临床样本多组学分析
比较不同疾病组间唾液微生物组成和代谢物的差异,识别与PD-RA相关的菌群和代谢标志。
收集健康对照、PD、RA和PD-RA患者的唾液样本,提取DNA进行16S rRNA V3-V4区测序,并做非靶向代谢组学分析。
Periodontitis Salivary Microbiota Exacerbates Murine Rheumatoid Arthritis via Gut Dysbiosis and Immune Dysregulation.
包含临床队列唾液多组学分析(16S rRNA测序、代谢组学)和体内CIA小鼠模型实验,并进行了功能验证(关节炎评分、micro-CT、组织学)和机制验证(肠道屏障、免疫细胞检测)。
健康人、牙周炎、类风湿关节炎及两者并存患者的唾液样本 胶原诱导性关节炎(CIA)DBA/1J小鼠模型 小鼠脾脏来源的CD4+ T细胞(流式分析) 小鼠结肠和肠系膜淋巴结组织样本
CIA造模:6-8周龄雄性DBA/1J小鼠,牛II型胶原+完全弗氏佐剂于第0天皮下多点注射,第21天加强免疫 微生物移植:第22天起,每两天一次灌胃200 μL PD或健康供体的唾液菌群悬液,持续6周 关节炎评分:每日监测,每3天评分,采用0-4分制 T细胞亚群分析:脾脏单细胞悬液,流式检测CD4+Foxp3+ Treg和CD4+IL-17A+ Th17细胞比例 肠道屏障评估:结肠组织ZO-1、Occludin、IL-22、IL-6的mRNA表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较不同疾病组间唾液微生物组成和代谢物的差异,识别与PD-RA相关的菌群和代谢标志。
收集健康对照、PD、RA和PD-RA患者的唾液样本,提取DNA进行16S rRNA V3-V4区测序,并做非靶向代谢组学分析。
评估牙周炎来源的唾液微生物群是否加重关节炎。
使用牛II型胶原和弗氏佐剂诱导DBA/1J小鼠构建CIA模型,然后将来自PD或健康供体的唾液菌群悬液定期灌胃给小鼠。
量化临床和病理的关节炎程度。
定期对小鼠关节进行临床评分,并在实验终点通过micro-CT和H&E染色评估骨破坏和滑膜病理变化。
探究PD菌群对肠道微生态和肠道屏障完整性的影响。
提取小鼠盲肠内容物进行16S rRNA测序,分析菌群组成;通过qRT-PCR检测结肠组织ZO-1、Occludin、IL-22和IL-6的表达。
评估PD菌群引起的全身免疫变化。
通过流式细胞术分析脾脏中Treg和Th17细胞比例,并通过ELISA检测血清IL-6和CRP水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 牛II型胶原 | Chondrex | -- |
| 完全弗氏佐剂 | Chondrex | -- | |
| 不完全弗氏佐剂 | Chondrex | -- | |
| ELISA检测 | IL-6 ELISA试剂盒 | Neobioscience Technology Co. Ltd. | -- |
| CRP ELISA试剂盒 | Elabscience Bionovation Inc. | -- | |
| 流式分析 | 小鼠Treg细胞染色试剂盒 | Liankebio | -- |
| 小鼠Th17细胞染色试剂盒 | Liankebio | -- | |
| 抗CD4-FITC抗体 | -- | -- | |
| 抗CD25-APC抗体 | -- | -- | |
| 抗Foxp3-PE抗体 | -- | -- | |
| 抗IL-17A-PE抗体 | -- | -- | |
| PMA/离子霉素混合物 | -- | -- | |
| 布雷菲德菌素A/莫能菌素 | -- | -- | |
| 基因表达分析 | RNA稳定液 | -- | -- |
| 16S rRNA测序 | Illumina测序平台 | Illumina | -- |
| 代谢组学分析 | 超高效液相色谱-四极杆轨道阱质谱 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- |
| 组织病理分析 | SkyScan 1276微型CT | Bruker | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本采集 | 唾液采集时间(早晨)、禁食和禁刷牙要求、采集方法(被动流涎)、离心条件(1000 rpm 10分钟)、冷冻保存条件(-80°C) 阅读提示:材料与方法中‘Saliva Sample Collection’部分 |
| CIA小鼠模型 | 小鼠品系(DBA/1J,6-8周龄雄性)、胶原浓度和乳化比例、注射部位和体积(240 μL多点)、加强免疫时间(第21天) 阅读提示:材料与方法中‘Establishment of the CIA Model’部分 |
| 菌群移植 | 供体选择(单一PD患者和健康对照)、菌液制备(3300 g离心,PBS重悬)、灌胃剂量(200 μL)和频率(隔天一次,持续6周) 阅读提示:材料与方法中‘Microbiota Gavage’部分 |
| 关节炎评分 | 评分标准(0-4分)、评分频率(每3天)、累计评分法 阅读提示:材料与方法中‘Establishment of the CIA Model’部分 |
| 免疫和病理检测 | 脾脏单细胞制备方法、流式抗体使用和门控策略、ELISA试剂盒品牌、micro-CT参数(扫描条件、分析软件) 阅读提示:材料与方法中‘Flow Cytometry Analyses’、‘ELISAs’、‘Micro-Computed Tomography’和‘Histological Changes’部分 |