网络毒理学和单细胞分析揭示关键基因介导的双酚A对多囊卵巢综合征颗粒细胞功能的干扰

Network toxicology and single-cell analysis reveal key gene-mediated bisphenol a interference with granulosa cell function in polycystic ovary syndrome.

作者信息Yan Zhang, Yuan Lin, Xiumei Xiong, Xiujuan Chen, Xiaoqing Liu, Hailong Huang
PMID41847139
发布时间2026-03-17
DOI10.3389/fphar.2026.1754568

实验完整度

包含生物信息学分析、临床样本验证、细胞系功能实验及动物模型单细胞数据,但缺乏体内功能实验和免疫机制验证。

主要模型

KGN人卵巢颗粒细胞系 PCOS患者原代颗粒细胞 DHEA诱导的PCOS样小鼠模型 健康对照原代颗粒细胞

重点核对

BPA处理浓度(0, 10, 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350 μM) 处理时间(0, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h) KGN细胞系来源(Shuochengbio, Shanghai) PCOS患者及健康对照组样本量(各6例) 实验重复次数(临床样本三次重复,细胞实验三次独立重复)

摘要

背景 双酚A(BPA)是一种典型的内分泌干扰化学物,与多囊卵巢综合征(PCOS)的发病机制有关;然而,其潜在的分子机制和病理生理过程仍不清楚。本研究旨在阐明BPA与PCOS相关基因网络之间的分子相互作用,并确定环境污染物对PCOS进展的联合影响。 方法 我们首先利用比较毒物基因组学数据库(CTD)鉴定了与双酚A(BPA)暴露和多囊卵巢综合征(PCOS)相关的重叠基因。从三个基因表达综合(GEO)数据集中提取差异表达基因(DEGs),同时从GeneCards数据库检索氧化应激和凋亡相关基因。随后,进行了一系列计算机模拟分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建、功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)、免疫浸润评估、列线图开发、CB-DOCK分子对接,以及小鼠卵巢数据集GSE268919(DHEA诱导的PCOS样模型)的单细胞RNA测序分析,以提供细胞类型分辨率的证据。最后,使用来自PCOS患者和健康对照的原代颗粒细胞以及KGN细胞进行体外验证,以评估hub基因的表达。通过CCK-8实验、流式细胞术、定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法进行功能评估。 结果 我们在BPA暴露和PCOS之间鉴定了139个hub基因,富集于激素代谢、卵巢类固醇生成和生殖信号通路——其中凋亡通路与这些hub基因显著相关,表明BPA对PCOS中的细胞存活产生深远影响。确定了五个hub基因(PTAFR、RACGAP1、CYP19A1、FSHR、DMD),整合这些基因的列线图显示出较强的PCOS预测准确性。单基因GSEA进一步将hub基因与免疫调节、炎症和细胞凋亡联系起来——验证了它们与PCOS中凋亡过程的功能相关性。免疫细胞浸润分析显示PCOS组与对照组之间存在差异,hub基因与特定免疫亚群(例如促炎细胞)相关,可能加剧卵巢组织中的凋亡信号。分子对接显示BPA与hub基因蛋白产物之间具有强结合亲和力,表明BPA直接干扰其在调节细胞凋亡中的作用。在小鼠卵巢scRNA-seq数据集(GSE268919)中,我们观察到Cyp19a1和Dmd(小鼠基因符号)的细胞类型特异性失调,压力/凋亡特征在特定卵巢细胞群体中富集,从而为hub基因相关表型提供了支持性的细胞类型定位。体外验证证实了PCOS原代颗粒细胞中hub基因的表达失调;BPA处理剂量依赖性地调节hub基因表达,抑制KGN细胞增殖,并显著诱导颗粒细胞凋亡。 结论 BPA暴露通过关键基因调控驱动凋亡相关的分子重编程,破坏PCOS中颗粒细胞的存活,从而阐明了环境污染物与PCOS进展之间的机制联系,并突出了潜在的分子干预靶点。 关键词 诊断生物标志物、内分泌干扰物、颗粒细胞凋亡、网络毒理学、多囊卵巢综合征、单细胞测序

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
BPA暴露如何通过关键基因调控影响PCOS中颗粒细胞的功能和存活?
核心机制
BPA通过调控五个hub基因(PTAFR、RACGAP1、CYP19A1、FSHR、DMD)的表达,驱动凋亡相关分子重编程,诱导颗粒细胞凋亡。
主要证据
生物信息学分析鉴定五个hub基因,临床样本验证其表达失调,KGN细胞实验显示BPA剂量依赖性调节hub基因表达并诱导凋亡,scRNA-seq显示Cyp19a1和Dmd的细胞类型特异性失调。
研究意义
阐明环境污染物BPA与PCOS进展之间的机制联系,为干预PCOS提供潜在分子靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

hub基因鉴定与富集分析

鉴定BPA暴露与PCOS相关的共享基因,并分析其功能富集。

利用CTD数据库鉴定BPA-PCOS共享基因,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。

2

差异表达与交集分析

从GEO数据集中筛选PCOS相关DEGs,并确定与BPA共享基因及氧化应激/凋亡基因的交集。

整合三个GEO数据集,使用limma包进行差异表达分析,与CTD基因集和GeneCards表型基因集取交集,获得五个hub基因。

3

nomogram构建与评估

评估五个hub基因预测PCOS风险的能力。

基于Cox回归构建nomogram,通过ROC曲线、校准曲线和决策曲线分析评估其性能。

4

单基因GSEA与免疫浸润分析

探索hub基因的生物学功能及其与免疫细胞浸润的关系。

对每个hub基因进行单基因GSEA,使用ssGSEA和CIBERSORT评估免疫浸润,并计算与hub基因的相关性。

5

分子对接分析

评估BPA与五个hub基因蛋白产物的结合亲和力。

使用CB-DOCK进行分子对接,计算结合能,并用PyMOL可视化。

6

小鼠卵巢单细胞转录组分析

在单细胞水平上定位hub基因在卵巢中的表达。

分析scRNA-seq数据集GSE268919,进行UMAP聚类和细胞类型注释,检查Cyp19a1和Dmd的表达情况。

7

临床样本验证

验证hub基因在PCOS患者原代颗粒细胞中的表达变化。

收集PCOS患者和健康对照的颗粒细胞,通过qPCR和Western blot检测hub基因的mRNA和蛋白水平。

8

体外功能验证

评估BPA对KGN细胞增殖、凋亡及hub基因表达的影响。

用BPA处理KGN细胞,通过CCK-8、流式细胞术、qPCR和Western blot检测细胞活力、凋亡率及hub基因和凋亡标志物的表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM/F-12培养基Gibco--
胎牛血清----
青霉素-链霉素Invitrogen--
双酚ASigma-Aldrich80-05-7
二甲基亚砜Sorabi--
CCK-8试剂G-Clone--
Annexin V-APCElabsciences--
碘化丙啶Elabsciences--
TRIzol试剂Invitrogen--
Takara反转录试剂盒Takara--
SYBR GREEN预混液Takara--
RIPA裂解液----
PVDF膜Millipore--
ECL化学发光试剂----
BD Accuri C6流式细胞仪BD--
ABI 7500实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集
PCOS诊断标准(Rotterdam标准)、样本量(6例/组)、排除标准
阅读提示:Methods 2.10 Clinical sample collection
细胞培养与处理
KGN细胞来源、培养基、BPA浓度、处理时间、DMSO浓度
阅读提示:Methods 2.11 Cell culture and treatment
细胞活力检测
细胞接种密度、BPA浓度梯度、处理时间、CCK-8孵育时间
阅读提示:Methods 2.12 Cell viability assay (CCK-8)
凋亡检测
细胞密度、BPA浓度、处理时间、Annexin V-APC/PI染色体积
阅读提示:Methods 2.13 Apoptosis assessment (flow cytometry)
qPCR
引物序列、内参基因(GAPDH)、计算方法(2-△△Ct)
阅读提示:Methods 2.14 Quantitative real-time PCR (qPCR) 和 Table 1
Western blotting
蛋白上样量、SDS-PAGE浓度、一抗/二抗孵育条件
阅读提示:Methods 2.15 Western blotting