将FTO鉴定为连接免疫失调与脓毒症发病机制的关键m6A去甲基化酶

Identification of FTO as a key m6A demethylase linking immune dysregulation to sepsis pathogenesis.

作者信息Yi Jiao, Rui Lian, Weijian Zhang, Nan Gao, Qishun Geng, Tiantian Deng, Zhaoran Wang, Tingting Deng, Cheng Xiao, Guoqiang Zhang
PMID41789088
发布时间2026-02-18
DOI10.3389/fimmu.2026.1756059

实验完整度

包含多组学数据分析和细胞功能实验,涉及患者样本、体外细胞模型和动物模型,并进行了信号通路机制验证。

主要模型

RAW264.7巨噬细胞 小鼠骨髓来源中性粒细胞 CLP诱导的脓毒症小鼠模型 脓毒症患者外周血单个核细胞和中性粒细胞

重点核对

FTO在PBMCs和中性粒细胞中的表达(RT-qPCR,患者样本) RAW264.7细胞中siFTO敲低效率及LPS刺激时间点(4,8,12,24小时) PI3K激动剂740 Y-P(20μM)和抑制剂LY294002(10μM)的处理浓度 流式细胞术检测M1标志物CD86的平均荧光强度 CLP手术的具体步骤(结扎位置、穿刺次数、针头规格)

摘要

背景:脓毒症是一种危及生命的疾病,其特征是由宿主对感染的反应失调引起的多器官功能障碍。本研究旨在通过全面的生物信息学和实验分析,鉴定脓毒症的潜在诊断生物标志物并阐明其分子机制。方法:本研究使用了五个公开的转录组数据集(GSE13904、GSE26440、GSE28750、GSE95233和GSE57065),包含脓毒症和健康对照样本。经过质量控制和标准化后,样本被分为训练队列和验证队列。应用十四种机器学习算法于训练队列以识别稳健的诊断生物标志物,并在验证队列中验证其预测性能。进一步分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,以确定所鉴定的调节因子在免疫细胞亚群中的细胞分布。结果:总体上,最小绝对收缩和选择算子(LASSO)模型在验证集中表现出最佳性能,显示出高可靠性。通过多模型共识特征选择,m6A甲基化调节因子脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)被确定为关键生物标志物。scRNA-seq分析显示,FTO主要在中性粒细胞和巨噬细胞中表达。与健康对照相比,脓毒症患者外周血单个核细胞(PBMCs)和中性粒细胞中FTO的表达水平显著改变,这与体外巨噬细胞和中性粒细胞模型的结果一致。功能实验表明,FTO促进巨噬细胞向促炎性M1表型极化,并增强中性粒细胞的炎症和趋化反应,突显其在脓毒症炎症调节中的关键作用。结论:通过共识机器学习方法鉴定的FTO可作为脓毒症的潜在诊断生物标志物和m6A甲基化调节因子。FTO及其下游靶点的发现为脓毒症的发病机制提供了新的见解,并可能为开发新的治疗策略奠定基础。关键词:FTO,M1巨噬细胞,N6-甲基腺苷,中性粒细胞,脓毒症。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
脓毒症中哪些m6A调节因子可作为诊断生物标志物,并阐明其在免疫失调中的分子机制?
核心机制
FTO通过维持PI3K/AKT信号通路活性来抑制巨噬细胞过度炎症反应,从而调节M1极化,并在中性粒细胞中该通路发挥促炎作用。
主要证据
基于多个转录组数据集的机器学习筛选出FTO,并在患者样本、CLP小鼠模型、RAW264.7细胞和小鼠中性粒细胞中验证:FTO敲低或抑制导致炎症加剧,而PI3K激动剂或抑制剂可逆转相关表型。
研究意义
FTO可作为脓毒症的潜在诊断生物标志物,并为靶向FTO的脓毒症治疗策略提供理论基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

数据集收集与预处理

整合多个脓毒症转录组数据集,为后续机器学习分析提供数据基础。

从GEO数据库获取GSE13904、GSE26440、GSE28750、GSE95233、GSE57065和GSE65682数据集,共661个样本,使用RMA算法预处理。

2

机器学习模型构建与评估

基于m6A调节因子表达谱构建并评估多种机器学习分类模型,以确定最佳诊断模型。

应用14种机器学习算法(包括LASSO、随机森林、LightGBM等)训练模型,通过ROC曲线、PR曲线、AUC等指标评估性能。

3

FTO靶基因预测与通路富集分析

预测FTO的下游靶基因并富集相关信号通路,为机制研究提供方向。

使用m6A2Target数据库预测FTO靶基因,进行GO和KEGG通路富集分析。

4

免疫浸润与单细胞分析

分析脓毒症中免疫细胞组成及FTO在免疫细胞中的表达分布。

使用CIBERSORT估计免疫细胞比例,分析GSE249975数据集中的scRNA-seq数据,注释细胞类型并分析FTO表达。

5

巨噬细胞功能验证

验证FTO在巨噬细胞炎症反应和极化中的功能及PI3K/AKT机制。

使用RAW264.7细胞,通过siRNA敲低FTO,LPS刺激,并用PI3K激动剂740 Y-P进行挽救,检测炎症因子、CD86、ROS等。

6

中性粒细胞功能验证

验证FTO在中性粒细胞炎症反应中的作用及PI3K/AKT机制。

使用小鼠骨髓来源中性粒细胞,以FTO抑制剂FB23-2处理,并用PI3K抑制剂LY294002,检测炎症因子表达。

7

临床样本验证

验证FTO在脓毒症患者PBMCs和中性粒细胞中的表达变化。

收集12例脓毒症患者和12例健康对照的外周血,分离PBMCs和中性粒细胞,通过RT-qPCR检测FTO mRNA水平。

8

体内模型验证

验证FTO在CLP诱导脓毒症小鼠肠道组织中的表达和定位。

对小鼠进行CLP手术,收集肠道组织进行免疫荧光染色,检测FTO与F4/80或Ly6G的共定位。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
CALNP™ RNAi转染试剂D-Nano Therapeutics--
RPMI-1640培养基----
胎牛血清----
740 Y-PMCEHY-P0175
FB23-2MCEHY127103
LY294002MCEHY10108
抗FTO抗体abcamEPR24440-12
磷酸化PI3K抗体AbmartT40116M
PI3K抗体AbmartT40115M
磷酸化AKT抗体CST4060
AKT抗体CST4685
GAPDH抗体----
β-肌动蛋白抗体----
PE偶联抗F4/80抗体BioLegend123109
FITC偶联抗CD11b抗体BioLegend101205
Brilliant Violet 421偶联抗CD86抗体BioLegend105031
小鼠TNF-α ELISA试剂盒ElabscienceE-HSEL-M0009
DCFH-DA荧光探针SolarbioCA1410
Hoechst 33342Solarbio--
抗F4/80抗体abcamab04467
抗Ly6G抗体BioLegend127609
Alexa Fluor 488或594偶联二抗----
DAPI----
蔡司激光扫描共聚焦显微镜Zeiss--
Quantity One软件Bio-Rad--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
数据集处理
使用特定GEO数据集(GSE13904、GSE26440等),平台为GPL570或GPL13667,样本类型为外周血。
阅读提示:Methods 2.1
机器学习模型
14种机器学习算法,训练集和验证集划分,AUC评估标准。
阅读提示:Methods 2.2,Results 3.1
细胞培养与转染
RAW264.7细胞,siFTO和siNC序列,转染试剂CALNP™,LPS刺激浓度200 ng/mL及时间点。
阅读提示:Methods 2.7,图5图例
巨噬细胞实验
siFTO敲低,740 Y-P浓度20μM,检测CD86、TNF-α、ROS。
阅读提示:Methods 2.8-2.10,Results 3.5
中性粒细胞实验
小鼠骨髓中性粒细胞,FB23-2处理,LY294002浓度10μM,LPS刺激及时间点。
阅读提示:Methods 2.7,Results 3.6
CLP模型
CLP手术步骤:1.5-2cm切口,结扎盲肠一半,21号针穿刺2次,挤出少量粪便。
阅读提示:Methods 2.6
临床样本
12例脓毒症患者和12例健康对照,PBMCs和中性粒细胞分离,FTO表达检测。
阅读提示:Methods 2.5,Results 3.5-3.6
统计分析
Student's t-test或one-way ANOVA,Tukey's post hoc检验,P<0.05。
阅读提示:Methods 2.12