临床样本和数据库分析
评估ITGB7在PDAC中的表达及其与ICIs治疗反应和预后的关联。
对44例接受PD-1抗体治疗的PDAC患者肿瘤组织进行IHC染色,分析ITGB7表达与临床特征、治疗反应及生存期关系;利用TCGA和GTEx数据库比较肿瘤与正常组织中ITGB7表达,并分析其与预后的关联。
ITGB7 Remodels Inflammation and Immune Microenvironment and Enhances Checkpoint Inhibitor-Based Immunotherapy in Pancreatic Cancer.
结合临床队列、TCGA数据、TMT/PRM蛋白质组学、体外共培养及体内分析,包含功能验证和机制验证。
PANC-1细胞系 BxPC-3细胞系 CD14+单核细胞来源的巨噬细胞 PDAC患者临床队列
ITGB7在PDAC组织中高表达(IHC验证) ITGB7高表达与ICIs治疗反应性和预后相关(临床队列和TCGA) ITGB7过表达促进M2巨噬细胞极化(体外共培养) ITGB7与免疫检查点分子、炎症因子表达正相关(TCGA分析) ITGB7过表达增强化疗药物敏感性(CCK-8实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ITGB7在PDAC中的表达及其与ICIs治疗反应和预后的关联。
对44例接受PD-1抗体治疗的PDAC患者肿瘤组织进行IHC染色,分析ITGB7表达与临床特征、治疗反应及生存期关系;利用TCGA和GTEx数据库比较肿瘤与正常组织中ITGB7表达,并分析其与预后的关联。
鉴定ITGB7过表达后胰腺癌细胞中差异表达蛋白及其参与的生物学过程。
对ITGB7过表达和对照PANC-1细胞进行TMT标记定量蛋白质组学分析,并通过PRM验证差异蛋白,进行GO、KEGG、结构域和亚细胞定位分析。
探究ITGB7对巨噬细胞极化的影响。
从健康供体外周血中分离CD14+单核细胞,使用ITGB7过表达或对照PANC-1及BxPC-3细胞的条件培养基培养,通过免疫荧光检测CD206和iNOS表达,RT-PCR检测M1/M2相关基因表达,并在临床样本中检测巨噬细胞浸润。
分析ITGB7表达相关的信号通路和免疫细胞浸润。
利用TCGA数据通过GSEA和GSVA分析ITGB7相关通路,计算免疫细胞浸润水平,并分析ITGB7与免疫调节分子的相关性;在临床样本中检测IFN-γ表达。
评估ITGB7表达与化疗药物敏感性的关系。
利用GDSC数据库预测高、低ITGB7表达组对药物的敏感性,并在ITGB7过表达和对照PANC-1细胞中用CCK-8法测定多种药物的IC50。
探索ITGB7相关的转录后调控网络和蛋白相互作用网络。
基于TCGA数据识别差异表达mRNA、lncRNA和miRNA,构建ceRNA网络;基于GSEA结果构建ITGB7中心PPI网络,并分析关键基因与免疫浸润的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗ITGB7抗体 | Novus | -- |
| 细胞培养 | G418 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| TMT分析 | TMT试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Agilent 1260 infinity II高效液相色谱系统 | Agilent | -- | |
| Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 巨噬细胞分离 | MACS细胞分选 | Miltenyi Biotec GmbH | -- |
| 免疫荧光 | 抗iNOS抗体 | Proteintech | 18985-1-AP |
| 抗CD206抗体 | abcam | ab64693 | |
| Alexa Fluor 488标记的抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | 4412 | |
| HRP标记的二抗 | Zhongshanjinqiao | PV-6001 | |
| Cy5酪胺 | AAT | 11066 | |
| 激光共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM880 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript™ RT预混液 | Takara | -- | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Elabscience | -- |
| 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者入组标准:病理诊断PDAC,完成至少3周期PD-1抗体治疗,至少一次肿瘤评估;44例患者,中位年龄59岁;分为高、低ITGB7表达组。 阅读提示:见Methods部分Clinical Samples |
| 免疫组化 | ITGB7抗体(Novus)使用浓度?文中未明确说明;抗原修复条件?阴性对照设置;染色评分标准。 阅读提示:见Methods部分Immunohistochemistry |
| 细胞培养和病毒感染 | PANC-1细胞来源(中科院);筛选浓度:G418 200 μg/mL,嘌呤霉素1.00 μg/mL;病毒感染MOI?文中未明确说明。 阅读提示:见Methods部分Construction of Virus-Infected Cells |
| TMT蛋白质组学 | ITGB7过表达和对照PANC-1细胞每组3个样本;TMT标记、HPLC分级、质谱参数(详见补充方法)。 阅读提示:见Methods部分Tandem Mass Tag (TMT) Analysis |
| 共培养实验 | CD14+单核细胞纯度>95%;培养密度5×105/孔;条件培养基比例(最适效靶比)?文中未明确说明;培养4天。 阅读提示:见Methods部分Mononuclear Cells Isolation and Co-Culture Experiment |
| RT-qPCR | 引物序列(补充表2);内参GAPDH;使用Power SYBR Green Master Mix。 阅读提示:见Methods部分Quantitative Real-Time PCR |
| 药物敏感性实验 | 药物浓度梯度:顺铂(0,5,25,100μM)、厄洛替尼(0,5,10,20,40μM)、多西他赛(0,0.5,1,1.5,2μM)、ATRA(0,20,40,60,80μM);处理48小时;CCK-8孵育1小时。 阅读提示:见Methods部分Cell Viability Assay (CCK-8) and IC50 Determination |
| 生物信息学分析 | TCGA-PAAD数据库下载;分组:中位表达;GSEA筛选阈值:NES>1.0, FDR q>0.25, nominal p<0.05;CIBERSORT LM22特征。 阅读提示:见Methods部分Dataset Collection and Survival Analysis |