网络药理学及生物信息学分析
鉴定JPJDXZF的活性成分、潜在靶点及核心基因
利用SymMap、TCMID、TCMSP等数据库鉴定JPJDXZF活性成分,SwissTargetPrediction预测靶点,结合TCGA、GTEx和GEO数据筛选HCC相关DEGs,并通过WGCNA和维恩图分析确定核心靶点BIRC5和CYP2E1。
Jianpi Jiedu Xiaozheng Fang Regulates Hepatocellular Carcinoma Proliferation and Metastasis Based on Network Pharmacology.
涵盖网络药理学与生信分析、体外细胞功能实验、类器官模型、体内动物实验及机制验证(siMST1/2干扰、BIRC5过表达、EMT抑制剂处理)等多个层级。
HepG2和MHCC97‐H肝癌细胞系 患者来源的肝细胞癌类器官 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
JPJDXZF含药血清浓度:10%(IC50值在HepG2为10.5%,MHCC97-H为9.5%) 体内实验:BALB/c裸鼠皮下接种HepG2细胞(3×10^6),肿瘤体积达85mm³时开始灌胃JPJDXZF,每日一次,持续15天 siMST1/2干扰:使用Lipofectamine 2000转染siMST1/2或si-NC,浓度为2×10^4细胞/孔(24孔板),转染48小时 BIRC5过表达:通过转染BIRC5-OE质粒实现,对照组为NC质粒 EMT抑制剂-1处理:使用Selleckchem的S7279,用于调节Hippo通路相关信号
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定JPJDXZF的活性成分、潜在靶点及核心基因
利用SymMap、TCMID、TCMSP等数据库鉴定JPJDXZF活性成分,SwissTargetPrediction预测靶点,结合TCGA、GTEx和GEO数据筛选HCC相关DEGs,并通过WGCNA和维恩图分析确定核心靶点BIRC5和CYP2E1。
验证JPJDXZF对肝癌细胞增殖、凋亡和迁移的影响
使用JPJDXZF含药血清处理HepG2和MHCC97-H细胞,通过CCK-8、流式细胞术、Transwell和划痕实验检测细胞活力、凋亡和迁移能力,并通过qRT-PCR和Western blot检测BIRC5、YAP、TAZ表达。
评估JPJDXZF对患者来源的肝癌类器官生长的影响
培养来自66岁III级HCC男性患者的肝癌类器官,用JPJDXZF含药血清处理9天,观察直径变化,检测ATP活性(CellCounting-Lite 3D试剂盒),并通过H&E、IHC和qRT-PCR评估病理特征及BIRC5、YAP、TAZ表达。
验证JPJDXZF对裸鼠皮下移植瘤生长的影响
BALB/c裸鼠皮下接种HepG2细胞建立肿瘤模型,待肿瘤平均体积达85mm³后,每日灌胃JPJDXZF或等量蒸馏水,持续15天,结束后测量肿瘤体积和重量,并通过qRT-PCR、Western blot和IHC分析相关蛋白表达。
验证JPJDXZF通过Hippo通路调控BIRC5表达的机制
通过siMST1/2干扰或BIRC5过表达质粒转染,结合EMT抑制剂-1处理,观察对JPJDXZF介导的细胞活力、凋亡、迁移及Hippo通路蛋白表达和TEAD转录活性的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基(DMEM) | GIBCO | C11965500BT |
| 胎牛血清(FBS) | GIBCO | 16000-044 | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Biosharp | BL505A | |
| 药物处理 | EMT抑制剂-1 | Selleckchem | S7279 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-027 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8(CCK-8) | Servicebio | G4103 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A217 |
| 细胞染色 | 染色液 | Biosharp | BL710A |
| RNA提取 | TriQuick总RNA提取试剂盒 | Solarbio | R1100 |
| 反转录 | 5× RT SuperMix qPCR反转录预混液 | APEXbio | K1074 |
| qRT-PCR | 2× SYBR Green qPCR预混液 | APEXbio | K1070 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Biosharp | BL521A | |
| ECL化学发光溶液 | Advansta | K-12045-D50 | |
| BIRC5抗体 | Proteintech | 10778-1-AP | |
| YAP抗体 | Proteintech | 13663-1-AP | |
| TAZ抗体 | Proteintech | 10670-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 磷酸化LATS1 (Thr1079)抗体 | Proteintech | 28998-1-AP | |
| 磷酸化YAP1 (Ser127)抗体 | Proteintech | 80694-2-RR | |
| 磷酸化MST1 (Thr183)/MST2 (Thr180)抗体 | Proteintech | 80093-1-RR | |
| 磷酸化WWTR1 (Ser89)抗体 | Invitrogen | PA5-105066 | |
| MST1抗体 | Proteintech | 22245-1-AP | |
| STK3/MST2抗体 | Proteintech | 12097-1-AP | |
| 双荧光素酶报告基因检测 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 组织染色 | H&E染色试剂盒 | Solarbio | G1100 |
| 类器官ATP检测 | CellCounting-Lite 3D试剂 | Vazyme | DD1102 |
| 细胞消化 | 胰蛋白酶-EDTA溶液 (0.25%) | GIBCO | 25200-072 |
| 组织保存 | 组织保存液 | Guangzhou Woggen Biotechnology Co. LTD | -- |
| 荧光定量PCR仪 | iQ5多色实时荧光定量PCR检测系统 | BIO-RAD | 582BR 005500 |
| 显微镜 | 显微镜 (BA410T) | Motic | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学与生信分析 | 数据库版本、物种(人)、DEGs筛选阈值、WGCNA软阈值 阅读提示:Materials and Methods 2.1-2.6 |
| JPJDXZF含药血清制备 | 大鼠品系、周龄、性别、给药剂量(1.53 g/只/天)、给药时间(7天)、血清采集方法(腹主动脉),离心条件(1000 g, 10分钟) 阅读提示:Materials and Methods 2.9 |
| 细胞实验 | 细胞系(HepG2, MHCC97-H)、培养条件、JPJDXZF含药血清浓度(10%)、处理时间(24h或48h)、转染条件(siRNA或质粒,Lipofectamine 2000, 48h)、细胞接种密度(CCK-8: 3×10^3 cells/well; Transwell: 1×10^6 cells/mL; 划痕: 1×10^6 cells/well) 阅读提示:Materials and Methods 2.10, 2.11, 2.14-2.17, 3.3 |
| 类器官实验 | 类器官来源(患者年龄、性别、肿瘤分级)、培养条件、JPJDXZF含药血清处理浓度及时间(9天)、ATP检测试剂盒及操作步骤 阅读提示:Materials and Methods 2.12, 3.4 |
| 动物实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、周龄(4周)、体重(14-16g)、细胞接种量(3×10^6)、治疗起始肿瘤体积(85mm³)、JPJDXZF给药剂量及方式(灌胃,每日一次)、治疗持续时间(15天) 阅读提示:Materials and Methods 2.13, 3.5 |
| 机制验证实验 | siMST1/2序列、转染浓度、BIRC5过表达质粒、EMT抑制剂-1浓度、处理时间、检测指标(TEAD荧光素酶活性、Western blot、qRT-PCR) 阅读提示:Materials and Methods 2.11, 2.20, 2.21; Results 3.6, 3.7 |