表达分析
分析PRDM1在RCC组织和细胞系中的表达水平及其诊断价值
利用GEO数据集分析PRDM1表达,检测RCC细胞系中PRDM1 mRNA水平
PRDM1 Knockdown Promotes Ferroptosis and Sunitinib Sensitivity by Modulating the PI3K/Akt Signaling Through Inhibition of ESM1 Transcription in Renal Cell Carcinoma.
涉及体外细胞实验(铁死亡、药物敏感性)、分子机制(转录调控、信号通路)及体内异种移植模型,包含功能验证和机制验证,证据层级独立且充分。
786-O细胞 ACHN细胞 裸鼠皮下异种移植模型
PRDM1敲低效率及对GPX4表达的影响(western blot) 铁死亡指标(LDH、ROS、Fe2+、MDA)的检测 舒尼替尼处理浓度及细胞活力测定(CCK-8) PRDM1与ESM1结合的验证(荧光素酶报告基因和ChIP实验) PI3K/Akt通路磷酸化水平及LY294002处理的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析PRDM1在RCC组织和细胞系中的表达水平及其诊断价值
利用GEO数据集分析PRDM1表达,检测RCC细胞系中PRDM1 mRNA水平
验证PRDM1敲低对RCC细胞铁死亡的影响
siRNA敲低PRDM1后检测铁死亡相关指标
验证PRDM1敲低对舒尼替尼敏感性的影响
敲低PRDM1后用舒尼替尼处理细胞,检测细胞活力和集落形成
验证PRDM1是否直接靶向并调控ESM1转录
利用荧光素酶报告基因和ChIP实验验证结合,检测ESM1表达变化
验证PRDM1/ESM1轴对PI3K/Akt通路的调控
过表达ESM1后检测PI3K/Akt磷酸化水平,并用LY294002抑制验证
验证ESM1过表达是否通过PI3K/Akt通路逆转PRDM1敲低对铁死亡和舒尼替尼敏感性的影响
在si-PRDM1#2基础上共转染ESM1,并用LY294002处理,检测铁死亡和细胞功能指标
验证PRDM1敲低在体内对肿瘤生长的影响
皮下接种sh-PRDM1或sh-con的ACHN细胞于裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并检测相关蛋白
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Gibco | 11885084 |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256701 | |
| 细胞转染 | si-PRDM1#1/si-PRDM1#2 | GenePharma | A01001 |
| 脂质体2000 | Invitrogen | 11668019 | |
| 细胞处理 | Ferrostatin-1 (Fer-1) | -- | -- |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| 逆转录试剂盒 | ABclonal Technology | RK20400 | |
| Brilliant SYBR Green预混液 | Bio-Rad Laboratories | 172-5120 | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪II | Roche Applied Science | -- | |
| 蛋白提取与Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 封闭液 | Beyotime Biotechnology | P0023B | |
| 抗PRDM1抗体 | Cell Signaling Technology | 9115 | |
| 抗GPX4抗体 | Cell Signaling Technology | 52455 | |
| 抗OCT4抗体 | Cell Signaling Technology | 2750 | |
| 抗SOX2抗体 | Cell Signaling Technology | 2748 | |
| 抗ESM1抗体 | Abcam | AB103590 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | Abcam | ab138364 | |
| 抗PI3K抗体 | Abcam | ab131067 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Abcam | ab38449 | |
| 抗Akt抗体 | Abcam | ab8805 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 增强化学发光试剂 | Pierce | 32106 | |
| 铁死亡指标检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0016 |
| MDA检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0131S | |
| 亚铁离子比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K773-M | |
| ROS检测试剂盒(含CM-H2DCFDA探针) | Beyotime Biotechnology | S0035S | |
| 流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0037 |
| 酶标仪 | BioTek Instruments | -- | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Beyotime Biotechnology | Y268090 |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 染色质免疫沉淀 | Pierce琼脂糖ChIP试剂盒 | Pierce | 26156 |
| 动物实验 | 携带sh-PRDM1或sh-con的慢病毒 | -- | -- |
| 组织学分析 | 抗Ki-67抗体 | Cell Signaling Technology | 34330 |
| DAB底物溶液 | Beyotime Biotechnology | P0202 | |
| 统计分析 | SPSS统计软件17.0版 | SPSS Inc. | -- |
| 细胞处理 | LY294002(PI3K抑制剂) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源(786-O、ACHN、HK-2),培养条件(DMEM+10% FBS,37°C,5% CO2),转染试剂(siRNA浓度未明确,Lipofectamine 2000使用量未明确),转染时间72小时 阅读提示:Methods 2.2 Cell Culture and Transfections |
| 铁死亡检测 | LDH、ROS(CM-H2DCFDA)、Fe2+、MDA检测试剂盒及具体操作步骤未详细说明,Fer-1处理浓度(1μM) 阅读提示:Methods 2.5 Associated Indicators Measurement,Figure 2及Figure S1 |
| 舒尼替尼敏感性试验 | 舒尼替尼浓度系列(文中未明确列出具体浓度),处理时间(24小时),CCK-8检测时间 阅读提示:Figure 3、Figure 7及对应Results部分(3.3、3.7) |
| 靶基因验证 | 荧光素酶质粒构建细节(pGL3-basic,野生型/突变型序列),ChIP实验条件(细胞数量1×10^7,超声循环10次,抗体用量),RT-PCR引物序列 阅读提示:Methods 2.8 Luciferase Reporter Assay, 2.9 ChIP Assay, Figure 4 |
| 机制验证 | PI3K/Akt通路检测抗体(p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt),LY294002处理浓度(10μM)和时间(未明确),ESM1过表达质粒(pcDNA/ESM1)验证其效果 阅读提示:Methods 2.2、2.4,Figure 5、6、7 |
| 动物实验 | 裸鼠品系(BALB/c nu/nu,6周龄雌性),细胞接种量(3×10^6),每组动物数(n=5),肿瘤测量间隔(每7天),实验终点(5周),肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods 2.10 Animal Experiments, Figure 8 |
| 组织学分析 | 切片厚度(5μm),H&E染色步骤,IHC详细条件和抗体浓度(Ki-67、二抗)未明确,DAB显色时间 阅读提示:Methods 2.11 Histopathology Analysis Methods, Figure 8 |