GEO数据挖掘与差异表达分析
鉴定URSA相关的差异表达miRNA和mRNA
从GEO数据库下载GSE178619和GSE113790数据集,使用limma包筛选差异表达miRNA/mRNA,并进行GSEA分析。
miR-146a/b-5p-IRAK1-NF-κB Axis Regulates Unexplained Recurrent Spontaneous Abortion.
包含GEO数据挖掘、WGCNA分析、细胞功能实验(CCK-8、流式、Transwell、ROS)、双荧光素酶报告实验、体内小鼠模型验证(HE染色、妊娠结局评估)及通路蛋白检测。
HTR8/SVneo人滋养层细胞系 OX-LDL诱导的URSA细胞模型 CBA/J雌鼠与DBA/2J雄鼠交配的URSA小鼠模型 人胚胎肾293T细胞
miR-146a/b-5p mimics、inhibitor、IRAK1过表达质粒及si-IRAK1的转染效率验证 双荧光素酶报告实验验证miR-146a/b-5p与IRAK1 mRNA 3'UTR的结合 OX-LDL处理浓度(600 μg/mL)及分组(Control, OX-LDL, OX-LDL+miR-146a-5p, OX-LDL+miR-146a-5p+IRAK1-OE等) URSA小鼠模型建立及慢病毒注射剂量(1×10^8 TU/mL, 100 μL/只)和时间点(第0.5天和第7天) p < 0.05为差异有统计学意义,每组独立重复三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定URSA相关的差异表达miRNA和mRNA
从GEO数据库下载GSE178619和GSE113790数据集,使用limma包筛选差异表达miRNA/mRNA,并进行GSEA分析。
识别与URSA相关的枢纽miRNA和mRNA模块
使用WGCNA包构建加权基因共表达网络,鉴定与URSA显著相关的模块(MEbrown和MEdarkorange),并提取枢纽基因。
预测miRNA靶基因并构建调控网络
将18个核心miRNA输入miRDB、miRTarBase和TargetScan预测靶基因,与WGCNA枢纽基因交叉映射,获得21个核心基因,并使用Cytoscape构建网络。
建立URSA细胞模型并确定合适的OX-LDL处理浓度
用不同浓度OX-LDL (0-800 μg/mL)处理HTR8/SVneo细胞,通过CCK-8、流式、Transwell和ROS检测评估细胞活力、凋亡、侵袭和氧化应激。
验证miR-146a/b-5p通过靶向IRAK1调节滋养层细胞功能及NF-κB通路
在OX-LDL处理后,转染miR-146a/b-5p mimics或inhibitor,联合IRAK1过表达质粒或si-IRAK1,评估细胞功能、氧化应激和NF-κB通路蛋白表达。
验证miR-146a/b-5p与IRAK1 mRNA 3'UTR的直接结合
共转染miR-146a/b-5p mimics与含IRAK1野生型或突变型3'UTR的荧光素酶报告质粒,检测荧光素酶活性。
验证miR-146a/b-5p过表达对URSA小鼠妊娠结局及NF-κB通路的影响
建立CBA/J雌鼠与DBA/2J雄鼠交配的URSA模型,尾静脉注射miR-146a/b-5p过表达慢病毒,评估胎儿数、吸收率、胎盘病理及通路蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Gibco | 11875-093 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 药物处理 | 氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotechnologies | YB-002 |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A217 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356234 | |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Biosharp | BL714A |
| H2DCFDA荧光探针 | Sigma-Aldrich | D6883 | |
| RNA提取与qRT-PCR | TriQuick总RNA提取试剂盒 | Solarbio | R1100 |
| 5× RT SuperMix qPCR反转录预混液 | APEXbio | K1074 | |
| 2× SYBR Green qPCR预混液 | APEXbio | K1070 | |
| qRT-PCR | iQ5多色实时荧光定量PCR检测系统 | BIO-RAD | 582BR 005500 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Biosharp | BL521A | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | ISEQ00010 | |
| 脱脂牛奶 | Beyotime | P0216 | |
| IRAK1一抗 | UpingBio | YP-Ab-14795 | |
| IκBα一抗 | Abcam | ab32518 | |
| p-IκBα一抗 | Abcam | ab133462 | |
| p-IKKα/β一抗 | Abcam | ab194528 | |
| p65一抗 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| p-p65一抗 | ABclonal | AP0475 | |
| GAPDH一抗 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Biosharp | BL003A和BL001A | |
| 增强化学发光底物 | Advansta | K-12045-D50 | |
| ChemiScope 6100成像系统 | CLINX | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-027 |
| HE染色 | HE染色试剂盒 | Solarbio | G1100 |
| 伊红 | Biosharp | BL733A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | HTR8/SVneo细胞系(CTCC-400-0143),OX-LDL浓度600 μg/mL,LPS 1 μg/mL作为炎症对照,处理时间未明确说明 阅读提示:Materials and Methods 2.5节 |
| 转染实验 | Lipofectamine 2000转染试剂,miR-146a/b-5p mimics、inhibitor、IRAK1过表达质粒和si-IRAK1由Jiangsu Genecefe Biotechnology Co. Ltd.合成,转染浓度和时长未明确说明 阅读提示:Materials and Methods 2.5节 |
| 双荧光素酶报告实验 | 293T细胞(CRL-11268),共转染分组(NC+IRAK1-WT等),检测时间为转染后48小时 阅读提示:Materials and Methods 2.12节 |
| 动物实验 | CBA/J雌鼠与BALB/c雄鼠(对照)或DBA/2J雄鼠(URSA)交配,每组n=6,尾静脉注射miR-146a/b-5p过表达慢病毒1×10^8 TU/mL,100 μL/只,在第0.5天和第7天注射,第14天解剖 阅读提示:Materials and Methods 2.13节 |