表达模式分析
评估AMIGO家族在PAAD组织中的表达差异。
使用ONCOMINE和GEPIA2数据库比较PAAD与正常胰腺组织中AMIGO1/2/3的mRNA表达水平。
AMIGO2 as a Novel Biomarker Predicting Poor Prognosis and Associated with Adhesion-Driven Metastasis in Pancreatic Adenocarcinoma.
研究包含多队列转录组/蛋白质组分析、体外细胞功能实验(shRNA敲低、划痕、Transwell)及蛋白质表达验证。
MiaPaCa-2细胞系 PAAD患者组织样本
AMIGO2表达水平:ONCOMINE和GEPIA2数据库分析 预后关联:Kaplan-Meier Plotter生存分析 基因改变:cBioPortal分析 体外功能验证:shRNA敲低、划痕实验、Transwell侵袭实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AMIGO家族在PAAD组织中的表达差异。
使用ONCOMINE和GEPIA2数据库比较PAAD与正常胰腺组织中AMIGO1/2/3的mRNA表达水平。
评估AMIGO2表达与PAAD患者生存预后的关系。
使用Kaplan-Meier Plotter分析PAAD患者的总生存期和无复发生存期。
分析AMIGO家族基因的遗传改变和相互作用网络。
使用cBioPortal分析TCGA PanCancer Atlas数据集(168例PAAD)中AMIGO1/2/3的遗传改变;使用GeneMANIA和STRING构建基因和蛋白互作网络。
探索AMIGO2相关基因的功能和信号通路。
使用DAVID进行GO和KEGG富集分析,使用VENNY寻找共表达基因。
验证AMIGO2蛋白表达及其与EMT和免疫浸润的相关性。
使用人类蛋白质图谱的IHC图像比较PAAD和正常组织中AMIGO2蛋白表达;进行TCGA-PAAD中AMIGO2与EMT转录因子及免疫浸润的相关性分析。
验证AMIGO2对胰腺癌细胞迁移和侵袭的影响。
通过shRNA敲低MiaPaCa-2细胞中AMIGO2表达,进行Western blot、划痕实验和Transwell侵袭实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | Gibco | -- | |
| 链霉素 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo | -- | |
| shRNA敲低 | AMIGO2 shRNA质粒 | RNAi Core Facility at Academia Sinica | -- |
| Western blot | AMIGO2抗体 | Elabscience | E-AB-10790 |
| E-钙粘蛋白抗体 | BD Biosciences | R55-180 | |
| 波形蛋白抗体 | Elabscience | E-AB-22085 | |
| α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T6199 | |
| 抗兔IgG二抗 | GeneTex | -- | |
| 抗鼠IgG二抗 | GeneTex | -- | |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| Transwell小室 | Corning | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:MiaPaCa-2;培养基:DMEM高糖;血清:10% FBS;抗生素:100 U/mL青霉素、100 µg/mL链霉素;补充:2 mM L-谷氨酰胺;培养条件:37°C、5% CO2。 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture conditions |
| shRNA敲低 | shRNA序列靶向AMIGO2,来自RNAi Core Facility;感染时间:72小时。 阅读提示:Materials and Methods: shRNA knockdown and antibodies |
| 划痕实验 | 细胞密度:90-100%汇合;划痕工具:200 µL移液器吸头;无血清培养基;观察时间:0、24、48小时。 阅读提示:Materials and Methods: Wound healing assay |
| Transwell侵袭实验 | 细胞数:2×10^4;小室孔径:8 µm;基质胶包被;下室:含10% FBS的DMEM;孵育时间:24小时;固定:4% PFA 15分钟;染色:0.1%结晶紫20分钟。 阅读提示:Materials and Methods: Transwell assay |
| 统计 | 重复次数:三次;数据表示:均值±标准差;统计方法:双尾Student t检验或单因素方差分析(Tukey事后检验);显著性阈值:p<0.05。 阅读提示:Materials and Methods: Statistics |