病毒感染与组织采集
建立SARS-CoV-2感染模型并确定分析时间点
KRT18-hACE2小鼠经鼻内接种SARS-CoV-2,在4和6 dpi处死并采集脑组织。
Neuroinflammatory and transcriptional dynamics during SARS-CoV-2 infection in KRT18-hACE2 mouse brain.
包含免疫组化、细胞因子阵列、转录组和dPCR验证,但缺乏功能验证和机制实验,如基因敲除或干预。
KRT18-hACE2转基因小鼠 SARS-CoV-2感染脑组织 皮质神经元
小鼠品系:K18-hACE2(B6.Cg-Tg(K18-ACE2)2Prlmn/J) 感染剂量:2×10^3 PFU,鼻内接种 时间点:4和6 dpi 样本量:免疫组化n=3,细胞因子阵列n=5,转录组对照组n=5,感染组n=6
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立SARS-CoV-2感染模型并确定分析时间点
KRT18-hACE2小鼠经鼻内接种SARS-CoV-2,在4和6 dpi处死并采集脑组织。
确认SARS-CoV-2是否侵入脑并感染特定细胞类型
通过免疫荧光染色检测病毒NP蛋白与神经元(MAP2、SATB2)和胶质细胞(GFAP、O4)的共定位。
评估感染引起的神经炎症和神经元损伤
通过免疫荧光检测Iba1和CD68评估小胶质细胞激活,通过TUNEL和ClCas3/SATB2染色评估凋亡。
鉴定脑内炎症相关蛋白的表达变化
使用Proteome Profiler Mouse XL Cytokine Array检测111种炎症蛋白。
揭示时间依赖的转录变化
使用Affymetrix GeneChip Mouse Gene 2.0 ST阵列进行全转录组分析,并进行差异表达和GO富集分析。
绝对定量验证关键免疫和线粒体相关基因的表达
使用dPCR检测病毒NP、白细胞介素、趋化因子、干扰素和线粒体相关基因的拷贝数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 病毒感染 | SARS-CoV-2野生型毒株 | National Culture Collection for Pathogens | EPI_ISL_407193 |
| 组织采集 | FastPrep-24匀浆器 | MP Biomedicals | -- |
| 免疫组织化学 | 抗SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 33717 |
| 抗SATB2抗体 | Abcam | ab34735 | |
| 抗MAP2抗体 | Abcam | ab183830 | |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | ab7260 | |
| 抗O4抗体 | R&D system | MAB1326 | |
| 抗Iba1抗体 | Cell Signaling Technology | 58970 | |
| 抗CD68抗体 | Cell Signaling Technology | 97778 | |
| 抗Cleaved Caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 羊抗兔Alexa Fluor 488偶联IgG | Abcam | ab1500770 | |
| 羊抗兔Alexa Fluor 555偶联IgG | Abcam | ab1500780 | |
| 羊抗小鼠Alexa Fluor 488偶联IgG | Abcam | ab150113 | |
| 羊抗小鼠Alexa Fluor 555偶联IgG | Abcam | ab150114 | |
| 凋亡检测 | TUNEL原位凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A325 |
| 细胞因子分析 | Proteome Profiler小鼠XL细胞因子阵列 | R&D Systems | ARY028 |
| RNA提取 | Maxwell RSC SimplyRNA组织试剂盒 | Promega | -- |
| RNA定量 | NanoDrop分光光度计 | Allsheng | Nano400A |
| cDNA合成 | iScript逆转录超混合液用于RT-qPCR | Bio-Rad | -- |
| Mastercycler热循环仪 | Eppendorf | -- | |
| 转录组分析 | GeneChip小鼠基因2.0 ST阵列 | Thermo Fisher Scientific | 902463 |
| GeneChip WT Pico试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 902623 | |
| 数字PCR | Absolute Q DNA数字PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| QuantStudio Absolute Q数字PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物感染 | 小鼠品系、性别、感染剂量、接种途径、时间点 阅读提示:Materials and methods, Animals and viral infection |
| 免疫组织化学 | 抗体稀释度、抗原修复条件、染色参数、定量方法 阅读提示:Materials and methods, Immunohistochemistry |
| 细胞因子分析 | 样品制备、阵列类型、信号定量方法 阅读提示:Materials and methods, Proteome profile analysis |
| 转录组分析 | RNA提取方法、芯片类型、数据标准化和差异表达阈值 阅读提示:Materials and methods, Whole-transcriptome analysis and Differential expression analysis |
| 数字PCR | 引物序列、PCR条件、数据绝对定量方法 阅读提示:Materials and methods, Digital PCR |