hub基因鉴定与富集分析
鉴定BPA暴露与PCOS相关的共享基因,并分析其功能富集。
利用CTD数据库鉴定BPA-PCOS共享基因,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
Network toxicology and single-cell analysis reveal key gene-mediated bisphenol a interference with granulosa cell function in polycystic ovary syndrome.
包含生物信息学分析、临床样本验证、细胞系功能实验及动物模型单细胞数据,但缺乏体内功能实验和免疫机制验证。
KGN人卵巢颗粒细胞系 PCOS患者原代颗粒细胞 DHEA诱导的PCOS样小鼠模型 健康对照原代颗粒细胞
BPA处理浓度(0, 10, 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350 μM) 处理时间(0, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h) KGN细胞系来源(Shuochengbio, Shanghai) PCOS患者及健康对照组样本量(各6例) 实验重复次数(临床样本三次重复,细胞实验三次独立重复)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定BPA暴露与PCOS相关的共享基因,并分析其功能富集。
利用CTD数据库鉴定BPA-PCOS共享基因,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
从GEO数据集中筛选PCOS相关DEGs,并确定与BPA共享基因及氧化应激/凋亡基因的交集。
整合三个GEO数据集,使用limma包进行差异表达分析,与CTD基因集和GeneCards表型基因集取交集,获得五个hub基因。
评估五个hub基因预测PCOS风险的能力。
基于Cox回归构建nomogram,通过ROC曲线、校准曲线和决策曲线分析评估其性能。
探索hub基因的生物学功能及其与免疫细胞浸润的关系。
对每个hub基因进行单基因GSEA,使用ssGSEA和CIBERSORT评估免疫浸润,并计算与hub基因的相关性。
评估BPA与五个hub基因蛋白产物的结合亲和力。
使用CB-DOCK进行分子对接,计算结合能,并用PyMOL可视化。
在单细胞水平上定位hub基因在卵巢中的表达。
分析scRNA-seq数据集GSE268919,进行UMAP聚类和细胞类型注释,检查Cyp19a1和Dmd的表达情况。
验证hub基因在PCOS患者原代颗粒细胞中的表达变化。
收集PCOS患者和健康对照的颗粒细胞,通过qPCR和Western blot检测hub基因的mRNA和蛋白水平。
评估BPA对KGN细胞增殖、凋亡及hub基因表达的影响。
用BPA处理KGN细胞,通过CCK-8、流式细胞术、qPCR和Western blot检测细胞活力、凋亡率及hub基因和凋亡标志物的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | 双酚A | Sigma-Aldrich | 80-05-7 |
| 二甲基亚砜 | Sorabi | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | G-Clone | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC | Elabsciences | -- |
| 碘化丙啶 | Elabsciences | -- | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Takara反转录试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR GREEN预混液 | Takara | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | BD Accuri C6流式细胞仪 | BD | -- |
| qPCR | ABI 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | PCOS诊断标准(Rotterdam标准)、样本量(6例/组)、排除标准 阅读提示:Methods 2.10 Clinical sample collection |
| 细胞培养与处理 | KGN细胞来源、培养基、BPA浓度、处理时间、DMSO浓度 阅读提示:Methods 2.11 Cell culture and treatment |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度、BPA浓度梯度、处理时间、CCK-8孵育时间 阅读提示:Methods 2.12 Cell viability assay (CCK-8) |
| 凋亡检测 | 细胞密度、BPA浓度、处理时间、Annexin V-APC/PI染色体积 阅读提示:Methods 2.13 Apoptosis assessment (flow cytometry) |
| qPCR | 引物序列、内参基因(GAPDH)、计算方法(2-△△Ct) 阅读提示:Methods 2.14 Quantitative real-time PCR (qPCR) 和 Table 1 |
| Western blotting | 蛋白上样量、SDS-PAGE浓度、一抗/二抗孵育条件 阅读提示:Methods 2.15 Western blotting |