生信分析:DEGs筛选与功能富集
探索MD患者PBMCs在静息期及真菌刺激下的基因表达差异,揭示潜在的炎症潜能。
利用GSE109558数据集,比较MD患者与健康对照,以及经曲霉或青霉刺激的MD患者与未刺激MD患者的基因表达;进行GO和GSEA富集分析。
Macrophage-derived CXCL8 as a mediator of inflammatory attacks in Meniere's disease.
整合多组学(转录组、单细胞)、独立队列验证(血清细胞因子)及体外功能验证(巨噬细胞刺激、ELISA、免疫荧光)。
梅尼埃病患者外周血单个核细胞(PBMCs) 梅尼埃病患者单核细胞来源的巨噬细胞 健康对照外周血单个核细胞(PBMCs) 健康对照单核细胞来源的巨噬细胞
GSE109558数据集:PBMCs来自15名MD患者和11名健康对照;刺激条件包括曲霉混合物和青霉混合物 GSE269117数据集:包含8名MD患者和5名健康对照;排除GSM8306612样本 独立验证队列:13名发作期MD患者和13名年龄性别匹配的健康对照;其中8对用于血清细胞因子检测,5对用于体外实验 体外巨噬细胞分化:PBMCs用GM-CSF培养5天,第3天换液;CD14阳性率>85% 刺激条件:100 ng/mL LPS和10 μg/mL β-葡聚糖联合刺激24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索MD患者PBMCs在静息期及真菌刺激下的基因表达差异,揭示潜在的炎症潜能。
利用GSE109558数据集,比较MD患者与健康对照,以及经曲霉或青霉刺激的MD患者与未刺激MD患者的基因表达;进行GO和GSEA富集分析。
识别MD炎症反应中的核心调控基因。
构建STRING PPI网络,使用MCODE算法和cytoHubba插件筛选20个核心基因,以CXCL8为关键节点。
评估MD中免疫细胞浸润变化及核心基因与免疫细胞的相关性。
使用ssGSEA和CIBERSORT算法计算免疫细胞浸润,并分析与20个核心基因的相关性。
验证MD发作期全身性炎症反应。
测量独立队列中MD患者和健康对照的12种细胞因子水平,比较组间差异。
确定CXCL8的细胞来源及细胞间通讯网络。
分析GSE269117,进行无监督聚类、伪时间分析和CellChat分析。
验证MD患者巨噬细胞在刺激下产生CXCL8的能力及来源。
分离MD患者和健康对照PBMCs,分化成巨噬细胞,用LPS和β-葡聚糖刺激,检测CXCL8分泌和表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | 磷酸盐缓冲液 | Solarbio | P1020 |
| RPMI-1640培养基 | BDBIO | L103-500 | |
| PBMC分化 | 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Shanghaiyuanye | K20051 |
| 胎牛血清 | Hycezmbio | 20230228 | |
| PBMC分化验证 | CD14抗体 | Elabscience | E-AB-F1209C |
| 巨噬细胞刺激 | 脂多糖 | Solarbio | L8880 |
| β-葡聚糖 | Solarbio | IG4240 | |
| 血清细胞因子检测 | 细胞因子联合检测试剂盒 | Cellgene Biotech | -- |
| ELISA | 人CXCL8/IL-8 ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM10222 |
| 免疫荧光 | CD68抗体 | Bioswamp | PAB43782 |
| HRP标记二抗 | Abcam | Ab150079 | |
| CXCL8/IL-8抗体 | Bioswamp | PAB59641 | |
| HRP标记二抗 | Abcam | ab150077 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生信分析 | 数据集GSE109558和GSE269117的获取与处理条件;DEGs分析阈值(|logFC|>0.5,p<0.05);真菌刺激条件。 阅读提示:Methods 2.2, 2.5, 2.6 |
| 血清细胞因子检测 | 样本量(8对);血清分离条件(3500rpm,10分钟,-80°C保存);检测方法(免疫荧光法)和重复次数(3次)。 阅读提示:Methods 2.3, 2.10, 2.14 |
| 单细胞分析 | 样本来源和排除标准(GSE269117);质量控制(UMI 200-5000,线粒体<20%);聚类参数(分辨率0.8)。 阅读提示:Methods 2.2, 2.11 |
| 体外巨噬细胞实验 | 样本量(5对);分化条件(GM-CSF 5天,CD14阳性率>85%);刺激条件(LPS 100ng/mL + β-葡聚糖 10μg/mL,24小时)。 阅读提示:Methods 2.3, 2.4, 2.12, 2.13 |