关的关键基因
分析GSE12452数据集,获得DEGs,与FerrDB中的铁死亡相关基因取交集,得到15个候选基因,最终选定HELLS。
验证HELLS及通路蛋白在NPC组织中的表达
通过RT-qPCR和免疫组化检测NPC及癌旁组织中HELLS表达,Western blot检测Nrf2、HO-1、GPX4蛋白水平。
评估HELLS敲除对NPC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭及自噬的影响
在NPC/HK1和C666-1细胞中转染sh-HELLS,通过CCK-8、流式细胞术、Transwell实验及Western blot检测相关指标。
评估HELLS对铁死亡的影响
使用erastin和ferrostatin-1处理细胞,检测GSH、MDA、Fe2+、ROS水平及ACSL4、PTGS2、4-HNE表达。
验证HELLS是否通过自噬影响铁死亡
使用自噬激动剂rapamycin和抑制剂3-MA处理细胞,检测细胞活力及铁死亡相关指标。
验证HELLS是否通过Nrf2/HO-1/GPX4通路调节铁死亡
使用Nrf2激动剂ML334处理细胞,检测Nrf2、HO-1、GPX4表达及自噬标志物;Co-IP验证HELLS与Nrf2相互作用。
验证HELLS对NPC肿瘤生长的作用及机制
将sh-HELLS或sh-NC转染的NPC/HK1细胞注射到裸鼠皮下,构建异种移植瘤模型,测量肿瘤生长,并检测相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Sijiqing | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Biosharp Life Sciences | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 细胞处理 | Erastin | MedChemExpress | HY-15763 |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MedChemExpress | HY-19312 | |
| ML334 | MedChemExpress | HY-110258 | |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Kermey | -- |
| 细胞凋亡实验 | 活细胞Caspase-3活性与凋亡检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | C1077M |
| FACSCalibur流式细胞仪 | Becton, Dickinson and Company | -- | |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning, Inc. | -- |
| 结晶紫 | Biosharp Life Sciences | BL802A | |
| GSH检测 | 还原型谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A006-2-1 |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | S0131S |
| Fe2+检测 | 细胞亚铁离子荧光检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology, Inc. | E-BC-F101 |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | -- | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| TransScript II第一链cDNA合成SuperMix | TransGen Biotech Co., Ltd. | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| Lsh/HELLS抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A22289 | |
| Beclin 1抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A21191 | |
| MAP1LC3A抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A12319 | |
| COX2/PTGS2抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A3560 | |
| ACSL4抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A22901 | |
| HO-1/HMOX1抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A19062 | |
| GPX4兔单克隆抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A11243 | |
| 抗4-羟基壬烯醛抗体 | Abcam | ab48506 | |
| 抗Nrf2抗体 | Abcam | ab137550 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Beyotime Institute of Biotechnology | A0208 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime Institute of Biotechnology | A0216 | |
| 免疫组织化学 | Lsh/HELLS抗体 | ABclonal Biotech Co., Ltd. | A22289 |
| DAB显色试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 免疫共沉淀 | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 26149 |
| 抗HELLS抗体 | Proteintech Group, Inc. | 11955-1-AP | |
| 抗Nrf2抗体 | Zen Bio | 2221102 | |
| 兔IgG | Proteintech Group, Inc. | 30000-0-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(NPC/HK1、C666-1、NP69)的培养条件(培养基、FBS浓度)、转染试剂(Lipofectamine 2000)及shRNA序列 阅读提示:Methods: Cell culture, Cell transfection |
| 铁死亡调节 | erastin浓度(10 μM)、ferrostatin-1浓度(2 μM)及处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell treatment and group setting |
| 自噬调节 | rapamycin浓度(500 nM)、3-MA浓度(5 mM)及处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell treatment and group setting |
| 通路调节 | Nrf2激动剂ML334浓度(1 μM)及处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell treatment and group setting |
| 体内模型 | 动物品系(Balb/c裸鼠)、性别(雄性)、周龄未说明、细胞接种量(5×10^6)、肿瘤测量时间(每3天)、处死时间(第19天)及麻醉剂量(戊巴比妥钠150 mg/kg) 阅读提示:Methods: Xenograft model |