USP5表达与临床预后相关性分析
评估USP5在LUAD中的表达水平及其与预后的关系
利用TCGA-LUAD、GSE31547等转录组数据及临床样本IHC和Western blot分析USP5表达,并做生存分析。
USP5-mediated CD73 deubiquitination drives osimertinib resistance via PI3K/AKT and glycolysis activation in LUAD.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植模型、临床样本分析及代谢组学和Seahorse分析等多层级验证,并明确机制验证。
LUAD细胞系(H1299、PC9、H1650、HCC827等) BALB/c裸鼠异种移植模型 奥希替尼耐药HCC827(HCC827-RO)细胞 58例LUAD患者组织样本
USP5是否通过去泛素化稳定CD73 USP5-CD73轴是否激活PI3K/AKT/mTOR通路 USP5-CD73轴是否促进糖酵解重编程 USP5-CD73轴是否介导奥希替尼耐药
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估USP5在LUAD中的表达水平及其与预后的关系
利用TCGA-LUAD、GSE31547等转录组数据及临床样本IHC和Western blot分析USP5表达,并做生存分析。
验证USP5是否促进LUAD细胞增殖、迁移和侵袭
通过慢病毒介导的USP5敲低和过表达,进行EdU、CCK-8、克隆形成、划痕和Transwell实验。
验证USP5是否在体内促进肿瘤生长
将稳定转染的LUAD细胞皮下注射裸鼠,监测肿瘤体积和重量。
寻找并验证USP5的直接相互作用蛋白
通过免疫沉淀-质谱鉴定H1299细胞中USP5相互作用蛋白,并用coIP验证USP5-CD73相互作用。
验证USP5是否通过去泛素化稳定CD73蛋白
利用CHX追踪实验和泛素化实验检测CD73蛋白半衰期和泛素化水平。
验证USP5-CD73轴是否促进LUAD细胞的糖酵解重编程
使用SeaHorse XF分析仪检测细胞外酸化率,并测定乳酸生成,同时进行代谢组学分析。
验证USP5-CD73轴是否介导奥希替尼耐药
通过CCK-8法检测不同细胞系的IC50,并评估凋亡和体内联合治疗的效果。
验证TRIM28是否通过泛素化促进CD73降解
通过敲低和过表达TRIM28,检测CD73蛋白水平和泛素化水平,以及CHX追踪实验。
验证USP5-CD73轴是否通过激活PI3K/AKT/mTOR通路发挥作用
通过Western blot检测PI3K/AKT/mTOR磷酸化水平的变化。
验证USP5和CD73在临床样本中的表达相关性及其与预后的关系
通过IHC和Western blot分析58例LUAD肿瘤及配对正常组织中USP5和CD73表达,并进行统计学分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Solarbio | -- |
| DMEM培养基 | Solarbio | -- | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 角质形成细胞无血清培养基 | Zhong Qiao Xin Zhou Biotechnology | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | -- | -- | |
| 药物治疗 | 奥希替尼 | MedChemExpress | HY-15772 |
| USP5-IN-1 | Targetmol | T60130 | |
| 泛素化实验 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| 免疫沉淀 | Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 |
| 抗Flag磁珠 | MedChemExpress | HY-K0207 | |
| 抗His磁珠 | MedChemExpress | HY-K0209 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂盒 | Invitrogen | L3000-015 |
| 乳酸检测 | L-乳酸比色法检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-M |
| 代谢分析 | Seahorse XF糖酵解速率检测试剂盒 | Agilent Technologies | 103344-100 |
| RNA提取 | RNA快速纯化试剂盒 | Esun Bio | RN001-50 |
| 细胞增殖检测 | YF® 594 Click-iT™ EdU试剂盒 | UElandy | C6045L |
| 凋亡检测 | FITC-Annexin V/碘化丙啶试剂盒 | UElandy | F6012L |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1荧光探针 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 超敏化学发光底物 | UElandy | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | GLPBIO | -- |
| 细胞培养 | 结晶紫 | Solarbio | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| IHC | DAB显色液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素添加等 阅读提示:STAR Methods - Cell line and culture |
| USP5敲低/过表达 | shRNA序列、慢病毒构建、转导条件 阅读提示:STAR Methods - Lentiviral, small interfering RNA, and plasmid transfection |
| 体外增殖实验 | 细胞种板密度、培养时间、检测时间点 阅读提示:STAR Methods - Colony formation assay, cell counting kit-8 (CCK-8) assay, and EdU incorporation assay |
| 迁移和侵袭实验 | 划痕宽度、Transwell孔径、基质胶浓度、培养时间 阅读提示:STAR Methods - Wound healing assay and transwell assay |
| 体内异种移植 | 小鼠品系、年龄、数量、细胞注射数量、给药剂量和频率 阅读提示:STAR Methods - In vivo tumor growth and metastasis assays |
| 蛋白稳定性实验 | CHX浓度、处理时间点 阅读提示:STAR Methods - Protein half-life assays |
| 泛素化实验 | MG132浓度、处理时间、抗体特异性 阅读提示:STAR Methods - Ubiquitylation assay and Co-immunoprecipitation (CoIP) |
| 代谢分析 | 细胞种板密度、检测试剂盒、仪器型号 阅读提示:STAR Methods - Untargeted metabolomics,L-Lactic acid colorimetric assay and seahorse XF metabolic flux analysis |
| 奥希替尼敏感性实验 | 药物浓度范围、处理时间、IC50计算方法 阅读提示:STAR Methods - In vivo tumor growth and metastasis assays |