临床样本关联分析
评估富含脂肪的肿瘤微环境与CD8+T细胞衰老的相关性
对OvCa患者原发灶和转移灶的单细胞RNA测序数据进行分析,并在HGSOC患者组织切片中进行SBB和CD8共染色,比较脂肪组织邻近和远离区域的CD8+Tsen细胞比例。
Fatty acid uptake mediated by FABP4 promotes the formation of CD8+T cell senescence through lipid peroxidation in the adipocyte-rich microenvironment of Ovarian Cancer.
包含体外细胞共培养模型、临床组织样本、单细胞测序分析、体内小鼠模型等多个独立证据层级,并通过功能验证和机制验证明确FABP4介导的脂质过氧化途径。
CD8+T细胞与ID8细胞共培养体外模型 ID8细胞诱导的卵巢癌小鼠模型 ID8-luc-P53−/−细胞诱导的卵巢癌转移小鼠模型 HGSOC患者临床组织样本
CD8+T细胞来源:肿瘤小鼠脾脏(荷瘤2周) 共培养条件:CD8+T细胞与ID8细胞比例8:1,处理48小时 油酸浓度:100 μM BMS309403预处理:25 μM,2小时 动物分组:Ctrl、BMS、DDP、BMS+DDP,样本量n=3或n=6
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估富含脂肪的肿瘤微环境与CD8+T细胞衰老的相关性
对OvCa患者原发灶和转移灶的单细胞RNA测序数据进行分析,并在HGSOC患者组织切片中进行SBB和CD8共染色,比较脂肪组织邻近和远离区域的CD8+Tsen细胞比例。
建立肿瘤细胞诱导的CD8+T衰老细胞模型
将荷瘤小鼠脾脏CD8+T细胞与ID8细胞共培养,通过SA-β-gal染色和RT-PCR检测衰老标志物,确定最佳诱导时间。
探讨富含脂肪微环境成分对CD8+T衰老的影响
在共培养体系中加入MATES或不同浓度油酸,检测CD8+Tsen比例、脂肪酸代谢相关基因表达及脂质过氧化水平。
验证FABP4介导的脂肪酸摄取在CD8+T衰老中的作用
使用BMS309403或siFABP4抑制FABP4,或过表达FABP4,检测CD8+T细胞脂肪酸摄取、脂质过氧化、衰老标志物及GPX4表达。
验证抑制脂肪酸摄取对CD8+T细胞抗肿瘤功能的影响
在共培养体系中检测CD8+T细胞增殖、效应分子表达及对ID8细胞杀伤能力。
验证体内抑制FABP4对CD8+T衰老和抗肿瘤免疫的影响
建立卵巢癌小鼠模型,给予BMS309403和/或顺铂治疗,检测CD8+Tsen比例、效应分子、肿瘤负荷和生存时间。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Jiangsu Kaiji Biotechnology Co. LTD. | -- |
| RPMI 1640培养基 | Jiangsu Kaiji Biotechnology Co. LTD. | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 红细胞去除 | 红细胞裂解液 | Beijing Tiangen Biochemical Technology Co., LTD. | RT122 |
| CD8+T细胞分选 | ImunoSep小鼠CD8+T细胞富集试剂盒 | Precision BioMedicals | 720805 |
| 药物处理 | BMS309403 | MedChemExpress | HY-101903 |
| MHY1485 | MedChemExpress | HY-B0795 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| 转染 | ProteanFect Max小鼠原代T细胞转染试剂盒 | Nanoportal Biotech | PT03 |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | Zombie NIR活/死染色 | Biolegend | 423105 |
| 细胞活化混合物 | Biolegend | 423303 | |
| FITC-Bodipy-FL-C16 | Invitrogen | D3821 | |
| 581/589-Bodipy-C11 | Beyotime | S0043S | |
| 细胞衰老检测试剂盒-SPiDER-β-gal | Dojindo | SG03 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Jiangsu Kaiji Biotech | KGA1102 |
| 流式细胞术 | 细胞内染色透化洗涤缓冲液(10X) | Biolegend | 421002 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Tiangen Biotech, CO., Ltd. | DP424 |
| RNA-seq | TIANSeq mRNA捕获试剂盒 | TIANGEN Biotech | -- |
| TIANSeq快速RNA文库构建试剂盒 | TIANGEN Biotech | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 免疫组化 | 抗人CD8抗体 | Affinity | AF5126 |
| 羊抗兔IgG聚合物 | Beijing Zhongshan Jinqiao Biological Co., LTD. | PV-6001 | |
| SBB染色 | 苏丹黑B | MedChemExpress | HY-D0213 |
| RT-PCR | TransScript®一步法gDNA去除和cDNA合成SuperMix | Beijing Quanshi Gold Bio. Co., LTD. | AT311-03 |
| ELISA | 小鼠A-CoA ELISA试剂盒 | LunChangShuoBiotech | ED-21683 |
| ATP ELISA试剂盒 | LunChangShuoBiotech | ED-24959 | |
| FAO检测 | FAO比色法检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K784-M |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | KeyGEN | KGB2101-250 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Jiangsu Kaiji Biotech. Co. LTD. | KGB5204 |
| 磷酸酶抑制剂 | Jiangsu Kaiji Biotech. Co. LTD. | KGB5101-2 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Jiangsu Kaiji Biotech. Co. LTD. | KGB5101-100 | |
| CCK-8检测 | CCK-8试剂盒 | Jiangsu Kaiji Biotech. Co. LTD. | KGA317 |
| 动物实验 | 顺铂 | Qilu Pharmaceutical Company Limited | -- |
| D-荧光素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:ID8;培养基:DMEM和RPMI 1640;添加物:10% FBS,80 U/ml青霉素和80 μg/ml链霉素;传代次数<10次 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture |
| CD8+T细胞分选 | C57BL/6小鼠脾脏细胞制备单细胞悬液,使用ImunoSep mouse CD8+T cell enrichment kit分选 阅读提示:Materials and methods: Magnetic cell sorting (MACS) |
| 体外衰老诱导 | CD8+T细胞浓度1×10^6/ml,与ID8细胞比例8:1,共培养48小时;BMS309403预处理25 μM,2小时;油酸处理150 μM 阅读提示:Materials and methods: In vitro treatment of T cells; Figure 2 and 3 legends |
| FABP4敲低/过表达 | siFABP4序列:GGGCTTTGCCACAAGGAAA和GGTGGAATGTGTTATGAAA;转染试剂盒:ProteanFect Max Mouse Primary T Cell Transfection Kit 阅读提示:Materials and methods: FABP4 knockdown and overexpression |
| 动物模型 | C57BL/6小鼠(雌性,8周龄,17-18 g);ID8或ID8-luc-P53−/−细胞腹腔注射3×10^6/200 μl/鼠;分组:Ctrl、BMS(15 mg/kg隔日)、DDP(2 mg/kg单次)、联合组;治疗周期4周 阅读提示:Materials and methods: Animal experiment; Figure 6 legend |
| 体内检测 | 处死时间点:第14天和第28天;样本采集:脾脏、腹水、腹股沟淋巴结;检测指标:CD8+Tsen比例、脂肪酸摄取、脂质过氧化、效应分子表达 阅读提示:Materials and methods: Animal experiment; Figure 6 legend |