生物信息学筛选BHLHE22
筛选TNBC中的潜在标志物并关注转录因子。
分析GSE45827和GSE113865数据集,通过WGCNA、Venn图、差异表达分析,结合AnimalTFDB数据库筛选出BHLHE22。
BHLHE22, targeted by deubiquitinating enzyme OTUD3, exerts an antitumor role in triple-negative breast cancer progression via transcriptionally inhibiting CDT1.
包含体外细胞功能实验(MTT、EdU、克隆形成、凋亡)、体内异种移植瘤模型、Co-IP及泛素化实验、mRNA-seq和双荧光素酶报告基因等验证。
MDA-MB-231和MDA-MB-157三阴性乳腺癌细胞系 293T细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 51例TNBC患者石蜡组织样本
BHLHE22过表达/敲低的诱导使用doxycycline(1 μg/mL体外,1 mg/mL饮水体内) 细胞系来源:MDA-MB-231和MDA-MB-157购自iCell 异种移植:5×10^6 MDA-MB-157细胞皮下注射至6周龄BALB/c裸鼠 OTUD3 C76突变(C到A)消除催化活性 BHLHE22 K179突变(K到A)降低其泛素化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选TNBC中的潜在标志物并关注转录因子。
分析GSE45827和GSE113865数据集,通过WGCNA、Venn图、差异表达分析,结合AnimalTFDB数据库筛选出BHLHE22。
明确BHLHE22在TNBC中的表达及其与预后的关系。
利用UALCAN、GSCA等数据库分析BHLHE22表达,并收集51例TNBC组织样本进行临床相关性分析。
验证BHLHE22对TNBC细胞生长、凋亡的影响。
在MDA-MB-231和MDA-MB-157细胞中诱导BHLHE22过表达或敲低,进行MTT、EdU、克隆形成、凋亡检测。
验证BHLHE22在体内对肿瘤生长的影响。
将BHLHE22过表达或敲低的MDA-MB-157细胞皮下注射至裸鼠,通过饮水给予dox诱导,观察肿瘤生长。
验证OTUD3是否通过去泛素化调控BHLHE22蛋白稳定性。
通过Co-IP、泛素化实验、CHX实验和位点突变实验(C76、K179)验证OTUD3的去泛素化作用。
鉴定BHLHE22调控的下游基因。
利用mRNA-seq分析BHLHE22过表达细胞中的差异表达基因,并结合GSE45827数据联合分析,筛选出CDT1。
证实BHLHE22通过转录抑制CDT1。
通过RT-qPCR验证BHLHE22对CDT1 RNA的影响,通过双荧光素酶报告实验验证BHLHE22结合CDT1启动子区域。
验证CDT1是否介导BHLHE22对细胞生长的抑制作用。
在BHLHE22过表达细胞中过表达CDT1,检测细胞活力、EdU和凋亡变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | L15培养基 | Solarbio | LA9510 |
| DMEM培养基 | Servicebio | G4511 | |
| RNA提取 | TRIpure裂解液 | BioTeke | RP1001 |
| RT-qPCR | All-in-One第一链cDNA合成预混液 | Magen | MD80101 |
| 2×Taq PCR预混液 | Solarbio | PC1150 | |
| SYBR Green荧光染料 | Solarbio | SR4110 | |
| MTT实验 | MTT溶液 | KeyGEN | KGA9301 |
| 二甲基亚砜 | KeyGEN | KGH2110 | |
| EdU检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A370 |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Amresco | 0528 |
| 凋亡检测 | 细胞凋亡检测试剂盒 | KeyGEN | KGA1102 |
| Caspase-3活性检测试剂盒 | Beyotime | C1116 | |
| Caspase-9活性检测试剂盒 | Beyotime | C1158 | |
| 免疫组化 | 抗BHLHE22抗体 | Proteintech | 25622-1-AP |
| 抗Ki67抗体 | Affinity | AF0198 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Sangon | D110087 | |
| 山羊抗兔二抗 | Sangon | D110058 | |
| 泛素化实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告系统 | KeyGEN | KGE3302 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系与培养 | MDA-MB-231、MDA-MB-157和293T细胞系来源;培养基配方(L15、DMEM、10%FBS);培养条件(37℃、5% CO2) 阅读提示:Methods 细胞培养部分 |
| BHLHE22过表达/敲低诱导 | doxycycline浓度(体外1 μg/mL,体内饮水1 mg/mL);诱导时间(48小时) 阅读提示:Methods 慢病毒载体感染部分及Figure 4图注 |
| 体外功能实验 | MTT接种密度(4×10^3/孔);EdU接种密度(2×10^5/孔);克隆形成接种密度(300细胞/皿);检测时间点 阅读提示:Methods MTT实验、EdU检测、克隆形成实验部分 |
| 体内异种移植实验 | 细胞注射量(5×10^6);鼠龄(6周);鼠种(BALB/c裸鼠);dox饮水浓度;肿瘤体积测量时间间隔 阅读提示:Methods 肿瘤异种移植实验部分 |
| OTUD3调控实验 | Co-IP抗体信息;CHX浓度(10 μg/mL);MG132浓度(10 μM);C76突变和K179突变构建 阅读提示:Methods 蛋白印迹、Co-IP和泛素化分析部分;Figure 6图注 |
| 双荧光素酶报告实验 | CDT1启动子构建片段;结合位点突变序列;转染后检测时间(48小时) 阅读提示:Methods 双荧光素酶报告基因实验部分;Figure 9图注 |