临床样本和生信分析
探究DPP4在AS中的作用及与铁死亡的关联
分析GSE43292数据集中DPP4表达,测量不同冠脉狭窄程度患者血浆sDPP4水平,检测人主动脉斑块中DPP4表达。
DPP4-regulated endothelial cell ferroptosis modulates atherosclerosis progression by ferritinophagy
结合临床样本分析、DPP4基因敲除小鼠模型、内皮特异性敲低模型、体外细胞实验及蛋白质组学,包含功能验证和机制验证。
人脐静脉内皮细胞(HUVECs) ApoE−/−小鼠 DPP4−/−ApoE−/−小鼠 LDLR−/−小鼠
ox-LDL浓度150 μg/ml处理HUVECs 24 h或48 h 沙格列汀浓度5 μM处理HUVECs DPP4基因敲除小鼠(DKO)与ApoE−/−小鼠高脂饮食16周 内皮特异性DPP4敲低(AAV-shDPP4)小鼠模型 CQ(10 μM)和BafA1(100 nM)处理HUVECs
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究DPP4在AS中的作用及与铁死亡的关联
分析GSE43292数据集中DPP4表达,测量不同冠脉狭窄程度患者血浆sDPP4水平,检测人主动脉斑块中DPP4表达。
评估DPP4基因缺失对AS进展的影响
构建DPP4−/−ApoE−/−(DKO)小鼠,高脂饮食或正常饮食16周,检测体重、血糖、血脂,并分析主动脉斑块面积、坏死核心、胶原含量。
验证内皮细胞来源的DPP4在AS中的因果作用
通过尾静脉注射AAV-shDPP4或AAV-NC至ApoE−/−和LDLR−/−小鼠,高脂饮食12周,分析斑块面积和内皮功能。
研究DPP4调控内皮功能和铁死亡的分子机制
用ox-LDL处理HUVECs,检测DPP4表达、细胞活力、内皮功能标志物(ICAM-1、VCAM-1、eNOS)及铁死亡相关指标(脂质ROS、MDA、GSH、SLC7A11、GPX4、FTH1),并采用DPP4抑制剂沙格列汀或DPP4敲低进行干预。
鉴定DPP4调控的AS相关铁死亡和自噬通路
对AKO HFD和DKO HFD小鼠主动脉组织进行DirectDIA LC-MS/MS蛋白质组学分析,筛选差异表达蛋白并进行通路富集分析。
验证DPP4通过NCOA4介导的铁蛋白自噬调控FTH1降解
使用CHX chase实验检测FTH1半衰期,用TEM观察自噬体,用mCherry-GFP-LC3检测自噬通量,并采用CQ或BafA1抑制自噬,验证DPP4对FTH1和NCOA4的调控。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | ECM培养基 | ScienCell Research Laboratories | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | P9620 | |
| 动物实验 | AAV9-hICAM2-ZsGreen-mDPP4-1 | Huameng Biotechnology | -- |
| 血脂检测 | 总胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering | A111-1-1 |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering | A110-1-1 | |
| 高密度脂蛋白胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering | A112-1-1 | |
| 低密度脂蛋白胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering | A113-1-1 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | DOJINDO Laboratories | CK04 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂 | MCE | HY-K0010 | |
| 膜蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0033 | |
| 蛋白质定量 | BCA检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A045-4-2 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL底物 | biosharp | BL520A | |
| RNA提取 | HiPure总RNA提取试剂盒 | Magen | R4111-03 |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Biosharp | BL699A |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | T8200 |
| DAPI | Maokang Biotechnology | MM1402 | |
| Dylight 549标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Abbkine | A223310 | |
| Dylight 488标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Abbkine | A23220 | |
| 蛋白质组学 | 纳升超高效液相色谱 | Bruker | nanoElute2 |
| timsTOF Pro2质谱仪 | Bruker | -- | |
| 反相色谱柱 | Bruker | PePSep | |
| 铁死亡标志物检测 | 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A006-2-1 |
| 谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-4-1 | |
| C11 BODIPY 581/591荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | D3861 | |
| 脂质过氧化物比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K176-M | |
| ELISA | 小鼠胰岛素ELISA试剂盒 | Keshun science and technology | KS11459 |
| 小鼠C肽ELISA试剂盒 | Keshun science and technology | KS10122 | |
| 人sDPP4 ELISA试剂盒 | Keshun science and technology | KS14178 | |
| 小鼠sDPP4 ELISA试剂盒 | Keshun science and technology | KS11010 | |
| 小鼠ICAM-1 ELISA试剂盒 | Keshun science and technology | KS11549 | |
| 药物处理 | Erastin | MCE | HY-15763 |
| Ferrostatin-1 | MCE | HY-100579 | |
| 沙格列汀 | MCE | HY-10285 | |
| 巴弗洛霉素A1 | MCE | HY-100558 | |
| 氯喹 | MCE | HY-100579 | |
| 细胞处理 | 氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotech | YB-002 |
| 抗体 | β-肌动蛋白抗体 | Servicebio | GB15003-100 |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| SLC7A11抗体 | Cell Signaling Technology | 12691 | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| FTH1抗体 | Cell Signaling Technology | 4393 | |
| ICAM-1抗体 | ABclonal | A5597 | |
| VCAM-1抗体 | ABclonal | A23692 | |
| eNOS抗体 | ABclonal | A20985 | |
| DPP4抗体 | Abcam | ab215711 | |
| DPP4抗体 | Proteintech | 68383-1-Ig | |
| CD31抗体 | Proteintech | 66065-2-Ig | |
| NCOA4抗体 | Affinity | DF4255 | |
| ATP1A1抗体 | Proteintech | 68735-2-Ig | |
| 电镜 | JEM-1400Plus透射电镜 | JEOL | -- |
| 显微镜 | Leica共聚焦激光扫描显微镜 | Leica | -- |
| Leica显微镜 | Leica | -- | |
| 超薄切片 | Leica超薄切片机 | Leica | -- |
| 分光光度计 | NANO 2000紫外分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、饮食类型及喂养时长;DPP4−/−ApoE−/−小鼠的构建方法;AAV-shDPP4的注射剂量和途径。 阅读提示:参见Methods 2.4 Animal models |
| 细胞培养和处理 | HUVECs来源和培养条件;ox-LDL浓度(150 μg/ml)和处理时间(24或48 h);DPP4抑制剂(沙格列汀5 μM)、Erastin(5 μM)、Fer-1(5 μM)、CQ(10 μM)、BafA1(100 nM)的处理方案。 阅读提示:参见Methods 2.7 Cell culture and transfection, 2.8 Cell viability assay, 以及Figure legends |
| 铁死亡检测 | 脂质ROS检测方法(C11 BODIPY探针和流式);MDA和GSH检测试剂盒及操作步骤;TEM观察线粒体形态的样品制备和观察条件。 阅读提示:参见Methods 2.13 Ferroptosis markers assays 和 2.14 Transmission electron microscopy (TEM) assays |
| 机制研究 | CHX chase实验浓度(10 μg/ml)和时间点;自噬通量检测使用mCherry-GFP-LC3慢病毒及BafA1处理;NCOA4和FTH1蛋白检测条件。 阅读提示:参见Methods 2.15 Autophagic flux detection 和 Figure legends |
| 蛋白质组学 | 主动脉组织样本制备、LC-MS/MS参数、差异表达蛋白筛选阈值(FC>1.5或<0.667,p<0.05)、通路富集数据库。 阅读提示:参见Methods 2.12 DirectDIA LC-MS/MS proteomics and data analysis |