网络药理学分析
鉴定BYHWD治疗MN的潜在靶点和相关信号通路。
从TCMSP获取BYHWD活性化合物及靶点,GeneCards获取MN相关靶点,取交集得到230个共同基因;进行GO和KEGG富集分析,构建“化合物-靶点-通路”网络。
Inhibitory Mechanism of Buyang Huanwu Decoction on AGE/RAGE Pathway in Membranous Nephropathy: Integration of Network Pharmacology and Cell Model Validation.
结合网络药理学、分子对接、两种足细胞损伤模型(ZAS诱导MPC-5、Ang II诱导AB8/13)及通路激动剂挽救实验,涵盖功能、机制验证。
MPC-5小鼠足细胞系(ZAS诱导损伤模型) AB8/13人足细胞系(Ang II诱导损伤模型)
ZAS诱导模型:10% ZAS处理24小时 Ang II诱导模型:100 nmol/L Ang II处理24小时 BYHWD低剂量:1 mg/mL,高剂量:10 mg/mL 通路激动剂:200 μg/mL AGE-BSA MPC-5细胞分化条件:37°C无IFN-γ培养10-14天;AB8/13细胞分化条件:37°C培养14-16天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定BYHWD治疗MN的潜在靶点和相关信号通路。
从TCMSP获取BYHWD活性化合物及靶点,GeneCards获取MN相关靶点,取交集得到230个共同基因;进行GO和KEGG富集分析,构建“化合物-靶点-通路”网络。
评估BYHWD核心靶基因对MN的诊断价值。
利用GEO数据集GSE104948,对AKT1、IL-1β、IL6、INS、MMP9、PTGS2和TNF进行ROC曲线分析,计算AUC值。
验证BYHWD活性化合物与核心靶蛋白的结合亲和力。
从PubChem获取化合物结构,从PDB获取蛋白结构,使用AutoDock Vina进行分子对接,并用Discovery Studio可视化。
制备用于细胞实验的补阳还五汤提取物。
按处方称取中药,加水煎煮两次,合并滤液,浓缩至1 g/mL(生药量)。
建立膜性肾病足细胞损伤模型。
培养MPC-5和AB8/13细胞,分别用ZAS和Ang II诱导损伤,分组进行BYHWD处理及通路激动剂干预。
评估BYHWD对损伤足细胞增殖的影响。
使用CCK-8试剂盒检测不同处理组细胞的活力。
检测BYHWD对促炎细胞因子和C5b-9的影响。
使用ELISA试剂盒检测细胞上清中TNF-α、IL-1β、IL-6和C5b-9的水平。
验证BYHWD对AGE/RAGE通路的抑制及机制。
ELISA检测AGE水平,Western blot检测RAGE蛋白表达;在BYHWD处理后加入AGE-BSA(通路激动剂),观察RAGE表达及功能变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Network pharmacology | 中药系统药理学数据库与分析平台 | -- | -- |
| GeneCards数据库 | -- | -- | |
| R统计软件 | -- | -- | |
| Cytoscape软件 | -- | -- | |
| Molecular docking | AutoDock Vina软件 | -- | -- |
| Discovery Studio软件 | -- | -- | |
| Cell culture | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素 | Gibco | -- | |
| 链霉素 | Gibco | -- | |
| 干扰素-γ | Peprotech | -- | |
| 血管紧张素II | Sigma | -- | |
| AGE-BSA(AGE/RAGE通路激动剂) | Abcam | ab51995 | |
| Cell proliferation | CCK-8试剂盒 | BioSharp | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | KeyGEN | -- |
| BSA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Vazyme | -- | |
| RAGE抗体 | Invitrogen | PA1-075 | |
| GAPDH抗体 | Invitrogen | 4A9L6 | |
| HRP标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | 31460 | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ELISA | 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Bioss | bsk12002 |
| 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Bioss | bsk12004 | |
| 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Bioss | bsk12004 | |
| 小鼠C5b-9 ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS261074 | |
| AGE ELISA试剂盒 | Abcam | ab238539 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Bioss | bsk11014 | |
| 人IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0149 | |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | Bioss | bsk11007 | |
| 人C5b-9 ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS2516230 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学 | BYHWD活性化合物筛选标准(OB≥30%,DL≥0.18);MN相关靶点数据库(GeneCards);基因重叠数230;GO/KEGG富集分析的显著阈值(调整P<0.05) 阅读提示:Methods: Construction of the BYHWD Bioactive Compound-Gene Interaction Network; Gene Ontology and KEGG Enrichment Analysis |
| 分子对接 | 配体结构来源(PubChem);蛋白结构来源(PDB);对接软件版本(AutoDock Vina);结合能阈值或评价标准 阅读提示:Methods: Molecular Docking |
| BYHWD制备 | 药材来源(嘉兴市中医医院);煎煮时间(1小时)、加水量(8倍)、浓缩浓度(1 g/mL) 阅读提示:Methods: Preparation of BYHWD |
| 细胞培养与分化 | MPC-5细胞培养条件(33°C,10 U/mL IFN-γ;分化:37°C,10-14天);AB8/13细胞培养条件(33°C增殖,37°C分化14-16天) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Treatment |
| ZAS诱导模型 | ZAS制备方法(1% zymosan,煮沸,离心);处理浓度(10% ZAS)、时间(1小时) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Treatment |
| Ang II诱导模型 | Ang II浓度(100 nmol/L)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Treatment |
| BYHWD处理 | 低剂量(1 mg/mL)、高剂量(10 mg/mL)、处理时间(24小时);细胞毒性浓度(50和100 mg/mL) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Treatment; Results: BYHWD Relieves Podocyte Damage |
| 通路激动剂处理 | AGE-BSA浓度(200 μg/mL)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Treatment; Figure 7 legend |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(5×10^3 cells/孔);CCK-8孵育时间(2小时);检测波长(450 nm);重复数(n=3) 阅读提示:Methods: Cell Proliferation Activity Detection |
| Western blot | 蛋白上样量(30 μg);抗体稀释比例(RAGE 1:1000,GAPDH 1:50,000);二抗稀释比例(1:10,000);内参蛋白(GAPDH) 阅读提示:Methods: Western Blot |
| ELISA检测 | 各ELISA试剂盒的品牌、货号、线性范围和检测限;样本类型(细胞上清) 阅读提示:Methods: ELISA Detection of Inflammatory Factors |
| 统计分析 | 统计方法(单因素方差分析+Tukey事后检验,P<0.05);重复数(n≥3);数据表示(均值±标准差) 阅读提示:Methods: Statistical Analysis |