评估ANP32A在肺癌组织中的表达和预后关联
验证ANP32A是否在KRAS突变肺癌中上调并与不良预后相关。
分析TCGA数据库,免疫组化检测组织芯片,Western blot和RT-qPCR检测患者样本,进行Kaplan-Meier生存分析。
ANP32A-mediated histone 3 K27 acetylation is essential for sotorasib activity in KRAS-mutant non-small cell lung cancer.
包含体外细胞实验(增殖、迁移、凋亡、细胞周期)、分子机制验证(ChIP-qPCR、Co-IP)和体内异种移植瘤模型,多重证据支持。
H2030细胞系 H358细胞系 H2030/SR索托拉西布耐药细胞 NOD-SCID小鼠异种移植瘤模型
ANP32A敲除/敲低对细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响 ANP32A对索托拉西布敏感性的影响(IC50) ANP32A对H3K27Ac和YEATS4表达及相互作用的调控 TSA与索托拉西布联合在体外和体内的协同效应 p53信号通路的激活状态
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ANP32A是否在KRAS突变肺癌中上调并与不良预后相关。
分析TCGA数据库,免疫组化检测组织芯片,Western blot和RT-qPCR检测患者样本,进行Kaplan-Meier生存分析。
确定ANP32A在KRAS突变肺癌细胞中的功能作用。
在H2030和H358细胞中敲除或敲低ANP32A,并回补,检测增殖、集落形成、迁移、侵袭和细胞周期。
验证ANP32A是否影响KRAS突变细胞对索托拉西布的敏感性。
检测ANP32A敲除/敲低和回补后细胞对Sot的IC50,细胞周期和凋亡变化。建立Sot耐药细胞株H2030/SR。
确定ANP32A是否通过调节H3K27Ac和YEATS4发挥功能及具体分子机制。
Western blot检测组蛋白乙酰化水平,Co-IP检测ANP32A与YEATS4相互作用,ChIP-qPCR检测H3K27Ac在YEATS4和TP53启动子的富集,RT-qPCR和Western blot检测YEATS4表达。
测试组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA能否恢复ANP32A缺陷细胞对Sot的敏感性并协同抑制肿瘤。
体外用TSA处理H2030/SR和ANP32A缺陷细胞,检测IC50、细胞周期和凋亡。体内用异种移植瘤模型验证联合用药效果。
探索Sot耐药和TSA恢复敏感性的分子机制。
对H2030/SR细胞进行RNA-Seq,分析差异表达基因和KEGG通路。Western blot和RT-qPCR验证p53通路相关分子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| RPMI1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Sbjbio | -- | |
| 药物处理 | 索托拉西布 | -- | -- |
| 曲古抑菌素A | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | 增强型CCK-8试剂盒 | Biosharp | BL1055E |
| 细胞凋亡分析 | Annexin V-PE/7-AAD试剂盒 | Vazyme | -- |
| 流式分析 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick EdU-555细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0075S |
| 细胞周期分析 | 细胞周期检测试剂盒 | KeyGEN BioTECH | -- |
| RNA提取 | TRIzon试剂 | Cwbio | CW0580S |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| TB Green Fast qPCR预混液 | Takara | RR430A | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| ECL检测试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 36208ES60 | |
| 上样缓冲液 | Epizyme | LT101 | |
| ChIP | BeyoChIP酶法ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2083S |
| 免疫荧光 | 免疫染色强通透缓冲液 | Beyotime | P0097-500 |
| 抗淬灭封片剂(含DAPI) | MedChemExpress | HY-K1047 | |
| 组织染色 | H&E染色试剂盒 | Beyotime | C0105M |
| 免疫组化 | 一步法脱蜡/抗原修复缓冲液(pH 6.0) | Elabscience | -- |
| SABC-POD(F)(兔IgG)试剂盒 | Boster Biological Technology | SA1028 | |
| SABC-POD(F)(小鼠IgG)试剂盒 | Boster Biological Technology | SA1027 | |
| 细胞迁移与侵袭 | Transwell小室 | Yeasen Biotechnology | 84052ES12 |
| 基质胶 | Corning | 356230 | |
| 细胞培养 | 牛血清白蛋白 | Yeasen Biotechnology | 9048-46-8 |
| 动物实验 | NOD-SCID小鼠 | Shanghai Ziyuan Biotechnology | -- |
| 基质胶 | Corning | 356230 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基种类、血清和抗生素浓度、细胞代次、支原体检测 阅读提示:Experimental procedures, Cell culture |
| 基因敲除和敲低 | sgRNA序列、shRNA序列、质粒载体、转染方法、筛选时间、敲除/敲低效率验证 阅读提示:Experimental procedures, Cell culture |
| 药物处理 | 索托拉西布浓度(1 μM)、TSA浓度(100 nM体外、0.5 mg/kg体内)、Sot给药方式(口服) 阅读提示:Experimental procedures, Xenograft mouse lung cancer model and figure legends 6 and 7 |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(800/well)、检测时间、CCK-8试剂盒使用步骤 阅读提示:Experimental procedures, Cell Counting Kit-8 assay |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞数(2×10^4)、血清浓度(20%)、Matrigel稀释比例(1:10) 阅读提示:Experimental procedures, Cell migration and invasion assay |
| 细胞周期和凋亡 | 细胞密度、药物处理时间、染色试剂盒、流式分析软件 阅读提示:Experimental procedures, Apoptosis analysis and Cell cycle assay |
| 分子机制实验 | ChIP-qPCR抗体、引物序列、Co-IP抗体 阅读提示:Experimental procedures, Chromatin IP assay and Immunoprecipitation and Western blotting |
| 体内实验 | 小鼠品系、细胞数量(1×10^7)、给药剂量和频率、肿瘤体积测量方法 阅读提示:Experimental procedures, Xenograft mouse lung cancer model |
| 转录组测序 | RNA提取试剂、测序平台、差异表达基因阈值 阅读提示:Experimental procedures, Transcriptomic sequencing and data analysis |