TSP分层与临床关联分析
评估TSP高低与NSCLC患者预后及免疫治疗反应的关系。
利用TCGA-NSCLC队列的H&E染色切片,由1名临床医生和1名病理学家以50%为截断值将患者分为TSP高和低组,并进行生存分析和多因素Cox回归。
Tumor-stroma contributes to immunotherapeutic resistance in non-small cell lung cancer via SEMA3C-mediated immunosuppressive tumor microenvironment.
包含TCGA及免疫治疗队列的转录组和单细胞分析,并结合CAFs及肿瘤细胞共培养、T细胞功能检测(增殖、凋亡、PD-1)和体内Lewis肺癌模型的干预实验,涵盖多层级验证。
非小细胞肺癌患者组织样本(TCGA-NSCLC队列) 原代肺癌相关成纤维细胞(CAFs) NSCLC细胞系(A549、NCI-H1299) Lewis肺癌小鼠模型
TSP评估使用H&E染色,以50%作为截断值区分高/低TSP SEMA3C敲低使用siRNA-2,通过Western blot验证敲低效率 肿瘤细胞迁移/侵袭实验使用8-μm孔径Transwell,共培养24小时 T细胞与CAFs共培养比例为5:1,持续48小时,检测PD-1、IFN-γ等 动物实验:Lewis细胞(1×10⁷)皮下注射,SEMA3C靶向siRNA(200 μg)腹腔注射,每周三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TSP高低与NSCLC患者预后及免疫治疗反应的关系。
利用TCGA-NSCLC队列的H&E染色切片,由1名临床医生和1名病理学家以50%为截断值将患者分为TSP高和低组,并进行生存分析和多因素Cox回归。
识别TSP相关的分子特征,并验证其与基质和免疫抑制的相关性。
整合TCGA-NSCLC的转录组、scRNA-seq(GSE131907、GSE153935)和CCLE数据,通过差异表达、生存分析和成纤维细胞特异性筛选,鉴定出7个TSP特征基因,并构建TSP评分。
验证SEMA3C在CAFs活化、肿瘤细胞侵袭迁移和T细胞功能中的作用。
使用siRNA敲低CAFs中的SEMA3C,检测CAFs迁移和COL1A1表达;将肿瘤细胞与对照或SEMA3C敲低CAFs共培养,评估迁移和侵袭;将T细胞与CAFs共培养,检测增殖、凋亡、PD-1、NRP1和IFN-γ。
评估靶向SEMA3C对肿瘤生长和T细胞功能的影响。
在Lewis肺癌小鼠模型中,通过腹腔注射SEMA3C靶向siRNA,监测肿瘤生长,并检测外周血中PD-1、IFN-γ和GZMB的水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| mIHC | Think color染色试剂盒 | FreeThinking | FH34020R |
| 抗SEMA3C抗体 | Abclonal | A15386 | |
| 抗CD8抗体 | CST | 85336 | |
| 抗COL1A1抗体 | CST | 72026 | |
| 细胞培养 | 原代细胞培养基 | Yuchi | CX0013 |
| Jurkat细胞系 | The Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | SCSP-513 | |
| A549细胞系 | KeyGEN | KGG3215-1 | |
| NCI-H1299细胞系 | KeyGEN | KGG3216-1 | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| F12K培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Transwell实验 | 8微米孔径Transwell小室 | Corning | -- |
| T细胞激活 | ImmunoCult人CD3/CD28 T细胞激活剂 | STEMCELL Technologies | 10971 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGEN | KGA1102 |
| ELISA | 人SEMA3C ELISA试剂盒 | ELK Biotechnology | ELK6161 |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0108 | |
| 小鼠PD-1 ELISA试剂盒 | MultiSciences (LIANKE) Biotech | EK2271 | |
| 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | MultiSciences (LIANKE) Biotech | EK280 | |
| 小鼠GZMB ELISA试剂盒 | MultiSciences (LIANKE) Biotech | EK2173 | |
| Western blot | 抗SEMA3C抗体 | Afantibody | AF03399 |
| 抗COL1A1抗体 | Abclonal | A24112 | |
| 抗GAPDH抗体 | ProteinTech | 60004-1-Ig | |
| mIHC分析 | HALO软件 | Indica Labs | -- |
| 动物实验 | C57BL/6小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
| SEMA3C敲低 | 靶向SEMA3C的siRNA | KeyGEN | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TSP评估 | H&E染色切片评估人员(1名临床医生和1名病理学家),TSP截断值50%,排除坏死、黏液、空泡和大的炎症区域 阅读提示:方法部分“Tumor-stroma proportion”及图2图注 |
| CAFs分离培养 | 原代CAFs来源于可切除的II-III期NSCLC组织,使用原代细胞培养基(Yuchi,CX0013),获得患者书面知情同意及伦理批准 阅读提示:方法部分“Cell lines and cell culture” |
| SEMA3C敲低 | siRNA-2序列(文中未提供具体序列)、转染条件(方法未详述)、敲低效率验证(Western blot) 阅读提示:方法部分“Cell lines and cell culture”及图5H |
| 共培养实验 | 肿瘤细胞迁移/侵袭实验:肿瘤细胞5×10⁴/chamber,CAFs种植于下室,DMEM含10% FBS,共培养24小时;T细胞共培养:效应:靶=5:1,时间48小时 阅读提示:方法部分“In vitro assays for cellular functions”及图6E、图8A |
| 动物实验 | C57BL/6小鼠(5-6周龄),Lewis细胞1×10⁷皮下注射,肿瘤体积约100 mm³时分组(每组5只),SEMA3C-siRNA 200 μg腹腔注射,每周三次 阅读提示:方法部分“Animal models”及图9A |