数据集收集与预处理
整合多个脓毒症转录组数据集,为后续机器学习分析提供数据基础。
从GEO数据库获取GSE13904、GSE26440、GSE28750、GSE95233、GSE57065和GSE65682数据集,共661个样本,使用RMA算法预处理。
Identification of FTO as a key m6A demethylase linking immune dysregulation to sepsis pathogenesis.
包含多组学数据分析和细胞功能实验,涉及患者样本、体外细胞模型和动物模型,并进行了信号通路机制验证。
RAW264.7巨噬细胞 小鼠骨髓来源中性粒细胞 CLP诱导的脓毒症小鼠模型 脓毒症患者外周血单个核细胞和中性粒细胞
FTO在PBMCs和中性粒细胞中的表达(RT-qPCR,患者样本) RAW264.7细胞中siFTO敲低效率及LPS刺激时间点(4,8,12,24小时) PI3K激动剂740 Y-P(20μM)和抑制剂LY294002(10μM)的处理浓度 流式细胞术检测M1标志物CD86的平均荧光强度 CLP手术的具体步骤(结扎位置、穿刺次数、针头规格)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
整合多个脓毒症转录组数据集,为后续机器学习分析提供数据基础。
从GEO数据库获取GSE13904、GSE26440、GSE28750、GSE95233、GSE57065和GSE65682数据集,共661个样本,使用RMA算法预处理。
基于m6A调节因子表达谱构建并评估多种机器学习分类模型,以确定最佳诊断模型。
应用14种机器学习算法(包括LASSO、随机森林、LightGBM等)训练模型,通过ROC曲线、PR曲线、AUC等指标评估性能。
预测FTO的下游靶基因并富集相关信号通路,为机制研究提供方向。
使用m6A2Target数据库预测FTO靶基因,进行GO和KEGG通路富集分析。
分析脓毒症中免疫细胞组成及FTO在免疫细胞中的表达分布。
使用CIBERSORT估计免疫细胞比例,分析GSE249975数据集中的scRNA-seq数据,注释细胞类型并分析FTO表达。
验证FTO在巨噬细胞炎症反应和极化中的功能及PI3K/AKT机制。
使用RAW264.7细胞,通过siRNA敲低FTO,LPS刺激,并用PI3K激动剂740 Y-P进行挽救,检测炎症因子、CD86、ROS等。
验证FTO在中性粒细胞炎症反应中的作用及PI3K/AKT机制。
使用小鼠骨髓来源中性粒细胞,以FTO抑制剂FB23-2处理,并用PI3K抑制剂LY294002,检测炎症因子表达。
验证FTO在脓毒症患者PBMCs和中性粒细胞中的表达变化。
收集12例脓毒症患者和12例健康对照的外周血,分离PBMCs和中性粒细胞,通过RT-qPCR检测FTO mRNA水平。
验证FTO在CLP诱导脓毒症小鼠肠道组织中的表达和定位。
对小鼠进行CLP手术,收集肠道组织进行免疫荧光染色,检测FTO与F4/80或Ly6G的共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转染 | CALNP™ RNAi转染试剂 | D-Nano Therapeutics | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 740 Y-P | MCE | HY-P0175 |
| 细胞培养与转染 | FB23-2 | MCE | HY127103 |
| 药物处理 | LY294002 | MCE | HY10108 |
| 蛋白检测 | 抗FTO抗体 | abcam | EPR24440-12 |
| 磷酸化PI3K抗体 | Abmart | T40116M | |
| PI3K抗体 | Abmart | T40115M | |
| 磷酸化AKT抗体 | CST | 4060 | |
| AKT抗体 | CST | 4685 | |
| GAPDH抗体 | -- | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | -- | -- | |
| 流式分析 | PE偶联抗F4/80抗体 | BioLegend | 123109 |
| FITC偶联抗CD11b抗体 | BioLegend | 101205 | |
| Brilliant Violet 421偶联抗CD86抗体 | BioLegend | 105031 | |
| ELISA | 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-HSEL-M0009 |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | Solarbio | CA1410 |
| Hoechst 33342 | Solarbio | -- | |
| 免疫荧光 | 抗F4/80抗体 | abcam | ab04467 |
| 抗Ly6G抗体 | BioLegend | 127609 | |
| Alexa Fluor 488或594偶联二抗 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| 蔡司激光扫描共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 蛋白检测 | Quantity One软件 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据集处理 | 使用特定GEO数据集(GSE13904、GSE26440等),平台为GPL570或GPL13667,样本类型为外周血。 阅读提示:Methods 2.1 |
| 机器学习模型 | 14种机器学习算法,训练集和验证集划分,AUC评估标准。 阅读提示:Methods 2.2,Results 3.1 |
| 细胞培养与转染 | RAW264.7细胞,siFTO和siNC序列,转染试剂CALNP™,LPS刺激浓度200 ng/mL及时间点。 阅读提示:Methods 2.7,图5图例 |
| 巨噬细胞实验 | siFTO敲低,740 Y-P浓度20μM,检测CD86、TNF-α、ROS。 阅读提示:Methods 2.8-2.10,Results 3.5 |
| 中性粒细胞实验 | 小鼠骨髓中性粒细胞,FB23-2处理,LY294002浓度10μM,LPS刺激及时间点。 阅读提示:Methods 2.7,Results 3.6 |
| CLP模型 | CLP手术步骤:1.5-2cm切口,结扎盲肠一半,21号针穿刺2次,挤出少量粪便。 阅读提示:Methods 2.6 |
| 临床样本 | 12例脓毒症患者和12例健康对照,PBMCs和中性粒细胞分离,FTO表达检测。 阅读提示:Methods 2.5,Results 3.5-3.6 |
| 统计分析 | Student's t-test或one-way ANOVA,Tukey's post hoc检验,P<0.05。 阅读提示:Methods 2.12 |