BHLHE22,受去泛素化酶OTUD3调控,通过转录抑制CDT1在三阴性乳腺癌进展中发挥抗肿瘤作用

BHLHE22, targeted by deubiquitinating enzyme OTUD3, exerts an antitumor role in triple-negative breast cancer progression via transcriptionally inhibiting CDT1.

作者信息Lei Jiang, Junnan Xu, Cui Jiang, Yufeng Jia, Ye Zhang, Tao Sun
PMID41484895
发布时间2026-01
DOI10.1186/s13058-025-02198-0

实验完整度

包含体外细胞功能实验(MTT、EdU、克隆形成、凋亡)、体内异种移植瘤模型、Co-IP及泛素化实验、mRNA-seq和双荧光素酶报告基因等验证。

主要模型

MDA-MB-231和MDA-MB-157三阴性乳腺癌细胞系 293T细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 51例TNBC患者石蜡组织样本

重点核对

BHLHE22过表达/敲低的诱导使用doxycycline(1 μg/mL体外,1 mg/mL饮水体内) 细胞系来源:MDA-MB-231和MDA-MB-157购自iCell 异种移植:5×10^6 MDA-MB-157细胞皮下注射至6周龄BALB/c裸鼠 OTUD3 C76突变(C到A)消除催化活性 BHLHE22 K179突变(K到A)降低其泛素化

摘要

背景:碱性螺旋-环-螺旋转录因子家族成员e22(BHLHE22)在不同类型的癌症中功能各异。目前,其在三阴性乳腺癌(TNBC)中的作用尚不清楚。方法:使用GSE45827和GSE113865数据集筛选潜在的TNBC标志物。利用生物学网站分析BHLHE22在TNBC中的表达、与TNBC患者预后的关系及其潜在功能。进行了一系列体外和体内实验研究BHLHE22在TNBC中的作用。通过免疫共沉淀、泛素化实验和位点特异性突变实验验证了OTU结构域蛋白3(OTUD3)与BHLHE22的调控关系。通过mRNA-seq分析鉴定BHLHE22抗癌作用的潜在基因。通过双荧光素酶报告基因实验证实BHLHE22对DNA复制因子1(CDT1)的转录调控。结果:基于GSE45827和GSE113865数据集,我们确定了BHLHE22在TNBC组织中的下调。TNBC患者中BHLHE22的表达低于非TNBC患者,且3期和4期患者的BHLHE22表达往往低于1期和2期患者。BHLHE22高表达的患者比低表达的患者具有更好的生存预后。功能研究表明,BHLHE22过表达在体外和体内均损害细胞生长。然而,BHLHE22沉默增强了癌细胞的恶性行为。OTUD3是一种已知抑制TNBC进展的去泛素化酶,通过去泛素化调控增加BHLHE22蛋白的稳定性。OTUD3的C76位点突变消除了OTUD3的催化活性,并无法调控BHLHE22的蛋白稳定性。此外,BHLHE22介导了OTUD3在TNBC中的抗肿瘤作用。mRNA-seq分析鉴定了BHLHE22抗癌作用的潜在基因,包括CDT1。BHLHE22被证明通过阻断CDT1转录来降低CDT1 RNA表达。CDT1的过表达逆转了BHLHE22过表达的抗增殖作用。结论:我们的观察表明,BHLHE22可能是TNBC治疗的一个有前景的靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
BHLHE22在TNBC中的功能及其调控机制是什么?
核心机制
OTUD3通过去泛素化增强BHLHE22蛋白稳定性,BHLHE22作为转录因子转录抑制CDT1,从而抑制TNBC细胞增殖并促进凋亡。
主要证据
基于GEO数据集发现BHLHE22在TNBC中低表达;体外MTT、EdU、克隆形成和凋亡实验证实BHLHE22抑制细胞生长;体内异种移植实验证实BHLHE22抑制肿瘤生长;Co-IP和泛素化实验证实OTUD3去泛素化BHLHE22;双荧光素酶实验证实BHLHE22转录抑制CDT1;挽救实验证实CDT1过表达逆转BHLHE22的作用。
研究意义
BHLHE22可能作为TNBC治疗的潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学筛选BHLHE22

筛选TNBC中的潜在标志物并关注转录因子。

分析GSE45827和GSE113865数据集,通过WGCNA、Venn图、差异表达分析,结合AnimalTFDB数据库筛选出BHLHE22。

2

BHLHE22表达与预后分析

明确BHLHE22在TNBC中的表达及其与预后的关系。

利用UALCAN、GSCA等数据库分析BHLHE22表达,并收集51例TNBC组织样本进行临床相关性分析。

3

体外功能实验

验证BHLHE22对TNBC细胞生长、凋亡的影响。

在MDA-MB-231和MDA-MB-157细胞中诱导BHLHE22过表达或敲低,进行MTT、EdU、克隆形成、凋亡检测。

4

体内异种移植实验

验证BHLHE22在体内对肿瘤生长的影响。

将BHLHE22过表达或敲低的MDA-MB-157细胞皮下注射至裸鼠,通过饮水给予dox诱导,观察肿瘤生长。

5

验证OTUD3对BHLHE22的调控

验证OTUD3是否通过去泛素化调控BHLHE22蛋白稳定性。

通过Co-IP、泛素化实验、CHX实验和位点突变实验(C76、K179)验证OTUD3的去泛素化作用。

6

mRNA-seq分析下游靶基因

鉴定BHLHE22调控的下游基因。

利用mRNA-seq分析BHLHE22过表达细胞中的差异表达基因,并结合GSE45827数据联合分析,筛选出CDT1。

7

验证BHLHE22转录抑制CDT1

证实BHLHE22通过转录抑制CDT1。

通过RT-qPCR验证BHLHE22对CDT1 RNA的影响,通过双荧光素酶报告实验验证BHLHE22结合CDT1启动子区域。

8

验证CDT1介导BHLHE22的功能

验证CDT1是否介导BHLHE22对细胞生长的抑制作用。

在BHLHE22过表达细胞中过表达CDT1,检测细胞活力、EdU和凋亡变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
L15培养基SolarbioLA9510
DMEM培养基ServicebioG4511
TRIpure裂解液BioTekeRP1001
All-in-One第一链cDNA合成预混液MagenMD80101
2×Taq PCR预混液SolarbioPC1150
SYBR Green荧光染料SolarbioSR4110
MTT溶液KeyGENKGA9301
二甲基亚砜KeyGENKGH2110
EdU细胞增殖检测试剂盒ElabscienceE-CK-A370
结晶紫Amresco0528
细胞凋亡检测试剂盒KeyGENKGA1102
Caspase-3活性检测试剂盒BeyotimeC1116
Caspase-9活性检测试剂盒BeyotimeC1158
抗BHLHE22抗体Proteintech25622-1-AP
抗Ki67抗体AffinityAF0198
山羊抗小鼠二抗SangonD110087
山羊抗兔二抗SangonD110058
MG132蛋白酶体抑制剂----
双荧光素酶报告系统KeyGENKGE3302

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞系与培养
MDA-MB-231、MDA-MB-157和293T细胞系来源;培养基配方(L15、DMEM、10%FBS);培养条件(37℃、5% CO2)
阅读提示:Methods 细胞培养部分
BHLHE22过表达/敲低诱导
doxycycline浓度(体外1 μg/mL,体内饮水1 mg/mL);诱导时间(48小时)
阅读提示:Methods 慢病毒载体感染部分及Figure 4图注
体外功能实验
MTT接种密度(4×10^3/孔);EdU接种密度(2×10^5/孔);克隆形成接种密度(300细胞/皿);检测时间点
阅读提示:Methods MTT实验、EdU检测、克隆形成实验部分
体内异种移植实验
细胞注射量(5×10^6);鼠龄(6周);鼠种(BALB/c裸鼠);dox饮水浓度;肿瘤体积测量时间间隔
阅读提示:Methods 肿瘤异种移植实验部分
OTUD3调控实验
Co-IP抗体信息;CHX浓度(10 μg/mL);MG132浓度(10 μM);C76突变和K179突变构建
阅读提示:Methods 蛋白印迹、Co-IP和泛素化分析部分;Figure 6图注
双荧光素酶报告实验
CDT1启动子构建片段;结合位点突变序列;转染后检测时间(48小时)
阅读提示:Methods 双荧光素酶报告基因实验部分;Figure 9图注