数据收集和差异基因分析
识别宫颈癌中差异表达的基因
从TCGA和GEO获取基因表达数据,使用limma包分析差异表达基因,并与铁死亡相关基因取交集。
Discovering the abnormalities and functional importance of ferroptosis-related molecules in cervical cancer.
包含生物信息学分析、IHC染色、细胞功能实验和共培养实验,但缺乏体内动物实验和部分机制验证。
SiHa细胞 CaSki细胞 TCGA-CESC数据集 组织芯片(122例宫颈癌组织)
GCH1和H1.2在TCGA-CESC和GEO数据集(GSE63514、GSE7410、GSE7803)中的差异表达 SiHa细胞中siRNA敲低GCH1的效率(si-GCH1-555) 细胞周期、凋亡、迁移、侵袭和CCK-8增殖检测的条件 IHC染色中GCH1(1:1200)和H1.2(1:2000)抗体浓度 THP-1细胞共培养中PMA浓度(50 ng/ml)和处理时间(48小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别宫颈癌中差异表达的基因
从TCGA和GEO获取基因表达数据,使用limma包分析差异表达基因,并与铁死亡相关基因取交集。
筛选与预后相关的铁死亡关键基因
使用随机生存森林和LASSO回归分析筛选候选基因,并通过生存分析和外部数据集验证。
分析关键基因与肿瘤微环境及通路的关系
使用CIBERSORT评估免疫细胞浸润,GSVA和GSEA分析信号通路,药物敏感性分析评估化疗反应。
验证GCH1和H1.2在宫颈癌组织中的蛋白表达及其与预后和免疫细胞空间分布的关系
对组织芯片进行IHC染色评估蛋白表达,通过多重免疫荧光分析免疫细胞比例和空间距离。
验证GCH1对宫颈癌细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响
在SiHa和CaSki细胞中敲低GCH1,检测细胞周期、凋亡、迁移、侵袭和增殖。
研究GCH1对巨噬细胞极化的影响
收集GCH1敲低SiHa细胞的条件培养基与THP-1来源的M0巨噬细胞共培养,检测M1/M2标志物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | SPARKeasy RNA快速提取试剂盒 | Sparkjade | AC0205-B |
| 实时PCR | SYBR Green qPCR试剂盒 | Toyobo | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Merck | ISEQ00010 |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Merck | -- | |
| Transwell | 细胞培养小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| CCK-8 | CCK-8试剂盒 | Zhongshan Golden Bridge | -- |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | BD | 550825 |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 巨噬细胞分化 | 佛波酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| IHC | 抗H1.2抗体 | Abcam | AB4086 |
| 抗GCH1抗体 | Proteintech | 28501-1-AP | |
| 多重免疫荧光 | Opal五色免疫荧光试剂盒 | Servicebio | -- |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab237709 | |
| 抗GCH1抗体 | Proteintech | 28501-1-AP | |
| 抗CD11c抗体 | CST | 45581T | |
| 抗CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| 抗山羊二抗 | Servicebio | GB23204 | |
| Western blot | 抗磷酸化PI3K抗体 | Cell Signaling Technology | #4228T |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #4060S | |
| 抗磷酸化mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | #2971S | |
| 抗GCH1抗体 | Proteintech | 28501-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | ABclonal | #AC026 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集和差异基因分析 | TCGA-CESC数据集样本数量(306肿瘤,3正常)及GEO数据集样本组成,差异表达分析的阈值(|logFC|>0.585,p<0.05) 阅读提示:Materials and Methods 2.1和2.3 |
| 关键基因鉴定 | 随机生存森林和LASSO回归的参数设置及筛选标准 阅读提示:Materials and Methods 2.5 |
| 免疫浸润分析 | CIBERSORT算法参数和免疫细胞类型 阅读提示:Materials and Methods 2.6 |
| IHC验证 | 抗体浓度(GCH1 1:1200,H1.2 1:2000)、TMA样本数量(122例)及评分方法 阅读提示:Materials and Methods 2.11 |
| 细胞功能实验 | 细胞系(SiHa、CaSki)、siRNA序列、转染条件、迁移和侵袭细胞数量及时间 阅读提示:Materials and Methods 2.13, 2.14, 2.17 |
| 巨噬细胞共培养 | PMA浓度(50 ng/ml)和处理时间(48h)、共培养时间(48h)、检测标志物 阅读提示:Materials and Methods 2.20 |