单细胞转录组分析鉴定耐药相关基因
鉴别AraC耐药AML细胞中差异表达的基因和通路
从GEO数据库获取GSE146590数据集,包含6278个AML细胞,经质量控制后4981个细胞用于分析。聚类、轨迹分析、差异表达、KEGG和GO富集分析。
Targeting LAPTM5 enhances AML sensitivity to cytarabine through autophagy inhibition.
包含scRNA-seq、细胞系耐药模型、敲低/过表达功能实验、自噬检测、体内异种移植模型等多个独立证据层级,并明确机制验证。
HL60细胞系(急性髓系白血病) THP1细胞系(急性单核细胞白血病) SCID小鼠异种移植模型(皮下及全身性)
AraC耐药细胞系的建立方法(逐步递增浓度至5 μM) LAPTM5敲低和过表达的稳转细胞系构建(shRNA和Flag-LAPTM5) AraC处理浓度和时间(5 μM或50 μM,处理48小时) 自噬检测指标(LC3-II/I比率、p62水平、Lyso-Tracker Red染色) 体内实验的细胞接种量(1×10^6或2×10^6)和AraC剂量(12 mg/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴别AraC耐药AML细胞中差异表达的基因和通路
从GEO数据库获取GSE146590数据集,包含6278个AML细胞,经质量控制后4981个细胞用于分析。聚类、轨迹分析、差异表达、KEGG和GO富集分析。
验证LAPTM5在耐药细胞中的表达变化
将HL60和THP1细胞暴露于浓度递增的AraC(初始2 nM,逐步增加至5 μM)约2个月,通过CCK-8检测IC50确认耐药。
评估LAPTM5对AraC敏感性的功能影响
用shRNA敲低或过表达LAPTM5,通过CCK-8检测细胞活力,流式检测凋亡,Western blot检测凋亡标志物。
比较AraC敏感和耐药细胞的自噬水平并验证LAPTM5的调控作用
通过Western blot检测LC3-II/I比值和p62水平,透射电镜观察自噬结构,免疫荧光检测p62点状聚集,Lyso-Tracker Red染色评估溶酶体丰度。
阐明LAPTM5调控自噬的分子机制
通过RT-qPCR和Western blot检测LAMP1和LAMP2的表达,在敲低和过表达细胞中评估转录和蛋白水平变化。
验证LAPTM5在体内对肿瘤生长和AraC敏感性的影响
将HL60细胞(AraC敏感或耐药,敲低或对照)皮下或尾静脉注射SCID小鼠,测量肿瘤体积、Ki67和cleaved Caspase-3染色,以及外周血hCD45+细胞比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 阿糖胞苷 | Selleck Chemicals | S1648 |
| 免疫印迹 | 抗LAPTM5抗体 | ABclonal | A17995 |
| 抗LAMP1抗体 | ABclonal | A21194 | |
| 抗LAMP2抗体 | ABclonal | A0593 | |
| 抗ACTIN抗体 | Abmart | P30002 | |
| 抗SQSTM1/p62抗体 | Abmart | T55546 | |
| 抗CASP3抗体 | Abmart | TA7022 | |
| 抗PARP抗体 | Abmart | T40050 | |
| 抗LC3抗体 | Abmart | T55992 | |
| 溶酶体检测 | 溶酶体红色荧光探针 | Beyotime Biotechnology | C1046 |
| 细胞活性检测 | Calcein-AM/PI试剂盒 | Solarbio Life Sciences | CA1630 |
| 细胞计数试剂盒-8 | APExBIO Technology | K1018 | |
| 细胞凋亡检测 | 凋亡检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-CK-A258 |
| 蛋白质提取 | 细胞裂解液 | Epizyme Biotech | PC101 |
| 蛋白酶抑制剂 | Epizyme Biotech | GRF101 | |
| 蛋白定量 | Bradford蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | 5000201 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 |
| 成像系统 | Baygene Biotech | BG-gdsAUTO | |
| RNA提取 | RNA提取试剂 | Vazyme | R401-01 |
| cDNA合成 | cDNA合成预混液 | TransGen Biotech | AE341-02 |
| RT-qPCR | SYBR Green RT-qPCR预混液 | TransGen Biotech | AQ101-01 |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| RNA测序 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 转染 | PEI 25K转染试剂 | Aladdin | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | -- | |
| 质粒构建 | pLV3-U6-LAPTM5-shRNA-GFP-Puro质粒 | MiaoLing Bio | -- |
| pLV3-U6-GFP-Puro质粒 | MiaoLing Bio | -- | |
| pLV3-CMV-LAPTM5-3×FLAG-Blast质粒 | MiaoLing Bio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养条件 阅读提示:Materials and methods - Cell lines and cell culture |
| 建立耐药细胞系 | AraC起始浓度、递增步骤、最终浓度、维持浓度、药物洗脱时间 阅读提示:Materials and methods - Establishment of AraC-resistant cell lines |
| LAPTM5敲低/过表达 | shRNA序列、质粒构建、转染方法、筛选药物和浓度 阅读提示:Materials and methods - Plasmids and stable cell lines |
| 细胞活力与凋亡检测 | 细胞接种密度、AraC处理浓度和时间、检测试剂盒 阅读提示:Materials and methods - Cell viability assay |
| 自噬检测 | AraC处理浓度和时间、抗体稀释、Lyso-Tracker Red浓度 阅读提示:Materials and methods - Western blotting, Immunofluorescence assay, Lysosome detection in living cells |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞接种数量、AraC剂量及给药途径、CTX预处理方案 阅读提示:Materials and methods - In vivo study |