菌株培养与准备
获得用于动物实验的副干酪乳杆菌36菌悬液。
将副干酪乳杆菌36在MRS肉汤培养基中37℃培养至对数生长期,离心(5000 rpm, 5 min),弃上清,用无菌PBS洗涤三次并重悬,根据OD600标准曲线调整浓度。
Lacticaseibacillus paracasei 36 attenuates D-GalN/LPS-induced acute liver injury in mice via suppressing the TLR4/NF-κB/MAPK pathway and NLRP3 inflammasome activation through modulating the intestinal microbiota.
包含动物模型、FMT实验、细胞实验、多组学(16S rRNA、转录组、代谢组)等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
C57BL/6小鼠D-GalN/LPS诱导急性肝损伤模型 抗生素清除小鼠模型 粪菌移植(FMT)小鼠模型 AML12小鼠肝细胞
L. paracasei 36灌胃剂量:1×10^9 CFU/mL,200 μL/天,持续3周 D-GalN/LPS造模剂量:600 mg/kg D-GalN和30 μg/kg LPS腹腔注射 抗生素混合物组成:氨苄青霉素1 g/L、新霉素1 g/L、甲硝唑1 g/L、万古霉素0.5 g/L、氟康唑20 mg/L FMT实验:每日灌胃200 μL新鲜粪便悬液,持续14天 TLR4抑制剂TAK242处理AML12细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得用于动物实验的副干酪乳杆菌36菌悬液。
将副干酪乳杆菌36在MRS肉汤培养基中37℃培养至对数生长期,离心(5000 rpm, 5 min),弃上清,用无菌PBS洗涤三次并重悬,根据OD600标准曲线调整浓度。
建立D-GalN/LPS诱导的急性肝损伤小鼠模型,评价LP36预防效果。
6周龄雄性C57BL/6 SPF小鼠随机分为4组(每组6只):对照组、LP36组、D-GalN/LPS组和LP36+D-GalN/LPS组。LP36组每日灌胃200 μL 1×10^9 CFU/mL LP36,连续3周;对照组灌胃等量生理盐水。第22天,D-GalN/LPS组和LP36+D-GalN/LPS组腹腔注射600 mg/kg D-GalN和30 μg/kg LPS,对照组和LP36组注射生理盐水。注射后6小时采样。
验证LP36的保肝作用是否依赖于其调节的肠道菌群。
小鼠用抗生素混合物处理一周以清除肠道菌群,然后接受来自对照组或LP36组小鼠的粪便悬浮液灌胃,连续14天。第22天进行D-GalN/LPS造模,6小时后取样。
评估LP36对D-GalN/LPS诱导的肝损伤的保护作用。
检测血清AST、ALT、TBil水平评估肝功能;检测DAO和D-LA评估肠屏障通透性;进行肝组织H&E染色和改良HAI评分。
检测LP36对氧化应激和炎症反应的影响。
检测肝组织T-AOC、T-SOD、CAT、GSH-Px活性和MDA含量;检测血清IL-1β、IL-6、IL-10、IL-17A、IL-18、IL-22、TNF-α水平。
评估LP36对肝细胞凋亡的影响。
通过TUNEL荧光染色检测肝细胞凋亡;通过免疫荧光检测PCNA表达;通过RT-qPCR检测凋亡相关基因(Bcl-2, Bcl-xl, Bax, Caspase 3, Caspase 8, Caspase 9)表达。
评估LP36对D-GalN/LPS引起的肠道屏障损伤的保护作用。
通过H&E染色观察回肠组织学变化;通过TEM观察微绒毛和紧密连接超微结构;通过AB-PAS染色和免疫组化检测杯状细胞和MUC2表达;通过免疫荧光检测紧密连接蛋白Claudin-1和ZO-1;通过RT-qPCR检测紧密连接基因(Claudin1, Occludin, ZO-1, MUC2)表达。
分析LP36对肠道菌群组成和多样性的影响。
提取粪便DNA,扩增16S rRNA V3-V4区,在Illumina NovaSeq 6000平台测序,进行OTU聚类、物种注释和多样性分析。
揭示LP36调节的肝脏基因表达变化和信号通路。
提取肝组织RNA,构建文库,进行Illumina NovaSeq 6000双端测序,分析差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析。
揭示LP36调节的肝脏代谢物变化和代谢通路。
提取肝组织代谢物,进行UPLC-QTOF-MS检测,识别差异代谢物并进行KEGG通路富集分析。
验证TLR4/NF-κB/MAPK通路和NLRP3炎症小体相关蛋白的表达变化。
提取肝组织蛋白,进行SDS-PAGE和Western blot检测TLR4、MyD88、p-NF-κB、IκBα、JNK、ERK、P38、NLRP3、ASC、Caspase-1、IL-1β等蛋白表达。
验证LP36调节的肠道菌群代谢物对肝细胞炎症的保护作用是否依赖于TLR4。
用来自LPFMT小鼠肠道内容物的代谢物处理AML12细胞,并给予D-GalN/LPS刺激,部分细胞用TLR4抑制剂TAK242处理,检测相关基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 菌株培养 | MRS肉汤培养基 | -- | -- |
| 血清指标检测 | AST检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| ALT检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| 总胆红素检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞因子检测 | IL-1β ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| IL-17A ELISA试剂盒 | MULTI SCIENCES | -- | |
| IL-18 ELISA试剂盒 | MULTI SCIENCES | -- | |
| IL-22 ELISA试剂盒 | MULTI SCIENCES | -- | |
| 抗氧化能力检测 | 总抗氧化能力检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A015-2 |
| 总超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A001-1 | |
| 过氧化氢酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A007-1 | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A005-1 | |
| 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A003-1 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A045-3 |
| 透射电镜 | 1%锇酸 | -- | -- |
| Spurr树脂 | -- | -- | |
| 日立H-7650透射电子显微镜 | Hitachi | -- | |
| TUNEL染色 | 蛋白酶K | -- | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 免疫组化 | 辣根过氧化物酶标记二抗 | -- | -- |
| DAB显色液 | -- | -- | |
| RT-qPCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| PrimeScript II cDNA合成试剂盒 | Takara | -- | |
| HiScript II SYBR Green RT-qPCR试剂盒 | Vazyme | -- | |
| CFX384实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | -- | -- |
| 硝酸纤维素膜 | -- | -- | |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| 微生物组分析 | TGuide S96磁珠法土壤/粪便DNA提取试剂盒 | Tiangen Biotech | -- |
| 微生物组测序 | Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 转录组学 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| NanoDrop 2000紫外分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱 | Waters Corporation | -- |
| 细胞实验 | TAK242 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、周龄:C57BL/6雄性,6周龄;环境:23±2℃,12小时光/暗循环;预处理剂量:1×10^9 CFU/mL LP36,200 μL/天;造模剂量:600 mg/kg D-GalN和30 μg/kg LPS腹腔注射;取样时间:注射后6小时 阅读提示:Materials and methods: Experimental design |
| 抗生素清除与FMT | 抗生素混合物组成、浓度:氨苄青霉素1 g/L,新霉素1 g/L,甲硝唑1 g/L,万古霉素0.5 g/L,氟康唑20 mg/L;给予时间:1周;粪便悬液来源和灌胃体积:来自对照组或LP36组小鼠的粪便悬液200 μL/天;灌胃时间:14天 阅读提示:Materials and methods: Experimental design (Part II) |
| 氧化应激指标检测 | 检测指标:T-AOC、T-SOD、CAT、GSH-Px、MDA;试剂盒货号:A015-2、A001-1、A007-1、A005-1、A003-1;样品制备:肝匀浆1:9 (w/v),离心4000×g 10分钟;检测波长:T-AOC和CAT 405 nm,T-SOD 450 nm,GSH-Px 412 nm,MDA 532 nm 阅读提示:Materials and methods: Antioxidant capacity assays |
| 细胞因子检测 | 检测指标:IL-1β、IL-6、IL-10、TNF-α、IL-17A、IL-18、IL-22;使用ELISA试剂盒,具体品牌和货号需要核对 阅读提示:Materials and methods: Cytokine measurements |
| 肠道菌群分析 | DNA提取试剂盒:TGuide S96 Magnetic Soil/Stool DNA Kit;16S rRNA V3-V4引物:338F和806R;测序平台:Illumina NovaSeq 6000;OTU聚类相似度:97%;数据库:SILVA 阅读提示:Materials and methods: Microbiome analysis |